Jednoćelijska analiza obogaćenosti genskih skupova — scGSEA
Jednoćelijska analiza obogaćenosti genskih skupova (scGSEA) proširuje klasičnu GSEA za uzorke na rezoluciju pojedinačnih ćelija. Umesto testiranja da li je genski skup obogaćen u poređenju na nivou uzorka, scGSEA dodeljuje rezultat obogaćenosti ili aktivnosti svakoj ćeliji, omogućavajući istraživačima da mapiraju aktivnost puteva (pathway) kroz heterogene populacije ćelija, ćelijska stanja i razvojne trajektorije zabeležene u podacima transkripcije pojedinačnih ćelija (single-cell RNA-seq).
Pročitajte celu metodu
Prijavite se besplatnim nalogom da biste pročitali ovaj odeljak.
Mapa metoda
Okruženje srodnih metoda — izaberite čvor da biste istraživali.
Izvori
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/sr/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
Koja metoda?
Postavite ovu metodu pored njoj najbližih srodnika i čitajte ih uporedo — biblioteka polaže knjige na sto; izbor je na vama.
- Analiza obogaćenja genskih skupova (GSEA)Bioinformatika↔ uporedi
- Analiza obogaćenosti putaBioinformatika↔ uporedi
- RNA-seq Differential ExpressionBioinformatika↔ uporedi
- Analiza jednoćelijske RNA-sekvenceBioinformatika↔ uporedi
- Analiza diferencijalne ekspresije u jednoj ćelijskoj RNK-sekvenciBioinformatika↔ uporedi
Citirana u
Similar methods
Uočili ste grešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravku →