Mikobakteriyel Tanımlama ve Direnç
Mikobakteriyel tanımlama ve direnç testleri, Mycobacterium tuberculosis ve diğer mikobakterileri saptamak, tür düzeyinde tanımlamak ve antimikobakteriyel ilaçlara duyarlılıklarını belirlemek için kullanılan laboratuvar yöntemleridir. Mikobakteriler yavaş büyüdüğü için, bu alan mikroskopi ve kültürü, hem organizmayı hem de anahtar direnç belirteçlerini saptayabilen hızlı moleküler testlerle birleştirmektedir.
Tanım
Mikobakteriyel tanımlama, klinik bir örnekten mikobakterilerin laboratuvar ortamında saptanması ve tür düzeyinde tanımlanmasıdır; direnç testi ise, fenotipik veya moleküler yöntemlerle, bir mikobakteriyel izolatın antimikobakteriyel ajanlara duyarlılığının belirlenmesidir.
Kapsam
Bu madde, aside dirençli mikroskopi, mikobakteriyel kültür, tür tanımlaması, fenotipik ve moleküler ilaç duyarlılık testleri ile tüberkülozda rifampin direnci gibi direncin hızlı moleküler saptanmasını kapsamaktadır. Bunları laboratuvar yöntemleri olarak ele almakta olup, tedavi rejimleri veya dozaj bilgisi sunmamaktadır.
Temel sorular
- Bu örnekte mikobakteri bulunmakta mıdır ve organizma Mycobacterium tuberculosis mi yoksa tüberküloz dışı bir tür müdür?
- Aside dirençli mikroskopi, kültür, moleküler testler veya proteomik tanımlama gibi hangi yöntemler mikobakterileri saptar ve tanımlar?
- İzolat anahtar antimikobakteriyel ilaçlara dirençli midir ve bu fenotipik veya moleküler olarak nasıl belirlenir?
- Mikobakterilerin yavaş büyümesi ve moleküler testlerin hızı laboratuvar iş akışını nasıl şekillendirmektedir?
Anahtar kavramlar
- Aside dirençli (Ziehl-Neelsen, auramin) mikroskopi
- Mikobakteriyel kültür (katı ve sıvı besiyerleri)
- Mycobacterium tuberculosis kompleksi ve tüberküloz dışı mikobakteriler
- Fenotipik ilaç duyarlılık testi
- Direncin moleküler saptanması (örn. rifampin direnci)
- Doğrudan saptama için nükleik asit amplifikasyonu
- Line prob ve kartuş bazlı testler
- Yavaş büyüme ve sonuçlanma süresi
Mekanizmalar
Mikobakterilerin saptanması, lipid açısından zengin hücre duvarını boyayan aside dirençli mikroskopi ve mikobakterilerin yavaş büyümesi nedeniyle haftalar sürebilen katı veya sıvı besiyerlerinde kültür ile başlamaktadır. Tür tanımlaması, moleküler problar, dizileme veya kütle spektrometrisi gibi proteomik yöntemler kullanılarak Mycobacterium tuberculosis kompleksini tüberküloz dışı mikobakterilerden ayırmaktadır (Clark et al., 2013). İlaç duyarlılık testi, fenotipik olarak ilaçların varlığında büyüme ile veya giderek artan bir şekilde, dirençle ilişkili mutasyonların moleküler saptanmasıyla yapılmaktadır. Otomatik kartuş bazlı nükleik asit amplifikasyonu, M. tuberculosis ve rifampin direncini doğrudan bir örnekten, kültür bazlı testler için gereken haftalar yerine saatler içinde saptayabilmektedir (Boehme et al., 2010) ve gerçek zamanlı PCR, laboratuvarda doğrudan moleküler saptamayı daha geniş bir şekilde desteklemektedir (Espy et al., 2006). Kapsamlı derlemeler, bu laboratuvar yöntemlerini tüberkülozun daha geniş tanı ve sürveyans çerçevesine yerleştirmektedir (Pai et al., 2016).
Klinik önem
Mikobakterilerin tanımlanması ve ilaç direncinin saptanması, tüberküloz ve tüberküloz dışı mikobakteriyel hastalıklar hakkındaki klinik akıl yürütme ve halk sağlığı kontrolü için merkezi bilgiler üretmektedir. Bu madde, bu laboratuvar sonuçlarının nasıl elde edildiğini ve onları nelerin sınırladığını açıklamaktadır; bu bir referans materyalidir ve birey için antimikobakteriyel rejimler veya dozaj önermemektedir.
Epidemiyoloji
Mikobakteriyel laboratuvar testleri, tüberküloz kontrolünün ayrılmaz bir parçasıdır: organizmanın ve direncin hızlı moleküler saptanması, ilaca dirençli tüberkülozun tanınmasına giden yolu kısaltmakta ve sürveyansı bilgilendirmektedir (Boehme et al., 2010). Tüberkülozla ilgili derlemeler, tanı yöntemlerinin hastalığın küresel epidemiyolojisi ve yönetimindeki rolünü vurgulamaktadır (Pai et al., 2016).
Tarihçe
Mikobakteriyel tanı, bir yüzyıldan fazla bir süre aside dirençli mikroskopi ve yavaş kültüre dayanmış, fenotipik ilaç duyarlılık testleri daha sonra eklenmiştir. Nükleik asit amplifikasyonunun ve özellikle M. tuberculosis ve rifampin direncini doğrudan balgamdan saatler içinde bildirebilen otomatik kartuş bazlı testlerin tanıtılması, laboratuvar pratiğinde önemli bir değişikliğe işaret etmiştir (Boehme et al., 2010), bu da moleküler mikrobiyolojinin daha geniş çaplı genişlemesi içinde yer almaktadır (Espy et al., 2006).
İlgili konular
Temel eserler
- boehme-2010
- pai-2016
- espy-2006
Sıkça sorulan sorular
- Mikobakteriyel testler neden hem kültür hem de moleküler yöntemlere dayanmaktadır?
- Mikobakteriler yavaş büyüdüğü için, kültür bazlı tanımlama ve duyarlılık testleri haftalar sürebilmektedir. Moleküler testler, organizmayı ve rifampin direnci gibi anahtar direnç belirteçlerini doğrudan bir örnekten saatler içinde saptayarak kültürü tamamlamaktadır (Boehme et al., 2010).
- Laboratuvarda Mycobacterium tuberculosis'i tüberküloz dışı mikobakterilerden ayıran nedir?
- Her ikisi de aside dirençli olduğu için, sadece mikroskopi ile ayrılamazlar; tür düzeyinde tanımlama, M. tuberculosis kompleksini tüberküloz dışı mikobakterilerden ayırmak için moleküler problar, dizileme veya proteomik yöntemler kullanmaktadır (Clark et al., 2013).