سوگیری نمایش در تحقیقات فارماکوژنومیکس

سوگیری نمایش (Representation bias) به معنای نمایش بیش از حد سیستماتیک برخی جمعیت‌ها - عمدتاً افراد با تبار اروپایی - و نمایش کمتر از حد دیگران در کوهورت‌ها، پایگاه‌های داده مرجع، و مطالعات اعتبارسنجی است که زیربنای فارماکوژنومیکس را تشکیل می‌دهند. از آنجا که کشف و حاشیه‌نویسی فارماکوژنتیک بر اساس جمعیت‌های مورد مطالعه تنظیم می‌شود، این عدم تعادل باعث می‌شود که پایه شواهد برای گروه‌های کمتر نمایش‌یافته، کمتر کامل و کمتر قابل اعتماد باشد.

Definition

انحراف سیستماتیک در شواهد فارماکوژنومیک که به موجب آن کوهورت‌های اکتشافی، پنل‌های مرجع، و مطالعات اعتبارسنجی به طور نامتناسبی از جمعیت‌های خاصی - عمدتاً با تبار اروپایی - نمونه‌برداری می‌کنند و در نتیجه یافته‌ها و ابزارهایی تولید می‌شوند که به طور نابرابر در سراسر بشریت تعمیم‌پذیر هستند.

Scope

این موضوع مقیاس شکاف تنوع در تحقیقات ژنومیک و فارماکوژنومیک، مکانیسم‌هایی که از طریق آن‌ها یافته‌ها را سوگیرانه می‌کند، و پیامدهای بعدی آن برای عدالت را مستند می‌کند. این یک بررسی روش‌شناختی و مرجع است؛ هیچ توصیه بالینی ارائه نمی‌دهد.

Core questions

• جمعیت‌ها تا چه حد به طور نابرابر در تحقیقات ژنومیک و فارماکوژنومیک نمایش داده می‌شوند؟
• از طریق چه مکانیسم‌هایی، نمایش کمتر از حد، کشف، حاشیه‌نویسی، و اعتبارسنجی را سوگیرانه می‌کند؟
• پیامدهای شکاف تنوع برای عدالت چیست؟
• کدام ابتکارات در حال گسترش تنوع داده‌های ژنومیک هستند؟
• سوگیری نمایش چگونه با قابلیت انتقال پیش‌بینی‌کننده‌های ژنتیکی تعامل دارد؟

Key concepts

• نمایش بیش از حد و نمایش کمتر از حد
• سوگیری تشخیص
• ترکیب پنل مرجع
• قابلیت انتقال (قابلیت حمل) پیش‌بینی‌کننده‌ها
• تفسیر و طبقه‌بندی مجدد واریانت
• بیوبانک‌ها و کنسرسیوم‌های متنوع (مثلاً TOPMed، H3Africa، All of Us)
• نابرابری‌های سلامت

Mechanisms

سوگیری در چندین مرحله وارد می‌شود. کوهورت‌های اکتشافی که عمدتاً از شرکت‌کنندگان با تبار اروپایی تشکیل شده‌اند، واریانت‌های رایج در آن گروه را شناسایی می‌کنند، بنابراین واریانت‌های شایع در جاهای دیگر کمتر احتمال دارد که یافت شوند یا از نظر عملکردی حاشیه‌نویسی شوند. پنل‌های مرجع که از داده‌های سوگیرانه گردآوری شده‌اند، واریانت‌ها را برای جمعیت‌های به خوبی نمایش‌یافته بهتر استنباط و تفسیر می‌کنند. مطالعات اعتبارسنجی که در همان گروه‌ها انجام می‌شوند، عملکرد را در آنجا تأیید می‌کنند اما تعمیم‌پذیری را در جاهای دیگر آزمایش نشده باقی می‌گذارند. در نتیجه، پیش‌بینی‌کننده‌های ژنتیکی - از جمله نمرات پلی‌ژنیک - تمایل دارند که به جمعیت‌های کمتر نمایش‌یافته به خوبی منتقل نشوند، و واریانت‌ها در آن جمعیت‌ها اغلب به عنوان دارای اهمیت نامشخص طبقه‌بندی می‌شوند. جمعیت‌های آفریقایی، که بیشترین تنوع ژنتیکی را دارند، به ویژه تحت تأثیر قرار می‌گیرند زیرا بسیاری از واریانت‌های آن‌ها به سادگی در منابع اروپامحور وجود ندارند.

Clinical relevance

سوگیری نمایش در قضاوت در مورد اینکه آیا یک یافته یا ابزار فارماکوژنومیک برای یک جمعیت خاص قابل اعتماد است یا خیر، محوری است. این مدخل توضیح می‌دهد که چگونه این سوگیری ایجاد می‌شود و چه معنایی برای کامل بودن شواهد دارد؛ این یک راهنمای بالینی نیست و به آزمایش یا درمان برای افراد نمی‌پردازد.

Epidemiology

بررسی‌های مطالعات ژنوم-واید اسوسیشن و ژنومیک بارها نشان داده‌اند که شرکت‌کنندگان با تبار اروپایی اکثریت بزرگی از افراد مورد مطالعه را تشکیل می‌دهند - بسیار بیشتر از سهم آن‌ها از جمعیت جهانی - در حالی که جمعیت‌های آفریقایی، آمریکای لاتین، و بسیاری از جمعیت‌های آسیایی و بومی به طور قابل توجهی کمتر نمایش‌یافته باقی می‌مانند، شکافی که با وجود توجه پایدار، تنها به آرامی کاهش یافته است.

History

نگرانی در مورد عدم تنوع در ژنومیک با تحلیل سال ۲۰۱۶ پوپ‌جوی و فولرتون که سلطه شرکت‌کنندگان با تبار اروپایی را نشان می‌داد، متبلور شد و با بررسی سال ۲۰۱۹ سیروجو و همکاران که پایداری این شکاف را مستند می‌کرد، تقویت شد. مارتین و همکاران (۲۰۱۹) یک آسیب ملموس را نشان دادند - عملکرد ضعیف‌تر و بالقوه افزایش‌دهنده نابرابری نمرات پلی‌ژنیک در جمعیت‌های غیراروپایی. ابتکاراتی مانند برنامه NHLBI TOPMed، H3Africa، و بیوبانک‌های بزرگ و متنوع تا حدی برای رفع این عدم تعادل پدید آمدند.

Debates

چرا شکاف تنوع با وجود توجه، پایدار مانده است؟

توضیحات شامل زیرساخت‌های ریشه‌دار استخدام، الگوهای تأمین مالی، بی‌اعتمادی تاریخی در میان جوامع به حاشیه رانده شده، و راحتی روش‌شناختی است؛ مفسران در مورد اینکه کدام اهرم‌ها به طور مؤثرتری شکاف را می‌بندند، اختلاف نظر دارند.

Key figures

• Alice B. Popejoy
• Stephanie M. Fullerton
• Sarah Tishkoff
• Alicia R. Martin
• Charles Rotimi

Seminal works

• popejoy-2016
• sirugo-2019
• martin-2019

Frequently asked questions

چرا مهم است که بیشتر تحقیقات ژنومیک در جمعیت‌های با تبار اروپایی انجام می‌شود؟

کشف فارماکوژنومیک، تفسیر واریانت، و ابزارهای پیش‌بینی‌کننده بر اساس جمعیت‌های مورد مطالعه تنظیم می‌شوند. هنگامی که این جمعیت‌ها عمدتاً با تبار اروپایی هستند، دانش حاصله برای سایر جمعیت‌ها کمتر کامل و کمتر قابل اعتماد است و به نابرابری‌های سلامت کمک می‌کند.

آیا افزودن داده‌های متنوع مشکل را حل می‌کند؟

گسترش تنوع کوهورت‌ها و پنل‌های مرجع ضروری و کمک‌کننده است، اما باید با روش‌های تحلیلی که در بین جمعیت‌ها قابل انتقال هستند و با توجه به اعتماد جامعه و منافع عادلانه همراه باشد.