真菌分类学与鉴定
真菌分类学与鉴定是真菌学的一个分支，关注如何将真菌分类为连贯的进化层级，以及如何识别和命名单个分离株。它涵盖了真菌界的高级划分，例如子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota），用于区分分类群的形态学和分子特征，以及识别临床或环境真菌的实际工作流程。
Definition
真菌分类学是在进化框架内对真菌进行系统分类和命名，而真菌鉴定是利用形态学、生物化学和分子特征将未知分离株归入已知分类群的过程。
Scope
本领域旨在引导读者了解真菌界的现代分类以及用于鉴定属和种水平真菌的方法。它介绍了三个主题：两个最大的门（子囊菌门和担子菌门）、接合菌门真菌及其他门，以及支撑分类学和诊断真菌学的形态学和分子鉴定方法。这是一个参考性概述，而非诊断或治疗方案。
Sub-topics
Core questions
- 真菌界如何划分为不同的门，分子系统发育学如何重塑了这种划分？
- 哪些形态学和繁殖结构区分了主要的真菌类群？
- 临床和环境真菌如何鉴定，形态学、测序和质谱各适用于何处？
- 为什么“接合菌”（zygomycetes）和“不完全真菌”（Fungi imperfecti）等旧有分类群已被修订？
Key concepts
- 真菌界及其门
- 子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）
- 接合菌门真菌（毛霉门 Mucoromycota 及相关谱系）
- 形态学鉴定（菌丝、孢子、子实体）
- DNA条形码和ITS区
- 分子系统发育学
- 有性型、无性型以及“一菌一名”的转变
- MALDI-TOF质谱鉴定
Mechanisms
分类基于推断的进化关系：通过形态特征（例如有性子实体的类型）以及越来越多地通过DNA序列数据重建共同祖先，以便命名的群体尽可能与单系谱系对应。Hibbett及其同事（2007）将分子和形态学证据综合为真菌界的高级分类，并且内部转录间隔区（ITS）被采纳为真菌的通用DNA条形码（Schoch et al., 2012），为鉴定提供了一种基于序列的通用标准，补充了传统的显微镜检查和培养。
Clinical relevance
准确鉴定是诊断真菌学的基础，因为真菌的属和种决定了其预期行为和实验室处理方式，而组织病理学仍然是识别组织中真菌元素的核心工具（Guarner & Brandt, 2011）。本领域描述了真菌如何被命名和识别，以及这些知识如何支持实验室诊断；它并非个体诊断或治疗指导的来源。
Evidence & guidelines
本领域的参考框架是Hibbett et al.（2007）和Deep Hypha综合研究（Blackwell et al., 2006）所整合的真菌界分子系统发育分类，以及ITS条形码标准（Schoch et al., 2012）。诊断鉴定还额外借鉴了组织病理学和实验室综述，例如Guarner和Brandt（2011）。
History
早期的真菌分类建立在可见的繁殖结构上，通过真菌产生有性孢子的方式进行划分，并将无性形式单独归类为所谓的“不完全真菌”（Fungi imperfecti）。从20世纪末开始，DNA测序使得可以直接检验进化关系；Deep Hypha倡议（Blackwell et al., 2006）和Hibbett et al.（2007）的高级分类根据系统发育线重新组织了真菌界，而ITS条形码（Schoch et al., 2012）则标准化了分子鉴定。
Key figures
- David Hibbett
- Meredith Blackwell
- John W. Taylor
- Conrad Schoch
Related topics
Seminal works
- hibbett-2007
- schoch-2012
- blackwell-2006
Frequently asked questions
- 真菌界的主要划分有哪些？
- 最大的两个是子囊菌门（Ascomycota，囊菌）和担子菌门（Basidiomycota，棒菌）；其他谱系包括现在归入毛霉门（Mucoromycota）及相关门的接合菌门真菌，以及壶菌门（Chytridiomycota）等早期分化类群。
- 实验室中如何鉴定真菌？
- 鉴定结合了显微镜下的形态学、培养特征和分子方法（如ITS测序），质谱法也越来越多地用于快速鉴定；适当的组合取决于生物体和具体环境。