فراخوانی واریانت مبتنی بر شبکه — ژنوتایپینگ ژنوم-گراف
فراخوانی واریانت مبتنی بر شبکه (ژنوم-گراف) جایگزین ژنوم خطی مرجع منفرد متعارف با یک گراف واریانت میشود — شبکهای که در آن گرهها بخشهای توالی و یالها مسیرهای جایگزین شناختهشده در طول ژنوم را نشان میدهند. خوانشها بر روی این گراف نگاشت میشوند و امکان تشخیص SNPها، ایندلها و واریانتهای ساختاری را با سوگیری مرجع بهطور قابلتوجهی کمتر از پایپلاینهای مرجع خطی فراهم میکنند. ابزارهای کلیدی شامل کیت ابزار گراف واریانت (vg) و Graphtyper هستند.
مطالعهٔ کامل روش
برای خواندن این بخش با حساب رایگان وارد شوید.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
منابع
- Garrison, E., Sirén, J., Novak, A. M., Hickey, G., Eizenga, J. M., Dawson, E. T., Jones, W., Garg, S., Markello, C., Lin, M. F., Paten, B., & Durbin, R. (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, 36(9), 875–879. DOI: 10.1038/nbt.4227 ↗
- Eggertsson, H. P., Jonsson, H., Kristmundsdottir, S., Hjartarson, E., Kehr, B., Masson, G., Zink, F., Hjorleifsson, K. E., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Melsted, P., Stefansson, K., & Halldorsson, B. V. (2017). Graphtyper enables population-scale genotyping using pangenome graphs. Nature Genetics, 49(11), 1654–1660. DOI: 10.1038/ng.3964 ↗
نحوهٔ استناد به این صفحه
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based (Graph-genome) Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/fa/bioinformatics/network-based-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- فراخوانی واریانت بیزیزیستاطلاعاتی↔ compare
- تحلیل تغییرات تعداد کپیزیستاطلاعاتی↔ compare
- مطالعه انجمنی در کل ژنوم (GWAS)زیستاطلاعاتی↔ compare
- تحلیل بیان افتراقی RNA-seqزیستاطلاعاتی↔ compare
- همترازسازی توالیزیستاطلاعاتی↔ compare
- فراخوانی واریانتزیستاطلاعاتی↔ compare
در این صفحه مشکلی دیدید؟ گزارش دهید یا اصلاحی پیشنهاد کنید →