เปรียบเทียบวิธี

	การประกอบทรานสคริปโตมแบบเดโนโว	การค้นหาโปรไฟล์ HMMER
สาขาวิชา	ชีวสารสนเทศศาสตร์	ชีวสารสนเทศศาสตร์
ตระกูล	Process / pipeline	Process / pipeline
ปีกำเนิด	2011	1994
ผู้ริเริ่ม	Aviv Regev	Sean Eddy
ประเภท	Sequence assembly pipeline	Probabilistic sequence search pipeline
แหล่งต้นตำรับ	Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652.	Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531.
ชื่อเรียกอื่น	transcriptome assembly, de novo assembly, RNA-Seq assembly	profile-hidden Markov model, HMM profile search, HMMER
ที่เกี่ยวข้อง	3	3
สรุป	De novo transcriptome assembly reconstructs full-length messenger RNA sequences directly from sequencing reads without requiring a reference genome. Pioneered by Regev, Haas, and colleagues, this pipeline enables transcript discovery in non-model organisms and detection of novel isoforms, fusion genes, and splice variants.	HMMER profile search identifies distant protein sequence homologs using probabilistic models of protein families, known as profile Hidden Markov Models (HMMs). Developed by Eddy and colleagues, this method captures sequence variation patterns within protein families and detects homologs with far greater sensitivity than position-weight matrices or pairwise alignment.