Analīze tīklos balstīta kopiju skaita variācijām
Tīklos balstīta kopiju skaita variāciju (CNV) analīze integrē genoma plašus CNV datus ar bioloģisko mijiedarbības tīklu datiem — piemēram, proteīnu-proteīnu mijiedarbības (PPI) vai ceļu tīkliem — lai identificētu funkcionāli koherentus reģionus, virzošos gēnus un izmainītus apakštīklus, ko vienīgi izejas CNV izsaukšana nespētu atklāt. Izplatot CNV signālus caur tīkla grafu, metode atklāj koordinētas ģenomiskās devas nelīdzsvarotības, kas saplūst kopīgās bioloģiskās funkcijās, padarot to īpaši spēcīgu vēža genoms un reto slimību pētījumos.
Lasīt pilno metodes aprakstu
Piesakieties ar bezmaksas kontu, lai lasītu šo sadaļu.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Avoti
- Vandin, F., Upfal, E., & Raphael, B. J. (2012). De novo discovery of mutated driver pathways in cancer. Genome Research, 22(2), 375–385. DOI: 10.1101/gr.120477.111 ↗
- Leiserson, M. D. M., Vandin, F., Wu, H.-T., Dobson, J. R., Eldridge, J. V., Thomas, J. L., Papoutsaki, A., Kim, Y., Niu, B., McLellan, M., Lawrence, M. S., Gonzalez-Perez, A., Tamborero, D., Cheng, Y., Ryslik, G. A., Lopez-Bigas, N., Getz, G., Ding, L., & Raphael, B. J. (2015). Pan-cancer network analysis identifies combinations of rare somatic mutations across pathways and protein complexes. Nature Genetics, 47(2), 106–114. DOI: 10.1038/ng.3168 ↗
Kā citēt šo lapu
ScholarGate. (2026, June 3). Network-Based Copy Number Variation Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/lv/bioinformatics/network-based-copy-number-variation-analysis
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Kopiju skaita variāciju analīzeBioinformātika↔ compare
- GSEA (Gēnu kopu bagātināšanas analīze)Bioinformātika↔ compare
- Tīklā balstīta GWASBioinformātika↔ compare
- Tīklā balstīta RNA-seq diferenciālās ekspresijas analīzeBioinformātika↔ compare
- Signālu ceļu bagātināšanas analīzeBioinformātika↔ compare
- Variantu identificēšanaBioinformātika↔ compare
Pamanījāt kļūdu šajā lapā? Ziņojiet vai ierosiniet labojumu →