Metagenomiskā iedalīšana
Metagenomiskā iedalīšana sadala saliktās kontīgu kopas no sarežģītām mikrobu kopienām atsevišķās genoma daļās, katra pārstāvot atsevišķu organismu vai celmu. Šo metodi, ko aizsāka Banfīlda un kolēģi, izmanto, lai izolētu viena organisma genomus (metagenomā saliktos genomus jeb MAGs) no vides paraugiem, neprasot kultivētus izolātus.
Lasīt pilno metodes aprakstu
Piesakieties ar bezmaksas kontu, lai lasītu šo sadaļu.
Metožu karte
Saistīto metožu apkaime — atlasiet mezglu, lai izpētītu.
Avoti
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Kā citēt šo lapu
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/lv/bioinformatics/metagenomic-binning
Kura metode?
Novietojiet šo metodi blakus tās tuvākajām radniecīgajām metodēm un lasiet tās līdzās — bibliotēka noliek grāmatas uz galda; izvēle ir jūsu.
- Analīze CRISPR skrīningiemBioinformātika↔ salīdzināt
- Transkriptoma montāža de novoBioinformātika↔ salīdzināt
- HMMER profila meklēšanaBioinformātika↔ salīdzināt
Uz to atsaucas
Similar methods
Pamanījāt kļūdu šajā lapā? Ziņojiet vai ierosiniet labojumu →