Genetik Test Seçimi ve Yorumlanması
Genetik test seçimi ve yorumlanması, genetik danışmanlığın bir genetik testin ne zaman uygun olduğuna karar verme, mevcut test türleri arasından seçim yapma ve laboratuvar sonucunu klinik olarak anlamlı bir ifadeye dönüştürme ile ilgilenen alanıdır. Bu alan, testin yapılmasını motive eden klinik soruyu, bir laboratuvarın sağlayabileceği moleküler kanıtlarla ve bu kanıtlara sıklıkla eşlik eden belirsizlikle ilişkilendirmektedir.
Tanım
Genetik test seçimi ve yorumlanması, klinik bir soruya uygun bir genetik test seçme ve ortaya çıkan varyantları, kesinlikleri ve klinik çıkarımları dahil olmak üzere sınıflandırmak ve raporlamak için standartlaştırılmış kanıt çerçevelerini uygulama ile bağlantılı süreçleri ifade etmektedir.
Kapsam
Bu alan, okuyucuyu bir genetik testin tüm yolculuğuna yönlendirmektedir: testin istenmesini haklı kılan endikasyonlar, farklı test stratejilerinin analitik ve klinik performansı, dizi varyantlarını benignden patojenike kadar sınıflandırmak için kullanılan standartlaştırılmış çerçeve, belirsiz anlamlı varyantların (variants of uncertain significance) özel sorunu, popülasyon düzeyinde ve taşıyıcı taraması ve aranan değil de tesadüfen bulunan sonuçların yönetimi. Bu konular, bireysel hasta yönetimi için bir protokol olarak değil, metodolojik ve yorumlayıcı konular olarak ele alınmaktadır.
Alt konular
Temel sorular
- Bir genetik test ne zaman endikedir ve hangi klinik soruyu yanıtlamayı amaçlamaktadır?
- Belirli bir endikasyon için farklı test stratejileri (tek gen, panel, ekzom, genom) nasıl seçilmektedir?
- Bir dizi varyantının patojenitesi mevcut kanıtlardan nasıl sınıflandırılmaktadır?
- Sınıflandırmadaki belirsizlik ve tesadüfi bulgular nasıl ele alınmalı ve iletilmelidir?
Anahtar kavramlar
- Test endikasyonu ve klinik fayda
- Analitik ve klinik geçerlilik
- Varyant sınıflandırması (benignden patojenike)
- Belirsiz anlamlı varyant (variant of uncertain significance)
- Taşıyıcı ve popülasyon taraması
- İkincil ve tesadüfi bulgular
- Test öncesi ve sonrası danışmanlık
Mekanizmalar
Bir genetik test, hangi stratejinin uygun olduğunu belirleyen klinik bir soruyla başlamaktadır; bu stratejiler hedeflenmiş tek varyant analizlerinden panellere, ekzom ve genom dizilemeye kadar uzanmakta olup, her birinin farklı tespit kapsamı ve maliyeti bulunmaktadır (Schwarze ve ark., 2018). Laboratuvar daha sonra varyantları tanımlamakta ve her bir varyantı benignden patojenike kadar bir ölçeğe yerleştirmek için popülasyon frekansı, hesaplamalı tahminler, fonksiyonel veriler ve segregasyonu değerlendiren standartlaştırılmış bir kanıt çerçevesine göre sınıflandırmaktadır (Richards ve ark., 2015). Yorumlama aynı zamanda klinik bağlama da bağlıdır: aynı varyant, fenotipe, aile öyküsüne ve testin yapılma nedenine bağlı olarak farklı çıkarımlar taşıyabilmektedir. Farmakogenomik testler, genotipin bilinen gen-ilaç ilişkileri aracılığıyla nasıl bir sonraki klinik sonuca bağlandığını göstermektedir (Wang ve ark., 2011).
Klinik önem
Genetik testlerin nasıl seçildiğini ve yorumlandığını anlamak, genetik kanıtları değerlendirmek ve genetik danışmanlık pratiği için merkezi bir öneme sahiptir. Bu alan, sonuçların nasıl üretildiğini ve sınıflandırıldığını ve kesinliklerinin nasıl iletildiğini açıklamaktadır; test yolunu anlamak için bir referans yönlendirmesi olup, test sipariş etmek veya bireysel tanı veya tedavi kararları vermek için bir temel değildir.
Epidemiyoloji
Genetik ve genomik testlerin klinik kullanımı, dizileme maliyetlerinin düşmesiyle önemli ölçüde genişlemiş, belirli bozukluklar için tek gen testlerinden birçok endikasyonda ekzom ve genom dizilemeye doğru yayılmıştır; daha geniş yaklaşımlar için maliyet-etkinlik kanıtları heterojen kalmaktadır (Schwarze ve ark., 2018).
Tarihçe
Genetik testler, sitogenetik ve biyokimyasal analizlerden DNA tabanlı ve daha sonra yüksek verimli dizileme yöntemlerine doğru gelişmiştir. Tespit edilen varyantların hacmi ve kapsamı arttıkça, alan varyant patojenitesini sınıflandırmak için ortak çerçeveler geliştirmiş, bu çerçeveler laboratuvarların kanıtları nasıl değerlendireceğini ve sonuçları nasıl raporlayacağını standartlaştıran 2015 ACMG/AMP konsensüs önerisinde pekiştirilmiştir (Richards ve ark., 2015).
Tartışmalar
- İlk basamak test ne kadar geniş kapsamlı olmalıdır?
- Hedeflenmiş testlerle mi yoksa ekzom/genom dizilemeyle mi başlanacağı, tanısal verim, maliyet ve belirsiz veya tesadüfi bulguların yükü açısından ödünleşimler içermektedir ve maliyet-etkinlik kanıt tabanı hala gelişmektedir.
Öne çıkan isimler
- Sue Richards
- Heidi Rehm
- Sean Tavtigian
İlgili konular
Temel eserler
- richards-2015
- schwarze-2018
Sıkça sorulan sorular
- Bu alan neyi kapsamaktadır?
- Bu alan, bir genetik testin klinik bir soru için nasıl seçildiğini ve laboratuvar sonucunun kesinlik ve klinik anlam açısından nasıl sınıflandırıldığını, raporlandığını ve anlaşıldığını kapsamaktadır.
- Daha geniş kapsamlı dizileme her zaman hedeflenmiş bir testten daha mı iyidir?
- Her zaman değil; ekzom veya genom dizileme gibi daha geniş stratejiler kapsamı artırmakla birlikte maliyeti ve belirsiz veya tesadüfi bulgu olasılığını da yükseltmektedir, bu nedenle uygun seçim klinik soruya bağlıdır.