Интерпретация и представление результатов

Интерпретация и представление результатов — это этап, который превращает необработанные генетические данные в клинически применимое заключение. Выявленные аллели именуются, объединяются в диплотип и транслируются в прогнозируемый фенотип, такой как категория метаболизатора; затем этот фенотип сообщается в отчете с использованием стандартизированных терминов. Поскольку непоследовательные формулировки когда-то затрудняли сравнение и использование фармакогеномных отчетов, консенсусная терминология и правила трансляции являются центральными в этой теме.

Definition

Интерпретация и представление фармакогеномных результатов — это процесс преобразования выявленных аллелей в диплотип и прогнозируемый фенотип реакции на лекарства, а затем сообщение этого фенотипа в клиническом отчете с использованием стандартизированной, основанной на консенсусе терминологии.

Scope

Эта статья охватывает трансляцию генотипа в фенотип, стандартизированные категории фенотипов, используемые для описания реакции на лекарства, консенсусную терминологию для клинических фармакогенетических результатов и то, почему стандартизация важна для ясности между лабораториями и системами поддержки принятия решений. В качестве иллюстративного примера сложности используется трансляция CYP2D6. Это справочное описание практики интерпретации и представления результатов, а не руководство по действиям на основе какого-либо конкретного результата.

Core questions

• Как генотип транслируется в прогнозируемый фенотип?
• Какие стандартизированные термины описывают фенотипы реакции на лекарства и почему они были согласованы?
• Почему последовательная терминология важна для разных лабораторий и систем?
• Что делает трансляцию для таких генов, как CYP2D6, особенно сложной?

Key concepts

• Сборка диплотипа
• Трансляция генотипа в фенотип
• Категории фенотипов метаболизаторов
• Стандартизированная терминология результатов
• Показатели активности для сложных генов
• Ясность и сопоставимость отчетов

Mechanisms

После того как лаборатория обнаруживает варианты, аллели именуются с использованием номенклатуры звездчатых аллелей и объединяются в диплотип (Gaedigk et al., 2017). Диплотип сопоставляется с прогнозируемым фенотипом, часто выражаемым как категория метаболизатора, с использованием консенсусных правил трансляции; для сложных генов, таких как CYP2D6, подход с использованием показателя активности суммирует функциональный вклад каждой аллели перед присвоением фенотипа (Caudle et al., 2019). Прогнозируемый фенотип затем сообщается с использованием стандартизированных терминов, согласованных консорциумами, так что один и тот же генотип приводит к одному и тому же описательному языку независимо от лаборатории (Caudle et al., 2017). Стандартизированная терминология и правила трансляции позволяют системам поддержки принятия решений последовательно интерпретировать отчеты и уменьшать двусмысленность для клиницистов (Roden, 2019).

Clinical relevance

Четкая, стандартизированная интерпретация позволяет читателям понять, что утверждается в фармакогеномном отчете относительно прогнозируемой реакции на лекарства и с какой степенью уверенности. Понимание того, как генотип становится сообщаемым фенотипом, является частью оценки таких отчетов. Эта статья объясняет процесс отчетности и терминологию; она не интерпретирует какой-либо индивидуальный результат и не переводит фенотип в решение о назначении или дозировке.

Evidence & guidelines

Консенсусная терминология для результатов клинических фармакогенетических тестов была установлена Консорциумом по внедрению клинической фармакогенетики (Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium) для гармонизации представления фенотипов (Caudle et al., 2017), а совместные рекомендации CPIC и Голландской рабочей группы по фармакогенетике (Dutch Pharmacogenetics Working Group) стандартизировали трансляцию генотипа в фенотип для CYP2D6 (Caudle et al., 2019). Определения аллелей, лежащие в основе этих трансляций, курируются Консорциумом по вариациям фармакогенов (Pharmacogene Variation Consortium) (Gaedigk et al., 2017). Это рамки стандартизации, а не индивидуальные клинические рекомендации.

History

Ранние фармакогеномные отчеты сильно различались в описании фенотипов, что затрудняло сравнение и поддержку принятия решений. Для решения этой проблемы Консорциум по внедрению клинической фармакогенетики опубликовал консенсусные термины для результатов клинических фармакогенетических тестов в 2017 году (Caudle et al., 2017), а совместные усилия с Голландской рабочей группой по фармакогенетике позже стандартизировали трансляцию для сложного гена CYP2D6 (Caudle et al., 2019). Эти усилия, основанные на курируемой консорциумом номенклатуре аллелей (Gaedigk et al., 2017), сделали отчетность более единообразной в этой области.

Debates

Стандартизация категорий фенотипов для сложных генов

Присвоение единого фенотипа сильно изменчивым генам, таким как CYP2D6, затруднительно, и консенсус по пороговым значениям показателя активности и границам фенотипов потребовал явной гармонизации между основными рамками.

Key figures

• Kelly E. Caudle
• Andrea Gaedigk
• Michelle Whirl-Carrillo
• James M. Hoffman

Seminal works

• caudle-2017
• caudle-2019
• gaedigk-2017

Frequently asked questions

Что такое фенотип метаболизатора?

Это прогнозируемая категория, описывающая, как человек, как ожидается, будет перерабатывать определенные лекарства на основе его генотипа, например, медленный, промежуточный, нормальный или ультрабыстрый метаболизатор; это предсказание, полученное из генетического результата, а не прямое измерение уровней лекарств.

Почему важна стандартизированная терминология?

Последовательные термины гарантируют, что один и тот же генотип описывается одинаково в разных лабораториях и системах поддержки принятия решений, уменьшая двусмысленность и делая отчеты более легкими для сравнения и соответствующего использования.