تشخیص‌های قارچ‌شناسی و روش‌های آزمایشگاهی

تشخیص‌های قارچ‌شناسی رشته آزمایشگاهی است که قارچ‌های عامل بیماری در انسان را شناسایی، تشخیص و توصیف می‌کند. این رشته شامل روش‌های کلاسیک مانند کشت و میکروسکوپی، سنجش‌های ایمونولوژیک آنتی‌ژن و آنتی‌بادی، و تکنیک‌های مولکولی از جمله PCR و توالی‌یابی DNA می‌شود که با ترکیب آن‌ها، عفونت قارچی تأیید یا رد شده و ارگانیسم مسئول نام‌گذاری می‌شود.

Definition

تشخیص‌های قارچ‌شناسی و روش‌های آزمایشگاهی، تکنیک‌ها و رویه‌هایی هستند که در آزمایشگاه بالینی برای بازیابی، مشاهده، شناسایی و توصیف قارچ‌های مهم پزشکی از نمونه‌های بیماران، از جمله رویکردهای فنوتیپی، ایمونولوژیک و مولکولی، استفاده می‌شوند.

Scope

این بخش خواننده را با خانواده‌های اصلی روش‌های آزمایشگاهی مورد استفاده در قارچ‌شناسی پزشکی آشنا می‌کند: کشت و جداسازی قارچ‌ها، بررسی و رنگ‌آمیزی آن‌ها زیر میکروسکوپ، تکثیر و توالی‌یابی اسیدهای نوکلئیک آن‌ها، شناسایی آنتی‌ژن‌ها و آنتی‌بادی‌های میزبان، و اندازه‌گیری نشانگرهای زیستی و ویژگی‌های مرتبط با بیوفیلم. این موارد به عنوان روش‌شناسی تشخیصی و نه راهنمای درمانی مطرح می‌شوند و برای جزئیات بیشتر به گره‌های موضوعی اختصاصی ارجاع داده می‌شود.

Sub-topics

• تشخیص آنتی‌ژن و آزمایش‌های سرولوژیک
• نشانگرهای زیستی و بیوفیلم قارچی در تشخیص
• کشت و جداسازی قارچ
• میکروسکوپی و روش‌های رنگ‌آمیزی برای قارچ‌ها
• تشخیص‌های مولکولی: PCR و تعیین توالی

Core questions

• آیا قارچی در این نمونه وجود دارد، و آیا آن یک آلاینده است یا یک پاتوژن واقعی؟
• کدام جنس یا گونه مسئول است، و با چه اطمینانی می‌توان آن را نام‌گذاری کرد؟
• کدام ترکیب از روش‌های کشت، میکروسکوپی، آنتی‌ژن و مولکولی بهترین تناسب را با سؤال بالینی و نوع نمونه دارد؟
• یافته‌های آزمایشگاهی مثبت و منفی چگونه در تعاریف استاندارد شده بیماری قارچی مهاجم تفسیر می‌شوند؟

Key concepts

• شناسایی فنوتیپی در مقابل مولکولی
• تشخیص مستقیم در مقابل بازیابی مبتنی بر کشت
• حساسیت و ویژگی سنجش‌های قارچی
• بیماری قارچی مهاجم اثبات شده، محتمل و ممکن
• کیفیت نمونه و کنترل آلودگی
• شناسایی چندفازی

Mechanisms

قارچ‌شناسی آزمایشگاهی سیگنال‌های مکمل را با هم ترکیب می‌کند. کشت، ارگانیسم‌های زنده را بازیابی کرده و امکان شناسایی مورفولوژیک و آزمایش حساسیت را فراهم می‌کند، اما اغلب برای بیماری‌های مهاجم کند و غیرحساس است. میکروسکوپی و هیستوپاتولوژی عناصر قارچی را مستقیماً در نمونه‌ها مشاهده می‌کنند و شواهد سریعی از تهاجم بافتی ارائه می‌دهند. سنجش‌های آنتی‌ژن و سرولوژی، اجزای دیواره سلولی قارچ یا پاسخ‌های آنتی‌بادی میزبان را بدون نیاز به رشد شناسایی می‌کنند. روش‌های مولکولی DNAهای حفاظت‌شده یا گونه‌خاص را تکثیر و توالی‌یابی می‌کنند، و طیف‌سنجی جرمی پروتئین‌ها را پروفایل می‌کند، که امکان شناسایی سریع و دقیق را فراهم می‌آورد. تشخیص مدرن چندفازی است و چندین روش را با هم ادغام می‌کند، و تعاریف اجماعی استاندارد شده مشخص می‌کنند که چگونه نتایج در دسته‌های بیماری قارچی مهاجم ترکیب می‌شوند.

Clinical relevance

روش‌های گروه‌بندی شده در اینجا شواهدی را تولید می‌کنند که بر اساس آن‌ها عفونت‌های قارچی در عمل بالینی و تحقیقات شناسایی و نام‌گذاری می‌شوند. درک نقاط قوت و محدودیت‌های آن‌ها به ارزیابی گزارش‌های تشخیصی و شواهد مطالعاتی کمک می‌کند. این مدخل یک ماده مرجع توصیفی در مورد چگونگی ایجاد تشخیص‌های قارچی است و پروتکلی برای آزمایش، تجویز یا مدیریت بیماران فردی نیست.

Evidence & guidelines

تعاریف اجماعی از EORTC و کنسرسیوم آموزش و تحقیقات گروه مطالعات مایکوزیس، نحوه ترکیب یافته‌های قارچ‌شناسی و بالینی را در دسته‌های بیماری قارچی مهاجم استاندارد می‌کنند و چارچوبی مشترک برای تشخیص و تحقیق فراهم می‌آورند. متون مرجع مانند اطلس قارچ‌های بالینی، ویژگی‌های مورفولوژیک مورد استفاده در شناسایی فنوتیپی را فهرست می‌کنند، در حالی که بررسی‌های هیستوپاتولوژی و طیف‌سنجی جرمی نقش روش‌های شناسایی جدیدتر را مستند می‌کنند.

History

قارچ‌شناسی تشخیصی از کشت و میکروسکوپی قرن نوزدهم و بیستم رشد کرد، که در آن قارچ‌ها در محیط‌های انتخابی بازیابی شده و با مورفولوژی کلنی و میکروسکوپی شناسایی می‌شدند. اواخر قرن بیستم، ایمونواسی‌ها برای آنتی‌ژن‌های قارچی و آنتی‌بادی‌های میزبان اضافه شدند، و ظهور PCR، توالی‌یابی DNA مناطق ریبوزومی، و طیف‌سنجی جرمی MALDI-TOF، شناسایی را به سمت دقت مولکولی و پروتئومیک تغییر داد، در حالی که تعاریف اجماعی تفسیر را استاندارد کردند.

Seminal works

• donnelly-2020
• guarner-2011
• dehoog-2020

Frequently asked questions

چرا برای تشخیص عفونت قارچی از چندین روش مختلف استفاده می‌شود؟

هیچ روش واحدی برای هر موقعیتی هم سریع و هم قابل اعتماد نیست. کشت، میکروسکوپی، سنجش‌های آنتی‌ژن و آزمایش‌های مولکولی هر کدام جنبه متفاوتی از قارچ را شناسایی می‌کنند، بنابراین ترکیب آن‌ها شانس تشخیص صحیح و به موقع را افزایش می‌دهد.

تفاوت بین شناسایی یک قارچ و تشخیص آن چیست؟

تشخیص نشان می‌دهد که یک قارچ وجود دارد، به عنوان مثال با دیدن عناصر قارچی یا شناسایی یک آنتی‌ژن. شناسایی، جنس یا گونه را نام‌گذاری می‌کند، که معمولاً نیاز به مورفولوژی کشت، توالی‌یابی یا طیف‌سنجی جرمی دارد.