标本采集与实验室确认

实验室确认通过确定病原体是什么以及哪些病例确实感染了它，为疫情调查提供了基础。这一过程始于在正确的时间从正确的人群中采集正确的临床或环境标本，并持续到实验室的运输、检测和分型，最终将确诊病例与那些仅符合临床描述的病例区分开来。

Definition

标本采集和实验室确认是指获取、运输和检测临床或环境样本，以识别和表征疫情的病原体，从而确认诊断、对病例进行分类以及在病例之间建立实验室关联。

Scope

本主题涵盖了在调查期间为何以及如何获取标本，实验室在验证诊断并将病例定义细化为确诊、可能和疑似病例中的作用，以及使用实验室分型和基因组测序来关联病例。它是概念性和方法性的。它不提供任何特定病原体的标本处理方案、检测阈值或生物安全程序，这些均受实验室和公共卫生指南的约束。

Core questions

• 哪些标本、来自谁以及在疾病的哪个阶段最能识别病原体？
• 标本如何采集、运输和检测才能使结果有效？
• 实验室确认如何定义确诊、可能和疑似病例类别？
• 实验室分型或基因组测序如何将病例彼此关联并与来源关联？

Key concepts

• 临床和环境标本
• 相对于疾病的采集时机
• 标本运输和监管链
• 确诊、可能和疑似病例类别
• 诊断检测敏感性和特异性
• 实验室分型和亚型分型
• 用于病例关联的全基因组测序

Mechanisms

从足够数量的病例中采集适当的标本，例如呼吸道样本、粪便、血液或涉事食物和水，理想情况下应在治疗改变结果之前进行，并在保存病原体的条件下运输，并记录处理过程。实验室随后检测和识别病原体，这些结果将病例定义细化为不同层级：确诊病例符合实验室标准，而可能病例和疑似病例则基于临床或流行病学特征。亚型分型和全基因组测序进一步确定病例是否共享相同菌株，这支持或反驳了它们的流行病学关联，并有助于将病例与共同来源联系起来。任何结果的解释价值取决于检测的敏感性和特异性。

Clinical relevance

临床医生和实验室工作人员采集标本并生成结果，以确认疫情的病原体并对病例进行分类，因此采集质量和时机直接影响调查。了解实验室确认有助于卫生专业人员解释为什么一个病例被归类为确诊而非疑似。本条目描述了实验室确认在调查中的作用，并非任何特定病原体的标本处理、生物安全或诊断方案。

Epidemiology

实验室确认在2003年识别SARS为一种独特的疾病中起到了核心作用，当时临床和实验室特征定义了该综合征及其病例。更广泛地说，病原体基因组测序与流行病学数据的整合已成为疫情调查中确认病原体和关联病例的标准方法，从而加强了病例分类和溯源。

History

19世纪末的细菌学首次使疫情能够与特定的已识别微生物联系起来，20世纪的现场流行病学将实验室确认纳入了确诊、可能和疑似病例的分层病例定义中。分子亚型分型以及最近的全基因组测序将实验室的作用从命名病原体扩展到确定哪些病例相关联，整合了实验室和流行病学证据。

Debates

病例定义应如何在实验室确认和敏感性之间取得平衡？

要求实验室确认会增加特异性，但可能会遗漏缺乏阳性检测结果的真实病例；而宽泛的临床定义会捕获更多病例，但代价是可能包含非病例；因此，调查会使用分层定义，并随着检测能力和调查需求的变化进行调整。

Key figures

• Michael Gregg
• Yonatan Grad
• Marc Lipsitch

Seminal works

• lee-2003
• grad-lipsitch-2014

Frequently asked questions

为什么病例被分为确诊、可能或疑似？

分层病例定义使调查能够在准确性和完整性之间取得平衡：确诊病例符合实验室标准，特异性最高，而可能和疑似类别则捕获临床或流行病学上相符但缺乏实验室确认的病例，以确保早期不遗漏真实病例。

基因组测序如何帮助确认疫情？

除了命名病原体，测序还比较来自不同病例的分离株的基因组；密切相关的序列支持病例属于同一疫情并可能共享同一来源的结论，从而补充了流行病学证据。