تشخیص آزمایشگاهی و تکنیکهای کشت
تشخیص آزمایشگاهی و تکنیکهای کشت، روشهایی هستند که آزمایشگاه میکروبیولوژی بالینی برای شناسایی، رشد و تشخیص باکتریهای عامل عفونت به کار میبرد. این بخش خواننده را در مسیر کامل تشخیصی، از نحوه جمعآوری و انتقال نمونه تا چگونگی کشت، نامگذاری و تأیید ارگانیسم از طریق روشهای فنوتیپی یا مولکولی، همراه با سیستمهای کیفی که نتایج را قابل اعتماد میسازند، راهنمایی میکند.
Definition
تشخیص آزمایشگاهی و تکنیکهای کشت شامل روشهای تحلیلی و پیشتحلیلی مورد استفاده در باکتریولوژی بالینی برای بازیابی، شناسایی و توصیف پاتوژنهای باکتریایی از نمونههای بالینی است که شامل کشت، شناسایی فنوتیپی، تشخیص مولکولی و تضمین کیفیت میشود.
Scope
این بخش، اجزای تشخیص باکتریولوژیک را به عنوان یک جریان کاری مرتبط بررسی میکند: انتخاب و پردازش مناسب نمونه، محیطهای کشت و شرایط انکوباسیون که ارگانیسمها را بازیابی میکنند، شناسایی فنوتیپی و مبتنی بر طیفسنجی جرمی، تقویت اسید نوکلئیک و سایر روشهای تشخیص مولکولی، و کنترل کیفیت آزمایشگاهی. این موارد به عنوان مفاهیم مرجع برای درک چگونگی تولید شواهد آزمایشگاهی مطرح میشوند، نه به عنوان راهنمایی برای سفارش یا تفسیر آزمایشها در یک بیمار خاص.
Sub-topics
Core questions
- آزمایشگاه چگونه یک پاتوژن باکتریایی را از یک نمونه بالینی بازیابی میکند؟
- چه چیزی تعیین میکند که یک ارگانیسم کشت شده، پاتوژن، کلونیزهکننده یا آلاینده است؟
- باکتریها پس از بازیابی چگونه شناسایی میشوند و چه روشهای جدیدتری کشت را تکمیل یا جایگزین میکنند؟
- چه سیستمهای کیفی تضمین میکنند که نتایج میکروبیولوژی دقیق و قابل تکرار هستند؟
Key concepts
- فازهای پیشتحلیلی، تحلیلی و پستحلیلی
- محیطهای کشت و شرایط انکوباسیون
- شناسایی فنوتیپی
- طیفسنجی جرمی زمان پرواز با یونش لیزری به کمک ماتریس (MALDI-TOF)
- آزمایش تقویت اسید نوکلئیک
- کیفیت نمونه و آلودگی
- کنترل کیفیت آزمایشگاهی و آزمونهای مهارت
Mechanisms
تشخیص باکتریولوژیک بر اساس یک جریان کاری پیش میرود که اعتبار آن به هر مرحله بستگی دارد. نمونهای که نماینده محل عفونت است، جمعآوری و تحت شرایطی که ارگانیسمهای زنده را حفظ کند، منتقل میشود، سپس روی محیطهای کشت تلقیح شده و در اتمسفری مناسب برای پاتوژنهای مشکوک انکوبه میشود. رشد بررسی شده و ایزولهها با واکنشهای فنوتیپی یا به طور فزایندهای با طیفسنجی جرمی MALDI-TOF شناسایی میشوند؛ روشهای مولکولی میتوانند ارگانیسمها را مستقیماً از نمونهها بدون کشت قبلی تشخیص دهند. در تمام مراحل، روشهای کنترل کیفیت تأیید میکنند که محیطها، معرفها و ابزارها طبق انتظار عمل میکنند، به طوری که نتیجه گزارش شده منعکسکننده وضعیت بیمار باشد نه یک مصنوع آزمایشگاهی. راهنماییهای معتبر، آزمایشگاه و پزشک را به عنوان شرکایی معرفی میکند که تصمیمات مشترک آنها در مورد آنچه باید جمعآوری و آزمایش شود، بازده تشخیصی را تعیین میکند (Baron 2013).
Clinical relevance
نتایج حاصل از این روشها، پایه و اساس بسیاری از شواهد مورد استفاده برای نسبت دادن عفونتها به ارگانیسمهای خاص و ردیابی مقاومت را تشکیل میدهند. درک مسیر تشخیصی به خوانندگان کمک میکند تا ارزیابی کنند که چرا یک کشت ممکن است با وجود عفونت منفی باشد، چرا یک کشت مثبت ممکن است نشاندهنده آلودگی باشد، و چگونه ابزارهای مولکولی و پروتئومیک جدیدتر، زمان چرخش تشخیصی را تغییر میدهند. این بخش چگونگی تولید شواهد آزمایشگاهی را توصیف میکند و مبنایی برای تصمیمات تشخیصی یا درمانی فردی نیست.
Evidence & guidelines
راهنماییهای اجماعی از انجمن بیماریهای عفونی آمریکا و انجمن میکروبیولوژی آمریکا، انتخاب مناسب نمونه و استفاده از آزمایشگاه را برای تشخیص بیماریهای عفونی توصیف میکند (Baron 2013). متون مرجع مانند کتابچه راهنمای میکروبیولوژی بالینی، روشهای استاندارد کشت و شناسایی را کدگذاری میکنند (Jorgensen 2015)، و بررسیها نشاندهنده تغییر به سمت تشخیصهای مولکولی و پروتئومیک سریعتر بودهاند (Caliendo 2013).
History
باکتریولوژی تشخیصی از روشهای کشت اواخر قرن نوزدهم میکروبیولوژیستهای اولیه نشأت گرفت و در طول قرن بیستم به طرحهای فنوتیپی استاندارد شده تکامل یافت. اواخر قرن بیستم و اوایل قرن بیست و یکم، تقویت اسید نوکلئیک و طیفسنجی جرمی MALDI-TOF را به ارمغان آورد که زمانهای شناسایی را فشرده کرد و در برخی موارد، امکان تشخیص بدون کشت را فراهم آورد (Caliendo 2013).
Related topics
Seminal works
- baron-2013
- jorgensen-2015
- caliendo-2013
Frequently asked questions
- آزمایشگاه میکروبیولوژی بالینی دقیقاً چه کاری انجام میدهد؟
- این آزمایشگاه میکروارگانیسمها را از نمونههای بالینی بازیابی، شناسایی و توصیف میکند، با استفاده از کشت، شناسایی فنوتیپی و مولکولی، و سیستمهای کیفی تا نتایج به طور قابل اعتماد منعکسکننده آنچه در بیمار وجود دارد باشد.
- آیا با وجود آزمایشهای مولکولی، هنوز هم به کشت نیاز است؟
- کشت همچنان محوری است زیرا یک ایزوله زنده را برای آزمایشهای بیشتر بازیابی میکند، اما روشهای مولکولی و طیفسنجی جرمی به طور فزایندهای با تسریع شناسایی و برای برخی اهداف، تشخیص مستقیم ارگانیسمها از نمونهها، آن را تکمیل میکنند.