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Analyse des variations du nombre de copies unicellulaires

L'analyse des variations du nombre de copies unicellulaires (scCNV) détecte les gains et les pertes de segments génomiques au sein de cellules individuelles, permettant aux chercheurs de résoudre l'hétérogénéité intratumorale, de reconstruire l'évolution clonale et de distinguer les cellules malignes des cellules normales avec une résolution unicellulaire. Elle peut être appliquée directement aux données de séquençage du génome entier unicellulaire (scWGS) ou déduite des signaux de profondeur de lecture dans les expériences de scRNA-seq ou de scATAC-seq.

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Sources

  1. Garvin, T., Aboukhalil, R., Kendall, J., Baslan, T., Atwal, G. S., Hicks, J., Wigler, M., & Schatz, M. C. (2015). Interactive analysis and assessment of single-cell copy-number variations. Nature Methods, 12(11), 1058–1060. link
  2. Gao, R., Bai, S., Henderson, Y. C., Lin, Y., Schalck, A., Yan, Y., Kumar, T., Hu, M., Sei, E., Davis, A., Wang, F., Shaitelman, S. F., Wang, J. R., Chen, K., Moulder, S., Lai, S. Y., & Navin, N. E. (2021). Delineating copy number and clonal substructure in human tumors from single-cell transcriptomes. Nature Biotechnology, 39(5), 599–608. link

Comment citer cette page

ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Copy Number Variation Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/single-cell-copy-number-variation-analysis

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ScholarGateSingle-cell Copy Number Variation Analysis (Single-cell Copy Number Variation Analysis). Consulté le 2026-06-15 sur https://scholargate.app/fr/bioinformatics/single-cell-copy-number-variation-analysis · Jeu de données : https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026