Métodos de Identificação Bacteriana

Os métodos de identificação bacteriana determinam a espécie (e, por vezes, a estirpe) de um organismo recuperado em laboratório. Eles variam desde a microscopia clássica e testes bioquímicos até o perfil proteômico baseado em espectrometria de massa, e o método escolhido influencia a rapidez e a precisão com que um patógeno pode ser nomeado.

Definition

Métodos de identificação bacteriana são as técnicas laboratoriais usadas para atribuir um isolado recuperado a um táxon, utilizando características fenotípicas, reações bioquímicas, perfis proteômicos ou alvos moleculares.

Scope

O tópico abrange abordagens fenotípicas, como coloração de Gram, morfologia de colônias e reações bioquímicas; sistemas de identificação automatizados; e espectrometria de massa por dessorção/ionização a laser assistida por matriz com tempo de voo (MALDI-TOF). A tipagem em nível de estirpe para fins epidemiológicos é mencionada como relacionada. A entrada é metodológica e não fornece instruções clínicas para pacientes individuais.

Core questions

• Como os métodos fenotípicos clássicos identificam bactérias?
• Como a espectrometria de massa MALDI-TOF identifica organismos e quais são seus limites?
• Quando os alvos moleculares são usados em vez de, ou em conjunto com, métodos fenotípicos?

Key concepts

• Coloração de Gram e microscopia
• Morfologia de colônias
• Perfil bioquímico e metabólico
• Sistemas de identificação automatizados
• Espectrometria de massa MALDI-TOF
• Bancos de dados de espectros de proteínas
• Tipagem de estirpes

Mechanisms

A identificação fenotípica lê propriedades observáveis: a reação à coloração de Gram e a morfologia microscópica restringem as possibilidades, a aparência da colônia adiciona pistas, e painéis de reações bioquímicas distinguem espécies por suas capacidades metabólicas, muitas vezes automatizadas para alto rendimento. A espectrometria de massa MALDI-TOF, por sua vez, gera um espectro de massa de proteínas, essencialmente uma impressão digital proteômica, a partir de uma colônia e o compara com um banco de dados de referência, fornecendo identificação em nível de espécie em minutos, uma vez que um isolado esteja disponível; sua adoção encurtou substancialmente os tempos de identificação em laboratórios de rotina (Seng 2009; Clark 2013). Onde o fenótipo ou os espectros são ambíguos, os alvos moleculares podem resolver a identidade. Cada método tem limites, incluindo a cobertura do banco de dados e a incapacidade de distinguir certas espécies intimamente relacionadas (Clark 2013).

Clinical relevance

Uma identificação mais rápida e precisa informa como as infecções são atribuídas a organismos e como a vigilância é conduzida. Conhecer os limites de um método explica por que algumas espécies intimamente relacionadas são relatadas apenas em nível de grupo, ou por que um organismo incomum pode exigir testes confirmatórios. O tópico descreve como os resultados laboratoriais são gerados e não é uma base para decisões individuais de diagnóstico ou tratamento.

Evidence & guidelines

Estudos comparativos e revisões documentam a precisão e as vantagens de tempo de resposta da espectrometria de massa MALDI-TOF para a identificação bacteriana de rotina e suas limitações (Seng 2009; Clark 2013), enquanto textos padrão descrevem esquemas de identificação fenotípica e bioquímica (Jorgensen 2015).

History

A identificação por muito tempo dependeu de coloração, microscopia e painéis bioquímicos desenvolvidos ao longo do século XX. A introdução clínica da espectrometria de massa MALDI-TOF por volta de 2009 marcou uma mudança em direção à identificação proteômica rápida em laboratórios de rotina, complementando os métodos moleculares (Seng 2009; Clark 2013).

Seminal works

• seng-2009
• clark-2013

Frequently asked questions

Como a espectrometria de massa MALDI-TOF identifica bactérias?

Ela produz um espectro de massa de proteínas característico a partir de uma colônia bacteriana e o compara com um banco de dados de referência, resultando em uma identificação em nível de espécie em minutos, uma vez que um isolado esteja disponível.

Os testes bioquímicos ainda são usados?

Sim; os métodos fenotípicos e bioquímicos continuam úteis, especialmente onde os bancos de dados de espectrometria de massa são incompletos ou onde os organismos devem ser caracterizados além da identificação da espécie.