เปรียบเทียบวิธี

	การประกอบทรานสคริปโตมแบบเดโนโว	การวิเคราะห์การคัดกรอง CRISPR
สาขาวิชา	ชีวสารสนเทศศาสตร์	ชีวสารสนเทศศาสตร์
ตระกูล	Process / pipeline	Process / pipeline
ปีกำเนิด	2011	2013
ผู้ริเริ่ม	Aviv Regev	Feng Zhang
ประเภท	Sequence assembly pipeline	High-throughput genetic screen pipeline
แหล่งต้นตำรับ	Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652.	Shalem, O., Sanjana, N. E., Hartenian, E., Shi, X., Scott, D. A., Mikkelsen, T. S., ... & Zhang, F. (2014). Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells. Science, 343(6166), 84-87.
ชื่อเรียกอื่น	transcriptome assembly, de novo assembly, RNA-Seq assembly	CRISPR pooled screen, genetic screen analysis
ที่เกี่ยวข้อง	3	3
สรุป	De novo transcriptome assembly reconstructs full-length messenger RNA sequences directly from sequencing reads without requiring a reference genome. Pioneered by Regev, Haas, and colleagues, this pipeline enables transcript discovery in non-model organisms and detection of novel isoforms, fusion genes, and splice variants.	CRISPR screen analysis processes data from pooled genetic screens using CRISPR-Cas9 to identify genes required for cell growth, survival, or phenotype in specific conditions. Developed by Zhang, Sanjana, and others, this computational pipeline transforms sequencing readouts of guide RNA abundances into ranked lists of functional genes.