Process / pipelineSequence homology search
HMMER谱搜索
HMMER谱搜索利用蛋白质家族的概率模型（称为隐马尔可夫模型，简称HMM）来识别远缘蛋白质序列同源物。该方法由Eddy及其同事开发，能够捕获蛋白质家族内部的序列变异模式，并以远高于位置权重矩阵或成对比对的灵敏度检测同源物。
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来源
- Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1104 ↗
- Eddy, S. R. (1998). Profile hidden Markov models. Bioinformatics, 14(9), 755-763. DOI: 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ↗
- Finn, R. D., Clements, J., & Eddy, S. R. (2011). HMMER web server: interactive sequence similarity searching. Nucleic Acids Research, 39(Web Server issue), W29-W37. DOI: 10.1093/nar/gkr367 ↗
如何引用本页
ScholarGate. (2026, June 3). Hidden Markov Model Profile Search for Sequence Homology. ScholarGate. https://scholargate.app/zh/bioinformatics/hmmer-profile-search
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