Process / pipelineBioinformatics / omics

Вызов пиков ChIP-seq — Вызов пиков секвенирования путем иммунопреципитации хроматина

Вызов пиков ChIP-seq — это вычислительный конвейер, который идентифицирует геномные области, где обогащен интересующий белок — фактор транскрипции или модификация гистона — на основе данных секвенирования из экспериментов по иммунопреципитации хроматина. Он преобразует необработанные данные секвенирования в набор сайтов связывания или модификации с высокой степенью достоверности по всему геному, что позволяет проводить последующий анализ регуляции генов, состояния хроматина и эпигенетических механизмов.

Открыть в MethodMindСкороВидеоСкороDownload slides

Читать метод полностью

Только для участников

Войдите с бесплатным аккаунтом, чтобы прочитать этот раздел.

Войти

Method map

The neighbourhood of related methods — select a node to explore.

+3 more

Источники

  1. Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137
  2. Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111

Как цитировать эту страницу

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/ru/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Which method?

Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.

Compare side by side

Упоминается в

ScholarGateChIP-seq Peak Calling (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling). Получено 2026-06-15 из https://scholargate.app/ru/bioinformatics/chip-seq-peak-calling · Набор данных: https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026