آزمایش فارماکوژنومیک و پیادهسازی بالینی
آزمایش فارماکوژنومیک و پیادهسازی بالینی جنبه کاربردی فارماکوژنومیک است: اینکه چگونه تغییرات ارثی در ژنهای مرتبط با متابولیسم و هدف دارو در نمونه بیمار اندازهگیری میشود، به یک فنوتیپ پیشبینیشده از پاسخ دارویی ترجمه میشود و به شکلی قابل استفاده به پزشکان ارائه میگردد. این حوزه شامل فناوریهای آزمایشگاهی است که واریانتها را شناسایی میکنند، چارچوبهای شواهدی که تعیین میکنند کدام جفت ژن-دارو قابل اقدام هستند، مدلهایی برای زمان انجام آزمایش، استانداردهایی برای گزارشدهی نتایج، و سیستمهای الکترونیکی که راهنماییها را در نقطه تجویز ارائه میدهند.
Definition
آزمایش فارماکوژنومیک و پیادهسازی بالینی مجموعهای از فرآیندهای آزمایشگاهی، تفسیری و انفورماتیکی است که از طریق آن تغییرات ژنتیکی مؤثر بر پاسخ دارویی شناسایی، به یک فنوتیپ طبقهبندی، گزارش و در جریان کار بالینی ادغام میشوند تا تصمیمات تجویز را آگاه سازند.
Scope
این حوزه خواننده را با مسیر کامل از آزمایش ژنتیکی تا اقدام بالینی آشنا میکند. این بخش به معرفی فناوریهای ژنوتایپینگ و توالییابی مورد استفاده در آزمایشگاههای فارماکوژنومیک، چارچوبهای راهنما و سطح شواهد (بهویژه چارچوبهای کنسرسیوم پیادهسازی فارماکوژنتیک بالینی)، انتخاب استراتژیک بین آزمایش پیشگیرانه و واکنشی، تفسیر و گزارشدهی استاندارد نتایج، و سیستمهای پشتیبانی تصمیمگیری بالینی که هشدارهای فارماکوژنومیک را در پرونده الکترونیکی سلامت جای میدهند، میپردازد. این موارد به عنوان موضوعات مرجع در علم پیادهسازی و پزشکی آزمایشگاهی مورد بررسی قرار میگیرند، نه به عنوان دستورالعملهای بالینی.
Sub-topics
Core questions
- تغییرات ژنتیکی در فارماکوژنها چگونه شناسایی میشوند و فناوریهای مختلف چه چیزی را پوشش میدهند یا از دست میدهند؟
- کدام جفت ژن-دارو شواهد کافی برای قابل اقدام بودن بالینی دارند و چه کسی تصمیم میگیرد؟
- آیا ژنوتایپینگ باید به صورت پیشگیرانه در سراسر جمعیت انجام شود یا به صورت واکنشی در زمانی که دارویی در نظر گرفته میشود؟
- ژنوتایپهای خام چگونه به فنوتیپهای استاندارد ترجمه شده و در یک گزارش بالینی ارتباط داده میشوند؟
- راهنمایی فارماکوژنومیک چگونه میتواند به طور قابل اعتماد به تجویزکنندگان بدون خستگی از هشدارها ارائه شود؟
Key concepts
- قابلیت اقدام جفت ژن-دارو
- ترجمه ژنوتایپ به فنوتیپ
- نامگذاری آلل ستارهای (*)
- آزمایش پیشگیرانه در مقابل واکنشی
- پشتیبانی تصمیمگیری بالینی و پرونده الکترونیکی سلامت
- سطوح شواهد و قدرت دستورالعمل
- اصطلاحات استاندارد نتایج
Mechanisms
پیادهسازی از یک خط لوله پیروی میکند. یک آزمایشگاه واریانتها را در فارماکوژنها با استفاده از آرایههای ژنوتایپینگ هدفمند یا توالییابی شناسایی میکند؛ آللهای شناساییشده با استفاده از نامگذاری ستاره-آلل نامگذاری شده و در یک دیپلوتایپ ترکیب میشوند. دیپلوتایپ با استفاده از قوانین اجماعی به یک فنوتیپ متابولیزهکننده یا پاسخدهنده پیشبینیشده ترجمه میشود. چارچوبهای شواهد مانند چارچوبهای کنسرسیوم پیادهسازی فارماکوژنتیک بالینی ارزیابی میکنند که کدام جفت ژن-دارو شواهد کافی برای قابل اقدام بودن دارند و راهنماییهایی در مورد چگونگی ارتباط یک فنوتیپ مشخص با پاسخ دارویی منتشر میکنند. نتیجه با اصطلاحات استاندارد گزارش میشود و به طور فزایندهای در پرونده الکترونیکی سلامت ذخیره میشود تا پشتیبانی تصمیمگیری بالینی بتواند راهنماییهای مربوطه را هنگام تجویز داروی مورد نظر ارائه دهد (Roden, 2019; Relling & Klein, 2011; Relling et al., 2019).
Clinical relevance
پیادهسازی فارماکوژنومیک زیرساختی را توصیف میکند که از طریق آن اطلاعات ژنتیکی در مورد پاسخ دارویی میتواند به مراقبت بالینی برسد؛ درک آن به پزشکان، آزمایشگاهیان و متخصصان انفورماتیک کمک میکند تا ارزیابی کنند که یک گزارش فارماکوژنومیک چه چیزی را میتواند و چه چیزی را نمیتواند پشتیبانی کند. موضوعات اینجا چگونگی تولید، استانداردسازی و ارائه شواهد و نتایج را مشخص میکنند و به عنوان یک جهتگیری مرجع در نظر گرفته شدهاند تا منبعی برای تصمیمات فردی تجویز یا دوزینگ.
Evidence & guidelines
چارچوب شواهد غالب در این زمینه کنسرسیوم پیادهسازی فارماکوژنتیک بالینی (CPIC) است که قدرت شواهد ژن-دارو را درجهبندی میکند و دستورالعملهای بازبینیشده توسط همتایان را منتشر میکند که نحوه عمل بر اساس یک ژنوتایپ مشخص را توضیح میدهد؛ گروه کاری فارماکوژنتیک هلند یک چارچوب اروپایی موازی را ارائه میدهد (Relling & Klein, 2011; Relling et al., 2019). برنامههای آیندهنگر بزرگ مانند پروژه PREDICT واندربیلت مدلهای عملیاتی برای ادغام ژنوتایپینگ و پشتیبانی تصمیمگیری در مراقبتهای معمول را نشان دادند (Pulley et al., 2012). این چارچوبها شواهد و فرآیند را توصیف میکنند؛ آنها جایگزین قضاوت بالینی نیستند.
History
پیادهسازی فارماکوژنومیک از دههها تحقیق فارماکوژنتیک در دهه ۲۰۱۰ به یک رشته بالینی سازمانیافته تبدیل شد. تأسیس کنسرسیوم پیادهسازی فارماکوژنتیک بالینی در سال ۲۰۰۹ یک چارچوب مشترک برای تبدیل ارتباطات ژن-دارو به دستورالعملهای قابل اقدام فراهم کرد (Relling & Klein, 2011)، و برنامههای سازمانی اولیه مانند پروژه PREDICT واندربیلت نشان دادند که چگونه ژنوتایپینگ آیندهنگر و پشتیبانی تصمیمگیری الکترونیکی میتواند عملیاتی شود (Pulley et al., 2012). یک دهه بعد، این حوزه به یک علم پیادهسازی قابل تشخیص با اصطلاحات استاندارد و ادغام فزاینده در پرونده الکترونیکی سلامت تبدیل شده بود (Relling et al., 2019; Roden, 2019).
Debates
- آزمایش پیشگیرانه در مقابل واکنشی
- اینکه آیا بیماران از قبل ژنوتایپ شوند تا نتایج قبل از تجویز هر دارویی در دسترس باشد، یا اینکه فقط زمانی که داروی خاصی در نظر گرفته میشود به صورت واکنشی آزمایش شوند، شامل مبادلاتی در هزینه، آمادگی دادهها و بازده بالینی است که همچنان به طور فعال مورد بحث قرار میگیرد.
Key figures
- Mary V. Relling
- Teri E. Klein
- Dan M. Roden
- Kelly E. Caudle
- Josh F. Peterson
Related topics
Seminal works
- relling-2011
- pulley-2012
- relling-2019
- roden-2019
Frequently asked questions
- تفاوت بین آزمایش فارماکوژنتیک و فارماکوژنومیک چیست؟
- فارماکوژنتیک به طور تاریخی به روابط تک ژن-دارو اشاره دارد در حالی که فارماکوژنومیک تأثیرات گسترده ژنومی بر پاسخ دارویی را پوشش میدهد؛ در پیادهسازی بالینی، این اصطلاحات اکنون عمدتاً به طور متناوب برای آزمایشی استفاده میشوند که پاسخ دارویی را از تغییرات ژنتیکی پیشبینی میکند.
- آیا آزمایش فارماکوژنومیک دقیقاً به پزشک میگوید چه دارویی تجویز کند؟
- خیر. یک آزمایش یک فنوتیپ پیشبینیشده را گزارش میدهد؛ تبدیل آن به یک تصمیم تجویز به دستورالعملهای مبتنی بر شواهد و قضاوت بالینی متکی است که کل بیمار را در نظر میگیرد، و نتیجه آزمایش به تنهایی یک دستورالعمل درمانی نیست.