Sonuçların Yorumlanması ve Raporlanması
Yorumlama ve raporlama, ham genetik verileri klinik olarak kullanılabilir bir ifadeye dönüştüren adımdır. Tespit edilen aleller adlandırılmakta, bir diplotipe birleştirilmekte ve metabolize edici kategori gibi öngörülen bir fenotipe çevrilmektedir; bu fenotip daha sonra standartlaştırılmış terimler kullanılarak bir raporda iletilmektedir. Tutarsız ifadeler bir zamanlar farmakogenomik raporların karşılaştırılmasını ve bunlara göre hareket edilmesini zorlaştırdığı için, bu konuda konsensüs terminolojisi ve çeviri kuralları merkezi bir öneme sahiptir.
Tanım
Farmakogenomik sonuçların yorumlanması ve raporlanması, tespit edilen alellerin bir diplotipe ve öngörülen bir ilaç yanıtı fenotipine dönüştürülmesi, ardından bu fenotipin standartlaştırılmış, konsensüse dayalı terminoloji kullanılarak klinik bir raporda iletilmesi sürecidir.
Kapsam
Bu madde, genotip-fenotip çevirisini, ilaç yanıtını tanımlamak için kullanılan standartlaştırılmış fenotip kategorilerini, klinik farmakogenetik sonuçlar için konsensüs terminolojisini ve laboratuvarlar ile karar destek sistemleri arasında netlik için standardizasyonun neden önemli olduğunu kapsamaktadır. İçerdiği karmaşıklığın açıklayıcı bir örneği olarak CYP2D6 çevirisini kullanmaktadır. Bu, yorumlama ve raporlama uygulamasının bir referans tanımı olup, belirli bir sonuca göre hareket etme rehberi değildir.
Temel sorular
- Bir genotip öngörülen bir fenotipe nasıl çevrilmektedir?
- İlaç yanıtı fenotiplerini hangi standartlaştırılmış terimler tanımlamaktadır ve bunlar neden üzerinde anlaşmaya varılmıştır?
- Laboratuvarlar ve sistemler arasında tutarlı terminoloji neden önemlidir?
- CYP2D6 gibi genler için çeviriyi özellikle karmaşık kılan nedir?
Anahtar kavramlar
- Diplotip oluşumu
- Genotip-fenotip çevirisi
- Metabolize edici fenotip kategorileri
- Standartlaştırılmış sonuç terminolojisi
- Karmaşık genler için aktivite skorları
- Rapor netliği ve karşılaştırılabilirliği
Mekanizmalar
Bir laboratuvar varyantları tespit ettikten sonra, aleller yıldız-alel nomenklatürü kullanılarak adlandırılmakta ve bir diplotipe birleştirilmektedir (Gaedigk ve ark., 2017). Diplotip, konsensüs çeviri kuralları kullanılarak, genellikle metabolize edici kategori olarak ifade edilen öngörülen bir fenotipe eşlenmektedir; CYP2D6 gibi karmaşık genler için, bir fenotip atanmadan önce her alelin fonksiyonel katkılarını toplayan bir aktivite skoru yaklaşımı kullanılmaktadır (Caudle ve ark., 2019). Öngörülen fenotip daha sonra konsorsiyumlar tarafından üzerinde anlaşmaya varılan standartlaştırılmış terimler kullanılarak rapor edilmektedir, böylece aynı genotip laboratuvardan bağımsız olarak aynı tanımlayıcı dili sağlamaktadır (Caudle ve ark., 2017). Standartlaştırılmış terminoloji ve çeviri kuralları, aşağı akış karar destek sistemlerinin raporları tutarlı bir şekilde yorumlamasına ve klinisyenler için belirsizliği azaltmasına olanak tanımaktadır (Roden, 2019).
Klinik önem
Açık, standartlaştırılmış yorumlama, okuyucuların bir farmakogenomik raporun öngörülen ilaç yanıtı hakkında neyi ve ne kadar güvenle iddia ettiğini anlamalarını sağlamaktadır. Bir genotipin nasıl rapor edilen bir fenotipe dönüştüğünü takdir etmek, bu tür raporları değerlendirmenin bir parçasıdır. Bu madde, raporlama sürecini ve terminolojiyi açıklamaktadır; herhangi bir bireysel sonucu yorumlamaz veya bir fenotipi reçeteleme veya dozlama kararına dönüştürmez.
Kanıt ve kılavuzlar
Klinik farmakogenetik test sonuçları için konsensüs terminolojisi, fenotiplerin nasıl raporlandığını uyumlu hale getirmek amacıyla Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium tarafından oluşturulmuştur (Caudle ve ark., 2017) ve CPIC ile Dutch Pharmacogenetics Working Group'un ortak önerileri CYP2D6 için genotip-fenotip çevirisini standartlaştırmıştır (Caudle ve ark., 2019). Bu çevirilerin temelini oluşturan alel tanımları Pharmacogene Variation Consortium tarafından derlenmektedir (Gaedigk ve ark., 2017). Bunlar standardizasyon çerçeveleri olup, bireyselleştirilmiş klinik tavsiye değildir.
Tarihçe
Erken dönem farmakogenomik raporlar, fenotipleri tanımlama biçimleri açısından büyük farklılıklar göstermekteydi, bu da karşılaştırmayı ve karar desteğini engellemekteydi. Bu durumu ele almak için, Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium, 2017 yılında klinik farmakogenetik test sonuçları için konsensüs terimlerini yayımlamış (Caudle ve ark., 2017) ve Dutch Pharmacogenetics Working Group ile ortak bir çalışma daha sonra zorlu CYP2D6 geni için çeviriyi standartlaştırmıştır (Caudle ve ark., 2019). Konsorsiyum tarafından derlenen alel nomenklatürü (Gaedigk ve ark., 2017) üzerine inşa edilen bu çabalar, raporlamayı alan genelinde daha tekdüze hale getirmiştir.
Tartışmalar
- Karmaşık genler için fenotip kategorilerini standartlaştırma
- CYP2D6 gibi yüksek oranda değişken genlere tek bir fenotip atamak zordur ve aktivite skoru eşikleri ile fenotip sınırları üzerindeki konsensüs, ana çerçeveler arasında açık bir uyum gerektirmiştir.
Öne çıkan isimler
- Kelly E. Caudle
- Andrea Gaedigk
- Michelle Whirl-Carrillo
- James M. Hoffman
İlgili konular
Temel eserler
- caudle-2017
- caudle-2019
- gaedigk-2017
Sıkça sorulan sorular
- Metabolize edici fenotip nedir?
- Bu, bir kişinin genotipine göre belirli ilaçları nasıl işleyeceği beklentisini tanımlayan, zayıf, orta, normal veya çok hızlı metabolize edici gibi öngörülen bir kategoridir; bu, genetik sonuçtan türetilen bir tahmin olup, ilaç seviyelerinin doğrudan bir ölçümü değildir.
- Standartlaştırılmış terminoloji neden önemlidir?
- Tutarlı terimler, aynı genotipin laboratuvarlar ve karar destek sistemleri arasında aynı şekilde tanımlanmasını sağlayarak belirsizliği azaltmakta ve raporların karşılaştırılmasını ve uygun şekilde hareket edilmesini kolaylaştırmaktadır.