Process / pipelineBioinformatics / omics

ChIP-seq analiza poziva na vrhove — analiza sekvenciranja imunoprecipitacije hromatina

ChIP-seq analiza poziva na vrhove je računarski postupak koji identifikuje genomske regione gde je protein od interesa — transkripcioni faktor ili modifikacija histona — obogaćen, na osnovu očitavanja sekvenciranja iz eksperimenata imunoprecipitacije hromatina. Sirovi podaci sekvenciranja pretvaraju se u skup lokacija vezivanja ili modifikacije sa visokom pouzdanošću širom genoma, omogućavajući analizu regulacije gena, stanja hromatina i epigenetičkih mehanizama.

Otvorite u MethodMindUskoroVideoUskoroDownload slides

Pročitajte celu metodu

Samo za članove

Prijavite se besplatnim nalogom da biste pročitali ovaj odeljak.

Prijavite se

Method map

The neighbourhood of related methods — select a node to explore.

ChIP-seq analiza poziva na vrhove

ATAC-seq analiza Studija asocijacije na n…RNA-seq Differential Exp…Sequence Alignment Analiza jednoćelijske R…Позивање варијанти Bayesian ChIP-seq Peak C…Diferencijalno pozivanje…-Mašinsko učenje-potpomog…

+3 more

Izvori

Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗

Kako citirati ovu stranicu

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/sr/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Which method?

Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.

ATAC-seq analizaGenetika↔ compare
Studija asocijacije na nivou celog epigenoma (EWAS)Bioinformatika↔ compare
RNA-seq Differential ExpressionBioinformatika↔ compare
Sequence AlignmentBioinformatika↔ compare
Analiza jednoćelijske RNA-sekvenceBioinformatika↔ compare
Позивање варијантиBioinformatika↔ compare

Compare side by side →

Citirana u

Bayesian ChIP-seq Peak Calling Diferencijalno pozivanje vrhova u ChIP-seq analizi -Studija asocijacije na nivou celog epigenoma (EWAS)Mašinsko učenje-potpomognuto pozivanje vrhova ChIP-seq Analiza jednoćelijske RNA-sekvenciranja više omika RNA-seq Differential Expression Sequence Alignment Позивање врхова у једноћелијском ChIP-seq-у Pozivanje vrhova u vreme-serijskim ChIP-seq podacima

Uočili ste grešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravku →