Microbiologia Clínica
A microbiologia clínica é a área da medicina laboratorial que se ocupa da detecção, identificação e caracterização dos microrganismos que causam infecções humanas - bactérias, fungos, vírus, micobactérias e parasitas - e da previsão de como esses organismos responderão aos agentes antimicrobianos. Ela conecta a amostra do paciente a informações laboratoriais acionáveis por meio de cultura, microscopia, imunoensaio, amplificação molecular e espectrometria de massa.
Definition
A microbiologia clínica é a disciplina laboratorial que estabelece a causa microbiana de uma infecção em uma amostra de paciente e caracteriza o organismo causador - incluindo sua identidade e sua suscetibilidade antimicrobiana - para apoiar o diagnóstico e a vigilância.
Scope
A área abrange o fluxo de trabalho do laboratório de microbiologia diagnóstica: coleta e qualidade da amostra, isolamento primário e microscopia, identificação fenotípica e genotípica de organismos, testes de suscetibilidade e resistência, e a detecção sorológica e molecular de patógenos difíceis ou impossíveis de cultivar. É organizada aqui em entradas de tópicos para identificação bacteriana, testes de suscetibilidade antimicrobiana, identificação fúngica e testes antifúngicos, detecção viral e sorologia, e identificação e resistência micobacteriana. A entrada trata estes como métodos de ciência laboratorial, não como instruções de manejo clínico.
Sub-topics
Core questions
- Qual microrganismo, se houver, está presente nesta amostra, e é um patógeno ou contaminante?
- Qual método - cultura, microscopia, detecção de antígenos, sorologia, amplificação de ácidos nucleicos ou espectrometria de massa - o detecta e identifica melhor?
- O organismo é suscetível ou resistente aos agentes antimicrobianos que poderiam ser usados contra ele?
- Como o desempenho analítico, o tempo de resposta e a interpretação clínica de um teste de microbiologia são estabelecidos e limitados?
Key concepts
- Qualidade da amostra e variáveis pré-analíticas
- Isolamento baseado em cultura versus detecção independente de cultura
- Identificação fenotípica (crescimento, bioquímica, morfologia)
- Identificação genotípica e proteômica (sequenciamento, espectrometria de massa MALDI-TOF)
- Testes de suscetibilidade e resistência antimicrobiana
- Sorologia (detecção de anticorpos e antígenos)
- Testes de amplificação de ácidos nucleicos
- Sensibilidade analítica, especificidade e tempo de resposta
- Colonização versus infecção
Mechanisms
A microbiologia diagnóstica procede de uma amostra a um resultado através de uma sequência de etapas analíticas. A microscopia e a cultura primária isolam ou visualizam organismos; testes fenotípicos então leem características de crescimento e reações bioquímicas, enquanto a identificação proteômica por espectrometria de massa MALDI-TOF lê o espectro de massa de proteínas de cada organismo contra um banco de dados de referência, o que remodelou os fluxos de trabalho de identificação de rotina (Clark et al., 2013). Onde os organismos são de crescimento lento ou não cultiváveis, o laboratório recorre à detecção de antígenos ou anticorpos baseada em imunoensaio e à amplificação de ácidos nucleicos, como a PCR em tempo real, que detecta genomas de patógenos diretamente na amostra (Espy et al., 2006). O teste de suscetibilidade então expõe um isolado a concentrações antimicrobianas definidas e lê a inibição do crescimento (Jorgensen & Ferraro, 2009). Em todos esses métodos, o laboratório deve distinguir a infecção verdadeira da colonização ou contaminação e equilibrar a sensibilidade analítica, a especificidade e o tempo de resposta (Caliendo et al., 2013).
Clinical relevance
A microbiologia clínica gera grande parte das evidências nas quais se baseia o reconhecimento e a vigilância de doenças infecciosas, e seus resultados - uma identificação de organismo e um perfil de suscetibilidade - informam o raciocínio clínico sobre a infecção. As entradas aqui descrevem como essa evidência laboratorial é produzida e interpretada; são uma referência a método e conceito e não são uma base para decisões individuais de diagnóstico ou tratamento, que dependem do contexto clínico completo.
Epidemiology
O laboratório de microbiologia clínica também é um sentinela para a saúde da população: suas identificações e dados de suscetibilidade alimentam a vigilância da resistência antimicrobiana e a detecção de surtos. Diagnósticos mais rápidos e precisos têm sido argumentados como uma prioridade de saúde pública precisamente porque moldam tanto o cuidado individual quanto o monitoramento da resistência emergente (Caliendo et al., 2013).
History
A microbiologia diagnóstica cresceu dos métodos de cultura e coloração do final do século XIX para uma disciplina laboratorial que progressivamente adicionou imunoensaios, sistemas fenotípicos automatizados, amplificação de ácidos nucleicos e, mais recentemente, espectrometria de massa MALDI-TOF e métodos genômicos. A adoção da espectrometria de massa para identificação de rotina (Clark et al., 2013) e a expansão dos testes moleculares (Espy et al., 2006; Caliendo et al., 2013) marcam as mudanças mais recentes em como os laboratórios estabelecem um diagnóstico microbiano.
Related topics
Seminal works
- clark-2013
- espy-2006
- jorgensen-2009
- caliendo-2013
Frequently asked questions
- Como a microbiologia clínica difere da microbiologia em geral?
- A microbiologia geral estuda microrganismos de forma ampla; a microbiologia clínica é a aplicação da medicina laboratorial que detecta e caracteriza os microrganismos que causam infecções humanas em amostras de pacientes, incluindo sua suscetibilidade antimicrobiana.
- Por que um laboratório de microbiologia usa vários métodos diferentes?
- Nenhum método único detecta todos os patógenos. Cultura, microscopia, detecção de antígenos e anticorpos, amplificação de ácidos nucleicos e espectrometria de massa são adequados para diferentes organismos e questões, então os laboratórios os combinam de acordo com a amostra e o patógeno suspeito.