การประกอบทรานสคริปโตมแบบเดโนโว
การประกอบทรานสคริปโตมแบบเดโนโว (De novo transcriptome assembly) เป็นการสร้างลำดับกรดไรโบนิวคลีอิกชนิดส่งสาร (messenger RNA sequences) แบบเต็มความยาวโดยตรงจากลำดับการอ่าน (sequencing reads) โดยไม่จำเป็นต้องใช้จีโนมอ้างอิง การศึกษาที่บุกเบิกโดย Regev, Haas และคณะ ได้พัฒนาไปป์ไลน์นี้ขึ้นมาเพื่อการค้นพบทรานสคริปต์ในสิ่งมีชีวิตที่ไม่เป็นแบบจำลอง (non-model organisms) และการตรวจจับไอโซฟอร์มใหม่ (novel isoforms) ยีนหลอมรวม (fusion genes) และรูปแบบการตัดต่อที่แตกต่างกัน (splice variants)
อ่านวิธีฉบับเต็ม
เข้าสู่ระบบด้วยบัญชีฟรีเพื่ออ่านส่วนนี้
แผนที่ระเบียบวิธี
ย่านของระเบียบวิธีที่เกี่ยวข้องกัน — เลือกโหนดเพื่อสำรวจ
แหล่งอ้างอิง
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
วิธีอ้างอิงหน้านี้
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/th/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
ระเบียบวิธีใด?
วางระเบียบวิธีนี้เคียงข้างระเบียบวิธีใกล้เคียงที่สุด แล้วอ่านเปรียบเทียบกัน — คลังวางหนังสือไว้บนโต๊ะให้แล้ว ส่วนการเลือกเป็นของท่าน
- การวิเคราะห์การคัดกรอง CRISPRชีวสารสนเทศศาสตร์↔ เปรียบเทียบ
- การค้นหาโปรไฟล์ HMMERชีวสารสนเทศศาสตร์↔ เปรียบเทียบ
- Metagenomic Binningชีวสารสนเทศศาสตร์↔ เปรียบเทียบ