균류 분류 및 동정

균류 분류 및 동정은 균류가 일관된 진화적 계층으로 분류되는 방법과 개별 분리균이 인식되고 명명되는 방법에 관한 균학의 한 분야입니다. 이는 균류계를 Ascomycota 및 Basidiomycota와 같은 문(phyla)으로 고수준으로 나누는 것, 분류군을 구별하는 데 사용되는 형태학적 및 분자적 특징, 그리고 임상 또는 환경 균류를 동정하는 실제적인 작업 흐름을 포괄합니다.

Definition

균류 분류학은 진화적 틀 내에서 균류를 체계적으로 분류하고 명명하는 것이며, 균류 동정은 형태학적, 생화학적, 분자적 특성을 사용하여 미지의 분리균을 알려진 분류군에 할당하는 과정입니다.

Scope

이 분야는 독자에게 균계(kingdom Fungi)의 현대적 분류와 속(genus) 및 종(species) 수준에서 균류를 동정하는 데 사용되는 방법을 안내합니다. 이는 세 가지 주제를 소개합니다: 두 가지 가장 큰 문(Ascomycota 및 Basidiomycota), 접합균류(zygomycete fungi) 및 기타 문, 그리고 분류학 및 진단 균학의 기반이 되는 형태학적 및 분자적 동정 방법입니다. 이는 진단 또는 치료 프로토콜이 아닌 참조 개요입니다.

Sub-topics

• 자낭균류와 담자균류
• 진균 형태 및 동정 방법
• 접합균류 및 기타 균류 문

Core questions

• 균계는 어떻게 문(phyla)으로 나뉘며, 분자 계통발생학은 그 구분을 어떻게 재편성했습니까?
• 주요 균류 그룹을 구별하는 형태학적 및 생식 구조는 무엇입니까?
• 임상 및 환경 균류는 어떻게 동정되며, 형태학, 시퀀싱, 질량 분석법은 각각 어디에 적용됩니까?
• '접합균류(zygomycetes)' 및 형태군 '불완전균(Fungi imperfecti)'과 같은 오래된 분류군이 왜 수정되었습니까?

Key concepts

• 균계(Kingdom Fungi) 및 그 문(phyla)
• 자낭균문(Ascomycota) 및 담자균문(Basidiomycota)
• 접합균류(Zygomycete fungi, Mucoromycota 및 관련 계통)
• 형태학적 동정(균사, 포자, 자실체)
• DNA 바코딩 및 ITS 영역
• 분자 계통발생학
• 유성형(Teleomorph), 무성형(anamorph), 그리고 하나의 균류에 하나의 이름으로의 전환
• MALDI-TOF 질량 분석법 동정

Mechanisms

분류는 추론된 진화적 관계에 기반합니다. 공유된 조상은 형태학적 특성(예: 유성 생식 기관의 유형)과 점차적으로 DNA 서열 데이터로부터 재구성되어, 명명된 그룹이 가능한 경우 단일 계통(monophyletic lineages)에 해당하도록 합니다. Hibbett과 동료들(2007)은 분자 및 형태학적 증거를 통합하여 균계의 고수준 분류를 만들었으며, 내부 전사 간격(ITS) 영역은 균류의 보편적인 DNA 바코드(Schoch et al., 2012)로 채택되어, 전통적인 현미경 검사 및 배양을 보완하는 서열 기반의 공통 통화를 동정에 제공했습니다.

Clinical relevance

정확한 동정은 진단 균학의 기초가 됩니다. 왜냐하면 균류의 속과 종은 예상되는 행동과 실험실 취급에 대한 정보를 제공하며, 조직 병리학은 조직 내 균류 요소를 인식하는 핵심 도구로 남아 있기 때문입니다(Guarner & Brandt, 2011). 이 분야는 균류가 어떻게 명명되고 인식되는지, 그리고 그 지식이 실험실 진단을 어떻게 지원하는지 설명합니다. 이는 개별 진단 또는 치료 지침의 출처가 아닙니다.

Evidence & guidelines

이 분야의 참조 프레임워크는 Hibbett et al. (2007)에 의해 통합된 균계의 분자-계통발생학적 분류와 Deep Hypha 합성(Blackwell et al., 2006), 그리고 ITS 바코딩 표준(Schoch et al., 2012)입니다. 진단 동정은 Guarner and Brandt (2011)와 같은 조직 병리학적 및 실험실 검토에도 추가적으로 의존합니다.

History

초기 균류 분류는 눈에 보이는 생식 구조를 기반으로 했으며, 유성 포자를 생성하는 방식에 따라 균류를 나누고 무성 형태를 소위 불완전균(Fungi imperfecti)으로 별도로 분류했습니다. 20세기 후반부터 DNA 시퀀싱은 진화적 관계를 직접 테스트할 수 있게 했습니다. Deep Hypha 이니셔티브(Blackwell et al., 2006)와 Hibbett et al. (2007)의 고수준 분류는 계통발생학적 계통을 따라 균계를 재편성했으며, ITS 바코딩(Schoch et al., 2012)은 분자 동정을 표준화했습니다.

Key figures

• David Hibbett
• Meredith Blackwell
• John W. Taylor
• Conrad Schoch

Seminal works

• hibbett-2007
• schoch-2012
• blackwell-2006

Frequently asked questions

균계의 주요 구분은 무엇입니까?

가장 큰 두 가지는 자낭균문(Ascomycota, sac fungi)과 담자균문(Basidiomycota, club fungi)입니다. 추가적인 계통에는 현재 Mucoromycota 및 관련 문에 속하는 접합균류(zygomycete fungi)와 키트리드균문(Chytridiomycota)과 같은 초기 분기 그룹이 포함됩니다.

실험실에서 균류는 어떻게 동정됩니까?

동정은 현미경 하 형태학, 배양 특성, 그리고 ITS 시퀀싱과 같은 분자 방법을 결합하며, 질량 분석법은 신속한 동정을 위해 점점 더 많이 사용됩니다. 적절한 조합은 유기체와 환경에 따라 달라집니다.