Intervalle sériel et temps de génération

Le temps de génération est l'intervalle entre l'infection d'un cas primaire et l'infection des cas secondaires qu'il provoque, tandis que l'intervalle sériel est l'intervalle entre l'apparition des symptômes chez un cas primaire et chez ses cas secondaires. Étant donné que les moments d'infection sont généralement inobservés, l'intervalle sériel est ce que la surveillance peut mesurer et est utilisé comme un substitut pratique du temps de génération ; ces deux quantités relient le moment de la transmission à l'estimation de la vitesse de propagation d'une maladie.

Definition

Le temps de génération est le temps entre l'infection d'un cas et l'infection des personnes qu'il infecte ; l'intervalle sériel est le temps entre l'apparition des symptômes chez un cas et l'apparition des symptômes chez les personnes qu'il infecte, utilisé comme un substitut observable du temps de génération.

Scope

Cette entrée distingue le temps de génération de l'intervalle sériel, explique comment chacun se rapporte aux périodes d'incubation et d'infectiosité, et décrit comment ces mesures temporelles relient le taux de croissance épidémique au nombre de reproduction. Il s'agit d'un sujet de référence méthodologique, et non d'une directive clinique.

Core questions

• En quoi le temps de génération et l'intervalle sériel diffèrent-ils, et pourquoi cette distinction est-elle importante ?
• Comment ces intervalles sont-ils liés à la période d'incubation et à la période d'infectiosité ?
• Comment la distribution de l'intervalle sériel est-elle utilisée pour estimer le nombre de reproduction ?
• Pourquoi le temps de génération est-il généralement estimé plutôt qu'observé directement ?

Key concepts

• Temps de génération (intervalle de génération)
• Intervalle sériel
• Période d'incubation
• Périodes de latence et d'infectiosité
• Distribution de l'intervalle sériel
• Taux de croissance épidémique
• Estimation du nombre de reproduction à partir de la chronologie

Key theories

Intervalle de génération et relation entre le taux de croissance et R

Wallinga et Lipsitch ont montré que la forme de la distribution de l'intervalle de génération détermine comment un taux de croissance épidémique observé se traduit en un nombre de reproduction, de sorte que les mesures temporelles sont essentielles pour interpréter la transmissibilité.

Mechanisms

La chronologie de la transmission est construite à partir de l'histoire naturelle de l'infection : après l'infection, il y a une période de latence avant qu'un hôte ne devienne infectieux et une période d'incubation avant l'apparition des symptômes, et l'hôte transmet pendant sa période d'infectiosité. Le temps de génération mesure l'intervalle d'infection à infection, tandis que l'intervalle sériel mesure l'intervalle d'apparition à apparition ; les deux coïncident en moyenne sous certaines hypothèses mais diffèrent en termes de variance. Étant donné que les moments d'infection sont rarement observés, les analystes utilisent la distribution de l'intervalle sériel, conjointement avec le taux de croissance épidémique, pour estimer le nombre de reproduction, y compris des méthodes qui permettent de retrouver les probabilités de qui a infecté qui ou les nombres de reproduction variant dans le temps à partir des données d'apparition des cas.

Clinical relevance

Les mesures temporelles permettent aux analystes de convertir les courbes de cas observées en estimations de la transmissibilité et de juger de la vitesse de croissance d'une épidémie. Ce sont des quantités de référence décrivant le processus de transmission et la génération d'estimations épidémiologiques, et non une base pour des décisions diagnostiques ou thérapeutiques individuelles.

Epidemiology

Les intervalles sériels et les temps de génération estimés varient selon l'agent pathogène et sont influencés par les mesures de contrôle qui raccourcissent la période d'infectiosité ; des revues des périodes d'incubation pour les virus respiratoires illustrent comment la chronologie de l'histoire naturelle diffère selon les agents, et les analyses du SRAS ont utilisé les données d'apparition pour estimer la transmissibilité. Les intervalles rapportés sont donc spécifiques à l'agent pathogène et au contexte.

History

L'idée de l'intervalle entre les cas successifs est ancienne en épidémiologie et a été clarifiée par l'explication de Fine distinguant l'intervalle sériel de la chronologie de transmission sous-jacente. Dans les années 2000, les travaux de Wallinga et de ses collègues ont formalisé le rôle de l'intervalle de génération dans la liaison des taux de croissance aux nombres de reproduction et ont développé des méthodes d'estimation pratiques utilisant les données d'apparition, avec des cadres logiciels ultérieurs pour les nombres de reproduction variant dans le temps.

Debates

L'intervalle sériel peut-il remplacer le temps de génération en toute sécurité ?

L'intervalle sériel est observable mais peut différer de l'intervalle de génération en termes de variance et peut même être négatif lorsque la transmission présymptomatique se produit, de sorte que son utilisation comme substitut peut biaiser les estimations du nombre de reproduction à moins que la différence ne soit prise en compte.

Key figures

• Jacco Wallinga
• Marc Lipsitch
• Paul Fine
• Anne Cori
• Justin Lessler

Seminal works

• wallinga-lipsitch-2007
• wallinga-teunis-2004
• fine-2003

Frequently asked questions

Quelle est la différence entre l'intervalle sériel et le temps de génération ?

Le temps de génération est mesuré entre les événements d'infection, tandis que l'intervalle sériel est mesuré entre les moments d'apparition des symptômes ; l'intervalle sériel est observable et est utilisé comme substitut car les moments d'infection ne sont généralement pas connus.

Pourquoi ces intervalles sont-ils utilisés pour estimer le nombre de reproduction ?

La distribution temporelle entre les infections successives relie le taux de croissance épidémique observé au nombre de cas secondaires par cas, elle est donc nécessaire pour traduire la vitesse d'augmentation des cas en un nombre de reproduction.