Mantar Taksonomisi ve Tanımlanması
Mantar taksonomisi ve tanımlanması, mikolojinin mantarların tutarlı bir evrimsel hiyerarşi içinde nasıl sınıflandırıldığını ve bireysel izolatların nasıl tanınıp adlandırıldığını inceleyen dalıdır. Bu alan, mantar aleminin Ascomycota ve Basidiomycota gibi filumlara üst düzeyde ayrılmasını, taksonları birbirinden ayırmak için kullanılan morfolojik ve moleküler özellikleri ve klinik veya çevresel bir mantarın tanımlanmasında uygulanan pratik iş akışlarını kapsamaktadır.
Tanım
Mantar taksonomisi, mantarların evrimsel bir çerçeve içinde sistematik olarak sınıflandırılması ve adlandırılmasıdır; mantar tanımlaması ise, bilinmeyen bir izolatı morfolojik, biyokimyasal ve moleküler karakterler kullanarak bilinen bir taksona atama sürecidir.
Kapsam
Bu alan, okuyucuyu Fungi aleminin modern sınıflandırmasına ve mantarları cins ve tür düzeyinde tanımlamak için kullanılan yöntemlere yönlendirmektedir. Üç konuyu tanıtmaktadır: en büyük iki bölüm (Ascomycota ve Basidiomycota), zigomiset mantarlar ve diğer bölümler ile hem taksonominin hem de tanısal mikolojinin temelini oluşturan morfolojik ve moleküler tanımlama yöntemleri. Bu, bir referans genel bakışıdır; tanı veya tedavi protokolü değildir.
Alt konular
Temel sorular
- Fungi alemi filumlara nasıl ayrılmaktadır ve moleküler filogenetik bu ayrımı nasıl yeniden şekillendirmiştir?
- Başlıca mantar gruplarını hangi morfolojik ve üreme yapıları ayırt etmektedir?
- Klinik ve çevresel mantarlar nasıl tanımlanmaktadır ve morfoloji, dizileme ve kütle spektrometrisi her biri nerede uygulanmaktadır?
- 'Zigomisetler' ve 'Fungi imperfecti' gibi eski gruplandırmalar neden revize edilmiştir?
Anahtar kavramlar
- Fungi Alemi ve filumları
- Ascomycota ve Basidiomycota
- Zigomiset mantarlar (Mucoromycota ve ilişkili soylar)
- Morfolojik tanımlama (hifler, sporlar, üreme yapıları)
- DNA barkodlama ve ITS bölgesi
- Moleküler filogenetik
- Teleomorf, anamorf ve tek mantar, tek isim yaklaşımına geçiş
- MALDI-TOF kütle spektrometrisi ile tanımlama
Mekanizmalar
Sınıflandırma, çıkarımsal evrimsel ilişkilere dayanmaktadır: ortak atalar, morfolojik karakterlerden (örneğin eşeyli üreme organının tipi) ve giderek artan bir şekilde DNA dizi verilerinden yeniden yapılandırılmaktadır, böylece adlandırılmış gruplar mümkün olduğunca monofiletik soylara karşılık gelmektedir. Hibbett ve arkadaşları (2007), moleküler ve morfolojik kanıtları alemin üst düzey bir sınıflandırmasında sentezlemişlerdir ve iç transkripsiyonlu aralayıcı (ITS) bölgesi, mantarlar için evrensel bir DNA barkodu olarak benimsenmiştir (Schoch ve ark., 2012). Bu durum, tanımlamaya geleneksel mikroskopi ve kültürü tamamlayan dizi tabanlı ortak bir değer kazandırmıştır.
Klinik önem
Doğru tanımlama, tanısal mikolojinin temelini oluşturmaktadır; çünkü bir mantarın cinsi ve türü, beklenen davranış ve laboratuvar işlemlerine dair bilgi sağlamaktadır ve histopatoloji, dokudaki mantar elemanlarını tanımak için temel bir araç olmaya devam etmektedir (Guarner & Brandt, 2011). Bu alan, mantarların nasıl adlandırıldığını ve tanındığını ve bu bilginin laboratuvar tanısını nasıl desteklediğini açıklamaktadır; bireysel tanısal veya terapötik talimatlar için bir kaynak değildir.
Kanıt ve kılavuzlar
Bu alan için referans çerçevesi, Hibbett ve ark. (2007) tarafından pekiştirilen Fungi aleminin moleküler-filogenetik sınıflandırması ve Deep Hypha sentezi (Blackwell ve ark., 2006) ile birlikte ITS barkodlama standardıdır (Schoch ve ark., 2012). Tanısal tanımlama, ayrıca Guarner ve Brandt (2011) gibi histopatolojik ve laboratuvar derlemelerinden de yararlanmaktadır.
Tarihçe
Erken mantar sınıflandırması, görünür üreme yapıları üzerine inşa edilmiştir; mantarları eşeyli spor üretme biçimlerine göre ayırmış ve eşeysiz formları sözde Fungi imperfecti olarak ayrı gruplara ayırmıştır. Yirminci yüzyılın sonlarından itibaren, DNA dizileme evrimsel ilişkilerin doğrudan test edilmesine olanak tanımıştır; Deep Hypha girişimi (Blackwell ve ark., 2006) ve Hibbett ve ark. (2007) tarafından yapılan üst düzey sınıflandırma, alemi filogenetik çizgiler boyunca yeniden düzenlemiş ve ITS barkodlama (Schoch ve ark., 2012) moleküler tanımlamayı standartlaştırmıştır.
Öne çıkan isimler
- David Hibbett
- Meredith Blackwell
- John W. Taylor
- Conrad Schoch
İlgili konular
Temel eserler
- hibbett-2007
- schoch-2012
- blackwell-2006
Sıkça sorulan sorular
- Mantar aleminin başlıca bölümleri nelerdir?
- En büyük ikisi Ascomycota (keseli mantarlar) ve Basidiomycota (şapkalı mantarlar)'dır; ek soylar arasında artık Mucoromycota ve ilişkili filumlara yerleştirilen zigomiset mantarlar ile Chytridiomycota gibi erken ayrılan gruplar bulunmaktadır.
- Mantarlar laboratuvarda nasıl tanımlanmaktadır?
- Tanımlama, mikroskop altında morfolojiyi, kültür özelliklerini ve ITS dizilemesi gibi moleküler yöntemleri birleştirmektedir; kütle spektrometrisi ise hızlı tanımlama için giderek daha fazla kullanılmaktadır; uygun kombinasyon organizmaya ve ortama bağlıdır.