Kantitatif Moleküler Testlerde Kalite Güvencesi
Kantitatif moleküler testlerde kalite güvencesi, ekspresyon ölçümlerini doğru, tekrarlanabilir ve farklı çalışma serileri ile laboratuvarlar arasında karşılaştırılabilir kılan standartlar, kontroller ve raporlama uygulamaları sistemidir. Bu sistem olmadan, qPCR, RNA-seq veya çok genli bir testten elde edilen sayısal bir sonuca güvenilemez veya karşılaştırılamaz.
Tanım
Kantitatif moleküler testlerde kalite güvencesi, gen veya protein ekspresyonu ölçümlerinin analitik olarak geçerli ve tekrarlanabilir olmasını sağlamak amacıyla standartlaştırılmış prosedürlerin, kontrollerin, referans materyallerin ve şeffaf raporlamanın koordineli bir şekilde kullanılmasıdır.
Kapsam
Bu konu, kantitatif testlerdeki pre-analitik, analitik ve post-analitik varyasyon kaynaklarını, referans materyallerin ve spike-in kontrollerin rolünü, MIQE gibi raporlama standartlarının işlevini ve platform tekrarlanabilirliğini ortaya koyan konsorsiyum kıyaslama çalışmalarını kapsamaktadır. Konu, bir laboratuvar işletim prosedürü veya akreditasyon kılavuzu olarak değil, metodolojik bir standartlar konusu olarak ele alınmaktadır.
Temel sorular
- Pre-analitik, analitik ve post-analitik hata kaynakları nelerdir?
- Referans materyaller ve kontroller kantitatif bir ölçümü nasıl sabitlemektedir?
- Şeffaf raporlama tekrarlanabilirlik için neden önemlidir?
- Bir ölçüm platformunun tekrarlanabilirliği nasıl gösterilmektedir?
Anahtar kavramlar
- Pre-analitik, analitik ve post-analitik fazlar
- Referans materyaller ve kalibratörler
- Spike-in ve süreç kontrolleri
- Raporlama standartları (örn. MIQE)
- Laboratuvarlar arası tekrarlanabilirlik
- Analitik geçerlilik
Mekanizmalar
Kantitatif bir teste varyasyon her aşamada dahil olmaktadır: örnek toplama ve RNA bütünlüğü (pre-analitik), amplifikasyon verimliliği, dizileme derinliği, antikor performansı ve çalışma serileri arası kayma (analitik) ile normalizasyon, eşikleme ve yorumlama (post-analitik). Kalite güvencesi, prosedürleri sabitleyerek, pozitif, negatif ve süreç kontrollerini dahil ederek ve ölçümleri referans materyallere ve spike-in standartlara bağlayarak sinyalin kalibre edilebilmesini sağlayarak bu varyasyonlara karşı koymaktadır. MIQE ve dijital MIQE kılavuzlarının gerektirdiği şekilde (Bustin et al., 2009; Huggett et al., 2013) bu unsurların şeffaf bir şekilde raporlanması, başkalarının bir sonucu değerlendirmesine ve tekrarlamasına olanak tanımaktadır. Büyük çoklu laboratuvar çalışmaları, mikroarray ve RNA-seq platformlarının ulaşılabilir tekrarlanabilirliğini göstermekte ve bunu destekleyen uygulamaları tanımlamaktadır (MAQC Consortium, 2006; SEQC/MAQC-III Consortium, 2014).
Klinik önem
Güvenilir kalite güvencesi, moleküler ölçümlerin tanısal ve prognostik raporlamada kullanılmasına olanak tanımakta ve bileşenlerini tanımak, bir sonucun güvenilirliğini değerlendirmede yardımcı olmaktadır. Bu madde, kalite prensiplerini ve standartlarını metodolojik düzeyde tanımlamakta olup, bir klinik laboratuvar protokolü, akreditasyon gerekliliği veya hasta yönetimi için bir temel teşkil etmemektedir.
Kanıt ve kılavuzlar
Kantitatif PCR ve dijital PCR için raporlama standartları MIQE ve dijital MIQE kılavuzları tarafından tanımlanmaktadır (Bustin et al., 2009; Huggett et al., 2013). Ekspresyon platformlarının tekrarlanabilirliği, MicroArray Kalite Kontrol projesi (MAQC Consortium, 2006) ve RNA-seq için Dizileme Kalite Kontrol çalışması (SEQC/MAQC-III Consortium, 2014) tarafından belgelenmektedir.
Tarihçe
2000'li yıllarda kantitatif moleküler testlerin yaygınlaşmasıyla birlikte, tekrarlanamayan sonuçlara ilişkin endişeler koordineli bir standardizasyonu tetiklemiştir. MAQC projesi (2006) mikroarray tekrarlanabilirliğini laboratuvarlar arasında test etmiş, MIQE kılavuzları (2009) qPCR raporlamasını standartlaştırmış ve daha sonraki çabalar bunu dijital PCR'a (2013) ve RNA-seq'e (2014) genişleterek kalite güvencesini kantitatif ekspresyon analizi içinde bir disiplin olarak kurmuştur.
Tartışmalar
- Ölçümler platformlar ve laboratuvarlar arasında ne kadar karşılaştırılabilirdir?
- Kontrollerle bile, mutlak değerler platformlar ve merkezler arasında farklılık gösterebilmektedir, bu nedenle göreceli karşılaştırmalara, paylaşılan referans materyallere ve şeffaf raporlamaya vurgu yapılmaktadır; platformlar arası sonuçların ne kadar uyumlu hale getirilebileceği açık bir metodolojik soru olarak kalmaktadır.
Öne çıkan isimler
- Stephen Bustin
- Jim Huggett
- Leming Shi
İlgili konular
Temel eserler
- bustin-2009
- maqc-2006
- seqc-2014
Sıkça sorulan sorular
- Moleküler bir testte referans materyal ile kontrol arasındaki fark nedir?
- Referans materyal, bir ölçümü kalibre etmek veya sabitlemek için kullanılan karakterize edilmiş bir standarttır; kontrol ise testin beklendiği gibi çalıştığını doğrulamak için test örnekleriyle birlikte çalıştırılan bir örnektir; her ikisi de kalite güvencesine katkıda bulunmakla birlikte farklı roller üstlenmektedir.
- MIQE gibi raporlama standartları neden önemlidir?
- Standartlar, kantitatif bir sonucun başkaları tarafından değerlendirilebilmesi ve tekrarlanabilmesi için açıklanması gereken deneysel detayları belirtmektedir; bunlar olmadan, çalışmalar arasındaki farklılıklar biyolojiden ziyade belgelenmemiş teknik varyasyonu yansıtabilmektedir.