میکروبیولوژی بالینی
میکروبیولوژی بالینی حوزهای از پزشکی آزمایشگاهی است که به شناسایی، تشخیص و توصیف میکروارگانیسمهای عامل عفونتهای انسانی – باکتریها، قارچها، ویروسها، مایکوباکتریها و انگلها – و پیشبینی نحوه پاسخ این ارگانیسمها به عوامل ضدمیکروبی میپردازد. این رشته، نمونه بیمار را از طریق کشت، میکروسکوپ، ایمونواسی، تکثیر مولکولی و طیفسنجی جرمی به اطلاعات آزمایشگاهی قابل اقدام پیوند میدهد.
Definition
میکروبیولوژی بالینی رشته آزمایشگاهی است که علت میکروبی عفونت را در نمونه بیمار مشخص میکند و ارگانیسم عامل را – شامل هویت و حساسیت ضدمیکروبی آن – برای حمایت از تشخیص و نظارت توصیف میکند.
Scope
این حوزه، گردش کار آزمایشگاه میکروبیولوژی تشخیصی را پوشش میدهد: جمعآوری و کیفیت نمونه، جداسازی اولیه و میکروسکوپ، شناسایی فنوتیپی و ژنوتیپی ارگانیسم، آزمایش حساسیت و مقاومت، و تشخیص سرولوژیک و مولکولی پاتوژنهایی که کشت آنها دشوار یا غیرممکن است. در اینجا، این موارد به صورت مدخلهای موضوعی برای شناسایی باکتریایی، آزمایش حساسیت ضدمیکروبی، شناسایی قارچی و آزمایش ضدقارچی، تشخیص ویروسی و سرولوژی، و شناسایی و مقاومت مایکوباکتریایی سازماندهی شدهاند. این مدخلها، این موارد را به عنوان روشهای علوم آزمایشگاهی بررسی میکنند، نه به عنوان دستورالعملهای مدیریت بالینی.
Sub-topics
Core questions
- کدام میکروارگانیسم، در صورت وجود، در این نمونه حضور دارد و آیا پاتوژن است یا آلاینده؟
- کدام روش – کشت، میکروسکوپ، تشخیص آنتیژن، سرولوژی، تکثیر اسید نوکلئیک، یا طیفسنجی جرمی – آن را به بهترین نحو تشخیص و شناسایی میکند؟
- آیا ارگانیسم به عوامل ضدمیکروبی که ممکن است علیه آن استفاده شود، حساس است یا مقاوم؟
- عملکرد تحلیلی، زمان پاسخ و تفسیر بالینی یک آزمایش میکروبیولوژی چگونه تعیین و محدود میشود؟
Key concepts
- کیفیت نمونه و متغیرهای پیشتحلیلی
- جداسازی مبتنی بر کشت در مقابل تشخیص مستقل از کشت
- شناسایی فنوتیپی (رشد، بیوشیمی، مورفولوژی)
- شناسایی ژنوتیپی و پروتئومیک (توالییابی، طیفسنجی جرمی MALDI-TOF)
- آزمایش حساسیت و مقاومت ضدمیکروبی
- سرولوژی (تشخیص آنتیبادی و آنتیژن)
- آزمایش تکثیر اسید نوکلئیک
- حساسیت تحلیلی، ویژگی و زمان پاسخ
- کلونیزاسیون در مقابل عفونت
Mechanisms
میکروبیولوژی تشخیصی از طریق توالی مراحل تحلیلی از نمونه به نتیجه میرسد. میکروسکوپ و کشت اولیه، ارگانیسمها را جداسازی یا مشاهده میکنند؛ سپس آزمایشهای فنوتیپی، ویژگیهای رشد و واکنشهای بیوشیمیایی را میخوانند، در حالی که شناسایی پروتئومیک توسط طیفسنجی جرمی MALDI-TOF، طیف جرمی پروتئین هر ارگانیسم را در برابر یک پایگاه داده مرجع میخواند که جریانهای کاری شناسایی روتین را تغییر شکل داده است (Clark et al., 2013). در مواردی که ارگانیسمها کند رشد یا غیرقابل کشت هستند، آزمایشگاه به تشخیص آنتیژن یا آنتیبادی مبتنی بر ایمونواسی و تکثیر اسید نوکلئیک مانند PCR بلادرنگ روی میآورد که ژنوم پاتوژن را مستقیماً در نمونه تشخیص میدهد (Espy et al., 2006). سپس آزمایش حساسیت، یک جدایه را در معرض غلظتهای تعریفشده ضدمیکروبی قرار میدهد و مهار رشد را میخواند (Jorgensen & Ferraro, 2009). در میان این روشها، آزمایشگاه باید عفونت واقعی را از کلونیزاسیون یا آلودگی تمایز دهد و بین حساسیت تحلیلی، ویژگی و زمان پاسخ تعادل برقرار کند (Caliendo et al., 2013).
Clinical relevance
میکروبیولوژی بالینی بخش عمدهای از شواهد را تولید میکند که تشخیص و نظارت بر بیماریهای عفونی بر آن استوار است، و نتایج آن – شناسایی ارگانیسم و پروفایل حساسیت – استدلال بالینی در مورد عفونت را آگاه میسازد. مدخلهای اینجا نحوه تولید و تفسیر این شواهد آزمایشگاهی را توصیف میکنند؛ آنها مرجعی برای روش و مفهوم هستند و مبنایی برای تصمیمات تشخیصی یا درمانی فردی نیستند، که به بافتار بالینی کامل بستگی دارد.
Epidemiology
آزمایشگاه میکروبیولوژی بالینی همچنین یک نگهبان برای سلامت جمعیت است: دادههای شناسایی و حساسیت آن به نظارت بر مقاومت ضدمیکروبی و تشخیص شیوع کمک میکند. استدلال شده است که تشخیصهای سریعتر و دقیقتر یک اولویت بهداشت عمومی هستند دقیقاً به این دلیل که هم مراقبت فردی و هم نظارت بر مقاومتهای نوظهور را شکل میدهند (Caliendo et al., 2013).
History
میکروبیولوژی تشخیصی از روشهای کشت و رنگآمیزی اواخر قرن نوزدهم به یک رشته آزمایشگاهی تبدیل شد که به تدریج ایمونواسیها، سیستمهای فنوتیپی خودکار، تکثیر اسید نوکلئیک، و اخیراً طیفسنجی جرمی MALDI-TOF و روشهای ژنومیک را اضافه کرد. پذیرش طیفسنجی جرمی برای شناسایی روتین (Clark et al., 2013) و گسترش آزمایشهای مولکولی (Espy et al., 2006; Caliendo et al., 2013) جدیدترین تغییرات در نحوه تشخیص میکروبی توسط آزمایشگاهها را نشان میدهد.
Related topics
Seminal works
- clark-2013
- espy-2006
- jorgensen-2009
- caliendo-2013
Frequently asked questions
- میکروبیولوژی بالینی چه تفاوتی با میکروبیولوژی عمومی دارد؟
- میکروبیولوژی عمومی به طور گسترده به مطالعه میکروارگانیسمها میپردازد؛ میکروبیولوژی بالینی کاربرد پزشکی آزمایشگاهی است که میکروارگانیسمهای عامل عفونت انسانی را در نمونههای بیماران، از جمله حساسیت ضدمیکروبی آنها، تشخیص و توصیف میکند.
- چرا یک آزمایشگاه میکروبیولوژی از چندین روش مختلف استفاده میکند؟
- هیچ روش واحدی همه پاتوژنها را تشخیص نمیدهد. کشت، میکروسکوپ، تشخیص آنتیژن و آنتیبادی، تکثیر اسید نوکلئیک و طیفسنجی جرمی هر کدام برای ارگانیسمها و سوالات مختلف مناسب هستند، بنابراین آزمایشگاهها آنها را بر اساس نمونه و پاتوژن مشکوک ترکیب میکنند.