Mantar ve Parazitlerin Moleküler Tanısı
Mantar ve parazitlerin moleküler tanısı, genellikle yavaş büyüyen, kültürü zor olan veya mikroskopi ile tanınması güç olan mantarları ve parazitleri saptamak ve tanımlamak için nükleik asit tabanlı yöntemleri kullanmaktadır. Dizi belirteçleri ve amplifikasyon testleri, geleneksel yöntemlerin sınırlı olduğu durumlarda tanısal erişimi genişletmektedir.
Tanım
Mantar ve parazitlerin moleküler tanısı, klinik örneklerde veya izolatlarında mantarları ve parazitleri saptamak ve tanımlamak için moleküler yöntemlerin — belirteç bölgelerinin amplifikasyonu, hibridizasyonu ve dizilenmesi — kullanımını ifade etmektedir.
Kapsam
Bu konu, mantarların DNA barkodlamasını (özellikle internal transkribe edici bölge), mantar ve parazit patojenlerinin PCR tabanlı saptanmasını ve bu yöntemlerin kültür ve mikroskopiye göre güçlü yönlerini ve sınırlılıklarını kapsamaktadır. Tedavi veya dozaj rehberliği içermeyen bir laboratuvar ve referans konusu olarak çerçevelenmektedir.
Temel sorular
- Hangi mantar veya parazit organizma mevcuttur ve hangi belirteç bölgesi onu en iyi şekilde tanımlamaktadır?
- Moleküler yöntemler, mikroskopi ve kültür ile hassasiyet ve özgüllük açısından nasıl karşılaştırılmaktadır?
- Kültürden bağımsız moleküler testler ne zaman tanısal değer katmaktadır?
Anahtar kavramlar
- Mantar barkod belirteci olarak ITS bölgesi
- PCR tabanlı patojen saptama
- DNA probları
- Multipleks moleküler paneller
- Kültürden bağımsız tanı
- Belirteç seçimi ve referans veri tabanları
Mekanizmalar
Mantarlar için, nükleer ribozomal internal transkribe edici bölge (ITS), geniş çapta benimsenmiş evrensel bir barkod görevi görmektedir; bu bölge dizilendiğinde ve referans veri tabanlarıyla eşleştirildiğinde, çoğu mantarı cins veya tür düzeyinde tanımlamaktadır (Schoch et al., 2012). PCR tabanlı testler, organizmaya özgü hedefleri çoğaltarak mantarları doğrudan klinik materyalde saptamaktadır; bu durum, kültürün yavaş veya duyarsız olduğu invaziv hastalıklarda değerli olabilmektedir, ancak klinik kullanıma hazır olma durumları ortama göre değişmektedir (Nguyen & Clancy, 2018). Parazitler için, DNA probları ve PCR, bazı geleneksel yöntemlere göre daha hassas alternatifler olarak erken dönemde yerleşmiştir (Weiss, 1995); günümüzde ise PCR tabanlı ve multipleks testler, klinik laboratuvarda bağırsak ve diğer parazitleri saptamak ve ayırt etmek için uygulanmaktadır (Verweij & Stensvold, 2014).
Klinik önem
Moleküler mantar ve parazit tanı yöntemleri, laboratuvarların kültür ve mikroskopinin gözden kaçırabileceği organizmaları nasıl saptadığını ve tanımladığını açıklamaktadır; bu da tanı raporlamasına ve sürveyansa bilgi sağlamaktadır. Bu konu, bu kanıtın nasıl üretildiğini açıklamaktadır ve bireysel tanı veya tedavi kararları için bir temel oluşturmamaktadır.
Epidemiyoloji
Moleküler saptama, mantar ve parazit enfeksiyonlarının tanınmasını ve ayırt edilmesini iyileştirmiştir; özellikle kültürü zor olan veya morfolojik olarak ayırt edilmesi güç olan organizmalar için, bunların görülme sıklığının daha doğru popülasyon düzeyinde değerlendirilmesini desteklemektedir (Verweij & Stensvold, 2014; Weiss, 1995).
Kanıt ve kılavuzlar
Belirteç tabanlı mantar tanımlaması, ITS bölgesini evrensel bir barkod olarak belirleyen konsorsiyum çalışmalarına dayanmaktadır (Schoch et al., 2012); derlemeler ise PCR tabanlı mantar ve parazit testlerinin klinik performansını ve sınırlılıklarını özetlemektedir (Nguyen & Clancy, 2018; Verweij & Stensvold, 2014). Teste özgü standartlar, meslek kuruluşları ve üreticiler tarafından belirlenmektedir ve burada tekrarlanmamaktadır.
Tarihçe
Moleküler yöntemler, PCR ve prob tabanlı saptamanın bazı geleneksel tekniklerden daha yüksek hassasiyet göstermesiyle mikoloji ve parazitolojiye girmiştir (Weiss, 1995). ITS bölgesinin evrensel bir mantar barkodu olarak resmi olarak benimsenmesi, moleküler mantar tanımlamasını standartlaştırmıştır (Schoch et al., 2012) ve PCR tabanlı parazitoloji testleri, rutin klinik laboratuvarlara aşamalı olarak geçmiştir (Verweij & Stensvold, 2014).
Tartışmalar
- Moleküler mantar testleri, geleneksel tanının yerini almaya hazır mıdır?
- PCR tabanlı mantar testleri, invaziv hastalıklar için hassasiyet ve hız katabilmektedir, ancak standardizasyon ve klinik validasyondaki değişkenlik, bu testlerin genellikle kültür ve antijen testlerinin yerini almak yerine onları tamamlayıcı olarak kullanıldığı anlamına gelmektedir.
İlgili konular
Temel eserler
- schoch-2012
- weiss-1995
- verweij-2014
Sıkça sorulan sorular
- ITS bölgesi mantarları tanımlamak için neden kullanılmaktadır?
- İnternal transkribe edici bölge, mantarlar arasında amplifiye edilebilecek kadar korunmuşluk ile birçok türü ayırt edebilecek kadar değişkenliği bir araya getirmektedir; bu da onun evrensel bir mantar DNA barkodu olarak benimsenmesine yol açmıştır.
- Moleküler yöntemler, parazitler için mikroskopi ve kültürün yerini almakta mıdır?
- Moleküler yöntemler genellikle hassasiyet ve türleri ayırt etme yeteneği katmaktadır, ancak organizmaya ve klinik bağlama bağlı olarak, tamamen bir ikame olmaktan ziyade mikroskopi ve diğer yöntemlerle birlikte kullanılmaktadır.
Bu kavram için yöntemler
- Single-cell Microbiome Diversity Analysis
- Rhizosphere Amplicon Analysis
- Antimicrobial Susceptibility Testing in Veterinary Medicine
- Parasitological Examination
- eDNA Metabarcoding
- Machine learning-assisted microbiome diversity analysis
- Pragmatic diagnostic accuracy study
- Multi-omics microbiome diversity analysis