Bayesian GWAS — Bayes Genom-Genom İlişkilendirme Çalışması

Standart GWAS, her SNP'yi frekansçı bir regresyonla test eder ve bir p-değeri raporlar; bir eşik (tipik olarak 5×10⁻⁸) anlamlılığı belirtir. Bayes GWAS, her SNP için bir Bayes faktörü ve ardıl olasılık hesaplar, verilerin ilişkiye karşı ilişki olmamasına göre ne kadar daha olası olduğunu ölçer ve bir öncel içerir. Çıktı, ikili anlamlı/anlamsız bir karardan ziyade sıralı bir olasılık listesidir, bu da daha ince önceliklendirme ve belirsizlik ölçümü sağlar.

Hayır. Wakefield'ın yaklaşık Bayes faktörü (ABF), GWAS özet istatistiklerinden — standart regresyondan tahmin edilen etki büyüklüğü (beta veya log-OR) ve standart hatası — hesaplanır. Bu, Bayes ince haritalamayı, orijinal kohorta erişmeden kamuya açık GWAS özet verilerinden erişilebilir hale getirir.

95% güven kümesi, nedensel olma olasılıkları en az 0.95'e ulaşan varyantların en küçük koleksiyonudur. Doğrudan 'gerçek nedensel varyantın bu kümede olma olasılığı %95'tir' olarak yorumlanabilir. Klasik bir güven aralığı, bu doğrudan olasılık yorumunu taşımayan frekansçı bir yapıdır. İyi kalibre edilmiş Bayes ince haritalamasından elde edilen güven kümeleri genellikle tam LD bloğundan çok daha küçüktür.

Yaygın olarak kullanılan araçlar arasında çoklu nedensel ince haritalama için FINEMAP ve SuSiE; CAVIAR ve CAVIARBF; kolokasyon için coloc ve HyPrColoc; ve Bayes poligenik puanlama için PRS-CS veya LDpred2 bulunur. Yaklaşık Bayes faktörleri, basit son işleme betikleriyle herhangi bir standart GWAS özet çıktısından hesaplanabilir.

Yaygın bir varsayılan değer, pi = 1 / (test edilen bağımsız varyant sayısı)'dır, bu da genom-geniş yaklaşık bir nedensel varyant beklentisi — muhafazakar olarak küçük — yerleştirir. Büyük GWAS'lardan elde edilen ampirik tahminler, yaygın karmaşık özellikler için pi'nin 10⁻⁵ ila 10⁻⁴ aralığında olduğunu göstermektedir. Sonuçların öncel seçimine karşı sağlam olduğunu göstermek için her zaman bir dizi pi değeri üzerinden hassasiyet analizleri raporlayın.