کشت و جداسازی قارچ
کشت قارچ، روشی برای رشد دادن قارچها از نمونه بیمار در محیطهای مصنوعی است تا بتوان ارگانیسم زنده را بازیابی، بررسی، شناسایی و آزمایش کرد. با وجود زمانبر بودن بیشتر نسبت به روشهای تشخیص مستقیم، کشت همچنان یک استاندارد مرجع محسوب میشود، زیرا یک جدایه زنده برای شناسایی قطعی گونه و آزمایش حساسیت ضدقارچی به دست میدهد.
Definition
کشت و جداسازی قارچ مجموعهای از تکنیکهای آزمایشگاهی است که قارچهای زنده را از مواد بالینی با تلقیح محیطهای انتخابی یا غنیشده تحت شرایطی که رشد قارچ را تسهیل میکند، بازیابی کرده و یک جدایه خالص برای شناسایی و آزمایش بیشتر به دست میدهد.
Scope
این موضوع اصول بازیابی قارچها از نمونههای بالینی را پوشش میدهد: محیطهای انتخابی و غنیشده، شرایط انکوباسیون، تمایز بین مخمرها و کپکها در کشت، و اینکه چگونه یک جدایه خالص از شناسایی با مورفولوژی، طیفسنجی جرمی یا توالییابی پشتیبانی میکند. این مطلب کشت را به عنوان یک روش آزمایشگاهی بررسی میکند و پروتکلهای جمعآوری نمونه یا راهنماییهای درمانی را ارائه نمیدهد.
Core questions
- کدام محیطها و شرایط انکوباسیون بهترین بازیابی قارچ مشکوک در یک نمونه خاص را فراهم میکنند؟
- چگونه یک جدایه از نظر بالینی مهم از آلودگی محیطی متمایز میشود؟
- چه زمانی شناسایی مبتنی بر کشت نیاز به تأیید با توالییابی یا طیفسنجی جرمی دارد؟
- محدودیتهای حساسیت کشت در بیماری قارچی مهاجم چیست؟
Key concepts
- محیطهای انتخابی و غنیشده (مانند آگار سابورو)
- رشد مخمر در مقابل کپک
- دمای و زمان انکوباسیون
- جدایه خالص و کشت مجدد
- آلودگی در مقابل پاتوژن واقعی
- کشت به عنوان بستر برای آزمایش حساسیت
- شناسایی چندفازی جدایه
Mechanisms
نمونهها در محیطهایی تلقیح میشوند که برای حمایت از رشد قارچ و در عین حال سرکوب باکتریهای رقیب فرموله شدهاند، که به طور کلاسیک آگار دکستروز سابورو (Sabouraud dextrose agar) است، گاهی اوقات با افزودنیهای ضدباکتریایی یا انتخابی. پلیتها و اسلنتها انکوبه میشوند، اغلب برای دورههای طولانی زیرا بسیاری از قارچها به کندی رشد میکنند، و در دماهایی که برای آشکارسازی دیمورفیسم یا تحمل حرارتی انتخاب شدهاند. سپس رشد ارزیابی میشود: مخمرها کلنیهای خمیری شکل میدهند، در حالی که کپکها کلنیهای رشتهای، اغلب رنگدانهدار تولید میکنند که مورفولوژی ماکروسکوپی و میکروسکوپی آنها راهنمای شناسایی است. جدایه خالصی که کشت فراهم میکند، بستری است که گونهها بر اساس مورفولوژی، طیفسنجی جرمی MALDI-TOF یا توالییابی DNA تأیید میشوند و حساسیت ضدقارچی بر روی آن اندازهگیری میشود. از آنجایی که ارگانیسمهای زنده ممکن است کم باشند، کشت میتواند در عفونتهای عمیق یا درمانشده حساسیت کمی داشته باشد، به همین دلیل است که نتایج آن در کنار روشهای مستقیم و مولکولی تفسیر میشود.
Clinical relevance
کشت اساس بسیاری از روشهای تأیید و نامگذاری پاتوژنهای قارچی است و یک کشت مثبت از یک محل معمولاً استریل، وزن تشخیصی خاصی در تعاریف اجماعی بیماری قارچی مهاجم دارد. این مدخل روش و ارزش تفسیری آن را توصیف میکند؛ این یک ماده مرجع در مورد نحوه به دست آوردن جدایهها است و راهنمایی برای مدیریت نمونه یا بیمار نیست.
Evidence & guidelines
توصیههای بهترین عملکرد از انجمن پزشکی قارچشناسی بریتانیا (British Society for Medical Mycology) و تعاریف اجماعی EORTC/MSGERC نقش کشت را در میان روشهای تشخیصی، از جمله اهمیت آن هنگام بازیابی قارچها از محلهای استریل و حساسیت پایین شناختهشده آن در برخی عفونتهای مهاجم، توصیف میکنند. اطلسهای مرجع، مورفولوژی کلنی و میکروسکوپی مورد استفاده برای شناسایی جدایهها را فهرست میکنند.
History
کشت در محیطهای تعریفشده ابزار اساسی قارچشناسی پزشکی بود، با آگار دکستروز سابورو که در اوایل قرن بیستم معرفی شد و به بستر استاندارد برای بازیابی و شناسایی قارچها تبدیل گشت. برای بیشتر قرن، شناسایی بر اساس مورفولوژی کلنی و میکروسکوپی خوانده شده از کشت استوار بود و تنها بعدها طیفسنجی جرمی و توالییابی دقت را به شناسایی جدایه کشتشده افزودند.
Related topics
Seminal works
- schelenz-2015
- dehoog-2020
Frequently asked questions
- چرا کشت قارچ اغلب اینقدر طول میکشد؟
- بسیاری از کپکهای مهم پزشکی و برخی مخمرها به کندی رشد میکنند، بنابراین کشتها ممکن است برای روزها تا هفتهها نگهداری شوند تا رشد قابل مشاهده و شناسایی قابل اعتماد امکانپذیر شود، که یکی از دلایلی است که روشهای مستقیم و مولکولی سریعتر در کنار کشت استفاده میشوند.
- آیا کشت قارچ مثبت همیشه به معنای عفونت است؟
- نه لزوماً. قارچها در محیط و روی سطوح بدن شایع هستند، بنابراین یک کشت مثبت باید در بستر خود تفسیر شود؛ بازیابی از یک محل معمولاً استریل بسیار معنیدارتر از بازیابی از یک نمونه آلوده یا کلونیزه شده است.