Sieciowa analiza wzbogacenia zestawów genów
Sieciowa analiza wzbogacenia zestawów genów (network GSEA) rozszerza klasyczną GSEA poprzez włączenie biologicznych sieci interakcji — takich jak sieci interakcji białko-białko (PPI) lub sieci współwystępowania — do testu wzbogacenia. Zamiast traktować każdy gen niezależnie, metoda propaguje sygnały różnicowej ekspresji wzdłuż krawędzi sieci, pozwalając współregulowanym lub funkcjonalnie powiązanym genom wspólnie wspierać istotność zestawu genów. Wynikiem jest biologicznie spójny wynik wzbogacenia, który uwzględnia topologię szlaku i zależności między genami.
Przeczytaj pełny opis metody
Zaloguj się na bezpłatne konto, aby przeczytać tę sekcję.
Mapa metod
Sąsiedztwo pokrewnych metod — wybierz węzeł, aby je zgłębić.
Źródła
- Shojaie, A., & Michailidis, G. (2010). Network enrichment analysis in complex experiments. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 9(1), Article 22. link ↗
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545-15550. link ↗
Jak cytować tę stronę
ScholarGate. (2026, June 3). Network-Based Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/pl/bioinformatics/network-based-gene-set-enrichment-analysis
Która metoda?
Zestaw tę metodę z najbliższymi jej krewnymi i czytaj je obok siebie — biblioteka kładzie księgi na stole; wybór należy do Ciebie.
- Analiza wzbogacenia zestawów genów (GSEA)Bioinformatyka↔ porównaj
- GWAS oparty na sieciachBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza wzbogacenia szlakówBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza ekspresji różnicowej RNA-seqBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza wzbogacenia zestawów genów w pojedynczych komórkachBioinformatyka↔ porównaj
Cytowana przez
Widzisz błąd na tej stronie? Zgłoś go lub zaproponuj poprawkę →