HMMER profila meklēšana
HMMER profila meklēšana identificē attālus proteīnu sekvenču homologus, izmantojot proteīnu dzimtu probablistiskos modeļus, kas pazīstami kā profila slēptie Markova modeļi (HMM). Šo metodi, ko izstrādājis Edijs (Eddy) un kolēģi, izmanto, lai aprakstītu sekvenču variācijas modeļus proteīnu dzimtās un atklātu homologus ar daudz lielāku jutību nekā pozīciju svēruma matricas vai pāru salīdzinājumi.
Lasīt pilno metodes aprakstu
Piesakieties ar bezmaksas kontu, lai lasītu šo sadaļu.
Metožu karte
Saistīto metožu apkaime — atlasiet mezglu, lai izpētītu.
Avoti
- Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1104 ↗
- Eddy, S. R. (1998). Profile hidden Markov models. Bioinformatics, 14(9), 755-763. DOI: 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ↗
- Finn, R. D., Clements, J., & Eddy, S. R. (2011). HMMER web server: interactive sequence similarity searching. Nucleic Acids Research, 39(Web Server issue), W29-W37. DOI: 10.1093/nar/gkr367 ↗
Kā citēt šo lapu
ScholarGate. (2026, June 3). Hidden Markov Model Profile Search for Sequence Homology. ScholarGate. https://scholargate.app/lv/bioinformatics/hmmer-profile-search
Kura metode?
Novietojiet šo metodi blakus tās tuvākajām radniecīgajām metodēm un lasiet tās līdzās — bibliotēka noliek grāmatas uz galda; izvēle ir jūsu.
- Rekonstrukcija ar krioelektronmikroskopijuBioinformātika↔ salīdzināt
- Metagenomiskā iedalīšanaBioinformātika↔ salīdzināt
- Molekulārā dokēšanaBioinformātika↔ salīdzināt
Uz to atsaucas
Similar methods
Pamanījāt kļūdu šajā lapā? Ziņojiet vai ierosiniet labojumu →