真菌流行病学、生态学和预防
真菌流行病学、生态学和预防是真菌学的一个领域，研究真菌如何在人群层面引起疾病：致病真菌在环境中生活在哪里，它们的分布如何影响不同地区和宿主群体的真菌病负担，人们如何获得感染，以及如何预防暴露和疾病。它将真菌作为环境生物的自然史与人类和动物疾病的测量频率联系起来。
Definition
真菌流行病学、生态学和预防是研究真菌感染在人群中的分布、环境宿主、传播和决定因素，以及用于减少暴露和疾病的措施的学科。
Scope
该领域引导读者关注四个相互关联的主题：真菌病的地理分布和地方性；真菌的环境生态学和感染传播途径；增加风险的职业和环境暴露；以及预防和暴露控制策略。它将这些主题作为真菌疾病如何在人群中发生和被统计的参考概述，而不是诊断或治疗个体的指南。
Sub-topics
Core questions
- 致病真菌在环境中生活在哪里，这种地理分布如何影响谁会被感染？
- 人们通过哪些途径——吸入、接种、摄入或接触——获得真菌感染？
- 哪些宿主、职业和环境因素会增加真菌病的风险？
- 全球真菌病负担有多大，其测量可靠性如何？
- 哪些干预措施可以减少真菌暴露并预防脆弱人群的感染？
Key concepts
- 地方性与环境宿主
- 腐生与致病真菌生活方式
- 吸入分生孢子和孢子是主要的暴露途径
- 机会性感染与宿主免疫抑制
- 新发和抗真菌药物耐药病原体
- 全球负担估计和病例确定
- 一级预防和暴露控制
Mechanisms
大多数具有医学重要性的真菌是环境腐生菌，它们不需要人类宿主来完成其生命周期；人类疾病通常是偶然接触空气传播的分生孢子、土壤、腐烂植被或受污染表面所致。因此，疾病的地理分布追踪着生物体的生态学——土壤湿度、温度和基质决定了组织胞浆菌等双相性地方性真菌的存活地点，而曲霉菌等普遍存在的霉菌几乎无处不在。暴露是否导致疾病在很大程度上取决于宿主：完整的免疫力通常能控制或清除生物体，而免疫抑制、结构性肺病或屏障表面受损则允许疾病进展。宿主易感性（HIV、移植、危重疾病）和真菌本身（新物种的出现和抗真菌药物耐药性）在人群层面的变化共同驱动着观察到的流行病学。
Clinical relevance
了解真菌的生存地点、传播方式以及哪些人处于风险之中，是临床医生和公共卫生系统预测、统计和预防真菌病的基础。本领域描述了真菌疾病出现的人群背景以及如何构思预防措施；它是该背景的参考资料，不能替代临床评估或个体化护理。
Epidemiology
保守估计，全球每年严重真菌病的病例数达数亿，侵袭性和慢性真菌病导致大量死亡，并且随着免疫抑制人群的扩大，负担有所增加。其分布极不均衡：地方性双相真菌病集中在特定的地理区域，机会性霉菌和酵母菌感染集中在医疗保健和免疫受损环境中，而耳念珠菌和耐唑类曲霉菌等新出现的生物体重塑了近期的监测。
Evidence & guidelines
该领域的证据来源于监测项目、流行率和负担模型、环境采样以及美国感染病学会和欧洲医学真菌学联合会等机构的指南，这些指南将流行病学和预防考虑与临床建议相结合。
History
对真菌是引起人类疾病的环境生物的认识在20世纪逐渐成熟，地方性真菌病与特定土壤和气候相关联，而20世纪后期免疫抑制的兴起——特别是HIV大流行和现代移植——使机会性真菌病成为一个主要的临床问题。21世纪增加了一个新的维度：抗真菌药物耐药性和以前未知的病原体的全球出现，促使人们重新关注真菌生态学、监测和预防。
Key figures
- David W. Denning
- Arturo Casadevall
- Matthew C. Fisher
- John R. Perfect
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Seminal works
- bongomin-2017
- fisher-2018
- kohler-2014
Frequently asked questions
- 人们通常如何感染真菌？
- 大多数真菌感染是从环境中而非人际间获得——通常是通过吸入空气中的孢子或将土壤或植物材料接种到皮肤中——因为所涉及的真菌是环境生物，而不是专性人类寄生虫。
- 为什么全球真菌病负担常被描述为被低估了？
- 许多地方的诊断检测有限，真菌感染容易被漏诊，因此流行率和负担数据严重依赖模型，并被普遍认为是保守的。