Análise de Enriquecimento de Conjuntos de Genes em Séries Temporais — Enriquecimento Dinâmico de Vias ao Longo do Tempo
A análise de enriquecimento de conjuntos de genes em séries temporais (TS-GSEA) estende a estrutura clássica do GSEA para detectar conjuntos de genes biologicamente coordenados — vias, termos de ontologia gênica ou assinaturas curadas — cuja expressão coletiva muda significativamente ao longo do tempo. Em vez de comparar dois "instantâneos", ela modela a trajetória temporal completa da expressão gênica para identificar quais programas funcionais são ativados, suprimidos ou remodelados dinamicamente durante um processo biológico, como desenvolvimento, resposta a tratamento ou progressão de doença.
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Fontes
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/pt/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
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