Вызов пиков ChIP-seq — Вызов пиков секвенирования путем иммунопреципитации хроматина
Вызов пиков ChIP-seq — это вычислительный конвейер, который идентифицирует геномные области, где обогащен интересующий белок — фактор транскрипции или модификация гистона — на основе данных секвенирования из экспериментов по иммунопреципитации хроматина. Он преобразует необработанные данные секвенирования в набор сайтов связывания или модификации с высокой степенью достоверности по всему геному, что позволяет проводить последующий анализ регуляции генов, состояния хроматина и эпигенетических механизмов.
Читать метод полностью
Войдите с бесплатным аккаунтом, чтобы прочитать этот раздел.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
+3 more
Источники
- Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
- Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗
Как цитировать эту страницу
ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/ru/bioinformatics/chip-seq-peak-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Анализ ATAC-seqГенетика↔ compare
- Полногеномное ассоциативное исследование эпигенома (EWAS)Биоинформатика↔ compare
- Анализ дифференциальной экспрессии РНК-сек (DE)Биоинформатика↔ compare
- Выравнивание последовательностейБиоинформатика↔ compare
- Анализ одноклеточной РНК-секвенирования (scRNA-seq)Биоинформатика↔ compare
- Вызов вариантовБиоинформатика↔ compare
Упоминается в
Нашли ошибку на этой странице? Сообщите о ней или предложите исправление →