تفسیر و گزارش نتایج
تفسیر و گزارش، گامی است که دادههای ژنتیکی خام را به یک بیانیه بالینی قابل استفاده تبدیل میکند. آللهای شناساییشده نامگذاری میشوند، در یک دیپلوتایپ ترکیب میشوند و به یک فنوتیپ پیشبینیشده مانند دستهبندی متابولیزهکننده ترجمه میشوند؛ سپس این فنوتیپ در گزارشی با استفاده از اصطلاحات استانداردشده اطلاعرسانی میشود. از آنجا که ناهماهنگی در واژهپردازی، گزارشهای فارماکوژنومیک را در گذشته دشوار میساخت، اصطلاحات اجماعی و قوانین ترجمه در این موضوع محوری هستند.
Definition
تفسیر و گزارش نتایج فارماکوژنومیک فرآیند تبدیل آللهای شناساییشده به یک دیپلوتایپ و یک فنوتیپ پیشبینیشده پاسخ دارویی است، سپس اطلاعرسانی آن فنوتیپ در یک گزارش بالینی با استفاده از اصطلاحات استانداردشده و مبتنی بر اجماع.
Scope
این مدخل به ترجمه ژنوتیپ به فنوتیپ، دستهبندیهای فنوتیپ استانداردشده مورد استفاده برای توصیف پاسخ دارویی، اصطلاحات اجماعی برای نتایج فارماکوژنتیک بالینی، و اهمیت استانداردسازی برای وضوح در آزمایشگاهها و سیستمهای پشتیبانی تصمیمگیری میپردازد. این مدخل از ترجمه CYP2D6 به عنوان یک مورد گویا از پیچیدگیهای موجود استفاده میکند. این یک توصیف مرجع از رویه تفسیر و گزارش است، نه راهنمایی برای اقدام بر اساس هر نتیجه خاص.
Core questions
- چگونه یک ژنوتیپ به یک فنوتیپ پیشبینیشده ترجمه میشود؟
- چه اصطلاحات استانداردشدهای فنوتیپهای پاسخ دارویی را توصیف میکنند و چرا مورد توافق قرار گرفتند؟
- چرا اصطلاحات سازگار در آزمایشگاهها و سیستمها مهم است؟
- چه چیزی ترجمه را برای ژنهایی مانند CYP2D6 به ویژه پیچیده میکند؟
Key concepts
- مونتاژ دیپلوتایپ
- ترجمه ژنوتیپ به فنوتیپ
- دستهبندیهای فنوتیپ متابولیزهکننده
- اصطلاحات استانداردشده نتایج
- امتیازات فعالیت برای ژنهای پیچیده
- وضوح و قابلیت مقایسه گزارش
Mechanisms
پس از شناسایی واریانتها توسط آزمایشگاه، آللها با استفاده از نامگذاری ستاره-آلل نامگذاری شده و در یک دیپلوتایپ ترکیب میشوند (Gaedigk و همکاران، 2017). دیپلوتایپ به یک فنوتیپ پیشبینیشده، که اغلب به عنوان یک دستهبندی متابولیزهکننده بیان میشود، با استفاده از قوانین ترجمه اجماعی نگاشت میشود؛ برای ژنهای پیچیده مانند CYP2D6، رویکرد امتیاز فعالیت، سهم عملکردی هر آلل را قبل از تخصیص فنوتیپ جمع میکند (Caudle و همکاران، 2019). سپس فنوتیپ پیشبینیشده با استفاده از اصطلاحات استانداردشده مورد توافق کنسرسیومها گزارش میشود تا یک ژنوتیپ یکسان، زبان توصیفی یکسانی را بدون توجه به آزمایشگاه ارائه دهد (Caudle و همکاران، 2017). اصطلاحات استانداردشده و قوانین ترجمه به سیستمهای پشتیبانی تصمیمگیری پاییندستی اجازه میدهند تا گزارشها را به طور سازگار تفسیر کنند و ابهام را برای پزشکان کاهش دهند (Roden، 2019).
Clinical relevance
تفسیر واضح و استانداردشده به خوانندگان اجازه میدهد تا درک کنند که یک گزارش فارماکوژنومیک چه چیزی را در مورد پاسخ دارویی پیشبینیشده و با چه اطمینانی بیان میکند. درک اینکه چگونه یک ژنوتیپ به یک فنوتیپ گزارششده تبدیل میشود، بخشی از ارزیابی چنین گزارشهایی است. این مدخل فرآیند گزارشدهی و اصطلاحات را توضیح میدهد؛ این مدخل هیچ نتیجه فردی را تفسیر نمیکند یا فنوتیپ را به تصمیم تجویز یا دوز تبدیل نمیکند.
Evidence & guidelines
اصطلاحات اجماعی برای نتایج آزمایش فارماکوژنتیک بالینی توسط کنسرسیوم پیادهسازی فارماکوژنتیک بالینی (CPIC) برای هماهنگسازی نحوه گزارش فنوتیپها ایجاد شد (Caudle و همکاران، 2017)، و توصیههای مشترک CPIC و گروه کاری فارماکوژنتیک هلند، ترجمه ژنوتیپ به فنوتیپ را برای CYP2D6 استاندارد کردند (Caudle و همکاران، 2019). تعاریف آلل که زیربنای این ترجمهها هستند توسط کنسرسیوم تغییرات فارماکوژن (Pharmacogene Variation Consortium) مدیریت میشوند (Gaedigk و همکاران، 2017). اینها چارچوبهای استانداردسازی هستند، نه توصیههای بالینی فردی.
History
گزارشهای اولیه فارماکوژنومیک در نحوه توصیف فنوتیپها بسیار متفاوت بودند، که مقایسه و پشتیبانی تصمیمگیری را مختل میکرد. برای رفع این مشکل، کنسرسیوم پیادهسازی فارماکوژنتیک بالینی اصطلاحات اجماعی را برای نتایج آزمایش فارماکوژنتیک بالینی در سال 2017 منتشر کرد (Caudle و همکاران، 2017)، و یک تلاش مشترک با گروه کاری فارماکوژنتیک هلند بعداً ترجمه را برای ژن دشوار CYP2D6 استاندارد کرد (Caudle و همکاران، 2019). این تلاشها، که بر اساس نامگذاری آلل مدیریتشده توسط کنسرسیوم (Gaedigk و همکاران، 2017) ساخته شدهاند، گزارشدهی را در سراسر این حوزه یکنواختتر کردند.
Debates
- استانداردسازی دستهبندیهای فنوتیپ برای ژنهای پیچیده
- تخصیص یک فنوتیپ واحد به ژنهای بسیار متغیر مانند CYP2D6 دشوار است، و اجماع بر آستانههای امتیاز فعالیت و مرزهای فنوتیپ نیازمند هماهنگی صریح بین چارچوبهای اصلی بود.
Key figures
- Kelly E. Caudle
- Andrea Gaedigk
- Michelle Whirl-Carrillo
- James M. Hoffman
Related topics
Seminal works
- caudle-2017
- caudle-2019
- gaedigk-2017
Frequently asked questions
- فنوتیپ متابولیزهکننده چیست؟
- این یک دستهبندی پیشبینیشده است که توصیف میکند چگونه انتظار میرود یک فرد بر اساس ژنوتیپ خود داروهای خاصی را پردازش کند، مانند متابولیزهکننده ضعیف، متوسط، طبیعی یا فوقسریع؛ این یک پیشبینی مشتقشده از نتیجه ژنتیکی است، نه اندازهگیری مستقیم سطح دارو.
- چرا اصطلاحات استانداردشده مهم است؟
- اصطلاحات سازگار تضمین میکند که یک ژنوتیپ یکسان در آزمایشگاهها و سیستمهای پشتیبانی تصمیمگیری به یک شیوه توصیف میشود، ابهام را کاهش میدهد و مقایسه و اقدام مناسب بر اساس گزارشها را آسانتر میکند.