Laboratuvar Tanısı ve Kültür Teknikleri
Laboratuvar tanısı ve kültür teknikleri, klinik mikrobiyoloji laboratuvarının enfeksiyondan sorumlu bakterileri saptadığı, ürettiği ve tanımladığı yöntemlerdir. Bu alan, bir örneğin nasıl toplandığı ve taşındığından, bir organizmanın nasıl kültüre edildiği, adlandırıldığı ve fenotipik veya moleküler yöntemlerle nasıl doğrulandığına kadar tüm tanısal süreci okuyucuya sunmakta, bu sonuçları güvenilir kılan kalite sistemlerini de içermektedir.
Tanım
Laboratuvar tanısı ve kültür teknikleri, klinik bakteriyolojide klinik örneklerden bakteriyel patojenleri izole etmek, tanımlamak ve karakterize etmek için kullanılan analitik ve pre-analitik yöntemleri kapsamakta olup; kültür, fenotipik tanımlama, moleküler saptama ve kalite güvencesini içermektedir.
Kapsam
Bu alan, bakteriyolojik tanının bileşenlerini bağlantılı bir iş akışı olarak incelemektedir: uygun örnek seçimi ve işlenmesi, organizmaları üreten kültür ortamları ve inkübasyon koşulları, fenotipik ve kütle spektrometrisi tabanlı tanımlama, nükleik asit amplifikasyonu ve diğer moleküler tanılar ile laboratuvar kalite kontrolü. Bu bileşenler, laboratuvar kanıtlarının nasıl üretildiğini anlamak için referans kavramlar olarak çerçevelenmekte olup, bireysel bir hastada test sipariş etme veya yorumlama kılavuzu niteliğinde değildir.
Alt konular
Temel sorular
- Laboratuvar, klinik bir örnekten bakteriyel bir patojeni nasıl izole etmektedir?
- Kültüre edilmiş bir organizmanın patojen, kolonizatör veya kontaminant olup olmadığını ne belirlemektedir?
- Bakteriler izole edildikten sonra nasıl tanımlanır ve hangi yeni yöntemler kültürü tamamlar veya onun yerini alır?
- Mikrobiyoloji sonuçlarının doğru ve tekrarlanabilir olmasını hangi kalite sistemleri sağlamaktadır?
Anahtar kavramlar
- Pre-analitik, analitik ve post-analitik fazlar
- Kültür ortamları ve inkübasyon koşulları
- Fenotipik tanımlama
- Matriks destekli lazer desorpsiyon iyonizasyonu uçuş zamanlı (MALDI-TOF) kütle spektrometrisi
- Nükleik asit amplifikasyon testi
- Örnek kalitesi ve kontaminasyon
- Laboratuvar kalite kontrolü ve yeterlilik testi
Mekanizmalar
Bakteriyolojik tanı, geçerliliği her adıma bağlı olan bir iş akışı boyunca ilerlemektedir. Enfeksiyon bölgesini temsil eden bir örnek, canlı organizmaları koruyan koşullar altında toplanır ve taşınır, ardından şüpheli patojenlere uygun atmosferlerde besiyerlerine ekilir ve inkübe edilir. Üreme incelenir ve izolatlar fenotipik reaksiyonlarla veya giderek artan bir şekilde MALDI-TOF kütle spektrometrisi ile tanımlanır; moleküler yöntemler, önceden kültür yapmaksızın organizmaları doğrudan örneklerden saptayabilmektedir. Süreç boyunca, kalite kontrol prosedürleri, besiyerlerinin, reaktiflerin ve cihazların beklendiği gibi çalıştığını doğrular, böylece bildirilen bir sonuç laboratuvar artefaktı yerine hastayı yansıtır. Yetkili kılavuzlar, laboratuvarı ve klinisyeni, neyin toplanacağı ve test edileceği konusundaki ortak kararlarının tanısal verimi belirlediği ortaklar olarak çerçevelemektedir (Baron 2013).
Klinik önem
Bu yöntemlerle elde edilen sonuçlar, enfeksiyonları belirli organizmalara atfetmek ve direnci izlemek için kullanılan kanıtların çoğunu desteklemektedir. Tanısal yolu anlamak, okuyucuların enfeksiyona rağmen bir kültürün neden negatif olabileceğini, pozitif bir kültürün neden kontaminasyonu temsil edebileceğini ve yeni moleküler ve proteomik araçların tanısal geri dönüş süresini nasıl değiştirdiğini değerlendirmelerine yardımcı olmaktadır. Bu alan, laboratuvar kanıtlarının nasıl üretildiğini tanımlamakta olup, bireysel tanı veya tedavi kararları için bir temel oluşturmamaktadır.
Kanıt ve kılavuzlar
Amerika Enfeksiyon Hastalıkları Derneği ve Amerikan Mikrobiyoloji Derneği'nden gelen konsensüs kılavuzları, enfeksiyon hastalıklarının tanısı için uygun örnek seçimi ve laboratuvar kullanımını tanımlamaktadır (Baron 2013). Klinik Mikrobiyoloji El Kitabı (Manual of Clinical Microbiology) gibi referans metinler, standart kültür ve tanımlama yöntemlerini kodlamakta (Jorgensen 2015) ve derlemeler, daha hızlı moleküler ve proteomik tanı yöntemlerine doğru kayışı haritalandırmıştır (Caliendo 2013).
Tarihçe
Tanısal bakteriyoloji, on dokuzuncu yüzyıl sonlarındaki erken mikrobiyologların kültür yöntemlerinden doğmuş ve yirminci yüzyıl boyunca standartlaştırılmış fenotipik şemalara dönüşerek olgunlaşmıştır. Yirminci yüzyılın sonları ve yirmi birinci yüzyılın başları, tanımlama sürelerini kısaltan ve bazı durumlarda kültür olmaksızın saptamaya olanak tanıyan nükleik asit amplifikasyonu ve MALDI-TOF kütle spektrometrisini getirmiştir (Caliendo 2013).
İlgili konular
Temel eserler
- baron-2013
- jorgensen-2015
- caliendo-2013
Sıkça sorulan sorular
- Klinik mikrobiyoloji laboratuvarı aslında ne yapmaktadır?
- Klinik örneklerden mikroorganizmaları izole etmekte, tanımlamakta ve karakterize etmekte; bunu kültür, fenotipik ve moleküler tanımlama ile kalite sistemlerini kullanarak, sonuçların hastada mevcut olanı güvenilir bir şekilde yansıtmasını sağlamaktadır.
- Moleküler testler varken kültür hala gerekli midir?
- Kültür, daha ileri testler için canlı bir izolatı izole etmesi nedeniyle merkezi önemini korumaktadır; ancak moleküler ve kütle spektrometrisi yöntemleri, tanımlamayı hızlandırarak ve bazı hedefler için organizmaları doğrudan örneklerden saptayarak kültürü giderek daha fazla tamamlamaktadır.