Moleküler Tanı Teknikleri
Moleküler tanı teknikleri, bakterileri büyüme yerine nükleik asitleri aracılığıyla, polimeraz zincir reaksiyonu ve dizileme gibi yöntemler kullanarak tespit ve karakterize etmektedir. Bu teknikler, organizmaları doğrudan örneklerden tanımlayabilmekte, genellikle kültürden daha hızlı sonuç vermekte ve bazen kültürün başarısız olduğu durumlarda dahi işe yarayabilmektedir. Ayrıca, direnç belirleyicilerini de saptayabilmektedirler.
Tanım
Moleküler tanı teknikleri, mikroorganizmaların nükleik asitlerini tespit eden, çoğaltan veya dizileyen, genellikle organizmanın kültürlenmesini gerektirmeyen, organizmaları veya direnç belirleyicilerini tanımlamak için kullanılan laboratuvar yöntemleridir.
Kapsam
Bu kapsam, nükleik asit amplifikasyon testlerini, gerçek zamanlı ve multipleks polimeraz zincir reaksiyonunu, dizileme tabanlı tanımlamayı ve sendromik moleküler panelleri, bunların güçlü yönleri ve yorumlama uyarıları ile birlikte ele almaktadır. Konu, metodolojik bir çerçeve olarak sunulmakta olup, bireysel hastalar için test veya tedavi talimatları sağlamamaktadır.
Temel sorular
- Nükleik asit amplifikasyon testleri bakterileri nasıl tespit etmektedir?
- Moleküler yöntemler kültürün başarısız olduğu durumlarda ne zaman başarılı olabilmekte ve sınırları nelerdir?
- Moleküler ve kültür tabanlı tanı yöntemleri birbirini nasıl tamamlamaktadır?
Anahtar kavramlar
- Nükleik asit amplifikasyon testi
- Gerçek zamanlı (kantitatif) PCR
- Multipleks ve sendromik paneller
- 16S rRNA gen dizilemesi
- Direnç genlerinin tespiti
- Canlı olmayan organizmaların tespiti
- Analitik duyarlılık ve özgüllük
Mekanizmalar
Moleküler yöntemler, belirli bir nükleik asit dizisini hedeflemekte ve onu çoğaltarak çok az miktardaki organizmanın bile tespit edilmesini sağlamaktadır; gerçek zamanlı formatlar hedefi nicel olarak belirlemekte ve sonuç alma süresini kısaltmaktadır, multipleks paneller ise aynı anda birçok patojeni test etmektedir (Espy 2006). 16S rRNA gibi korunmuş genlerin dizilenmesi, kültürlenmesi veya fenotiplenmesi zor olan organizmaları tanımlayabilmektedir. Bu yöntemler büyüme yerine nükleik asidi tespit ettiğinden, antibiyotik maruziyeti sonrası dahil olmak üzere kültürün negatif olduğu durumlarda bile sonuç verebilmektedir; ancak aynı zamanda canlı olmayan organizmaları veya kolonize edicileri de tespit edebilmektedir, bu nedenle sonuçların bağlam içinde yorumlanması gerekmektedir. Derlemeler, moleküler tanı yöntemlerinin hızı ve duyarlılığı nasıl artırdığını, aynı zamanda yeni yorumlama sorularını da gündeme getirdiğini açıklamaktadır (Espy 2006; Caliendo 2013).
Klinik önem
Moleküler tanı yöntemleri, enfeksiyonların organizmalara ne kadar hızlı ve güvenilir bir şekilde atfedildiğini ve direncin nasıl tespit edildiğini etkilemektedir; ancak yorumlamaları kültürden farklıdır, çünkü bir geni tespit etmek, canlı, duyarlılık testine uygun bir organizmayı izole etmekle aynı değildir. Bu konu, laboratuvar kanıtının nasıl üretildiğini tanımlamakta olup, bireysel tanı veya tedavi kararları için bir temel oluşturmamaktadır.
Kanıt ve kılavuzlar
Kapsamlı derlemeler, gerçek zamanlı PCR ve diğer moleküler yöntemlerin rutin klinik mikrobiyolojideki uygulamalarını ve performansını (Espy 2006) ve enfeksiyon hastalıkları tanısında iyileşmeye yönelik daha geniş değişimi (Caliendo 2013) açıklamaktadır; standart metinler ise moleküler yöntemleri ve kültürle birlikteki yerlerini detaylandırmaktadır (Jorgensen 2015).
Tarihçe
1980'lerde tanıtılan polimeraz zincir reaksiyonu, hedeflenmiş nükleik asit tespitini pratik hale getirmiş ve gerçek zamanlı ve multipleks formatlar daha sonra rutin klinik laboratuvarlara girerek moleküler tanıyı ve dizileme tabanlı tanımlamayı genişletmiştir (Espy 2006; Caliendo 2013).
İlgili konular
Temel eserler
- espy-2006
- caliendo-2013
Sıkça sorulan sorular
- Moleküler testler kültürü tamamen ikame edebilir mi?
- Tamamen değil; genellikle organizmaları daha hızlı ve bazen kültürün başarısız olduğu durumlarda tespit edebilmektedirler, ancak kültür yine de daha ileri karakterizasyon için canlı bir izolat sağlamaktadır ve nükleik asidi tespit eden moleküler sonuçlar dikkatli yorumlama gerektirmektedir.
- Kültür negatifken moleküler test neden pozitif olabilir?
- Moleküler yöntemler büyüme yerine nükleik asidi tespit etmektedir, bu nedenle organizmaların canlı olmadığı veya düşük sayıda bulunduğu durumlarda, kültürde üremeyi engelleyen antibiyotik maruziyeti sonrasında bile pozitif kalabilmektedirler.