진균 및 기생충 분자 진단

진균 및 기생충 분자 진단은 핵산 기반 방법을 적용하여 성장이 느리거나 배양이 어렵거나 현미경으로 식별하기 어려운 진균 및 기생충을 검출하고 식별합니다. 염기서열 표지자(sequence markers) 및 증폭 분석(amplification assays)은 기존 방법이 제한적인 진단 범위를 확장합니다.

Definition

진균 및 기생충 분자 진단은 임상 검체 또는 분리물에서 진균 및 기생충을 검출하고 식별하기 위해 표지자 영역의 증폭, 혼성화 및 염기서열 분석과 같은 분자 방법을 사용하는 것입니다.

Scope

이 주제는 진균의 DNA 바코딩(특히 내부 전사 간격 영역), 진균 및 기생충 병원체의 PCR 기반 검출, 그리고 이러한 방법들이 배양 및 현미경 검사에 비해 가지는 장점과 한계를 다룹니다. 이는 치료 또는 투여 지침 없이 실험실 및 참고 주제로 구성됩니다.

Core questions

• 어떤 진균 또는 기생충 유기체가 존재하며, 어떤 표지자 영역이 이를 가장 잘 식별합니까?
• 분자 방법은 민감도와 특이성 면에서 현미경 검사 및 배양과 어떻게 비교됩니까?
• 배양 비의존적 분자 분석은 언제 진단적 가치를 더합니까?

Key concepts

• 진균 바코드 표지자로서의 ITS 영역
• PCR 기반 병원체 검출
• DNA 프로브
• 다중 분자 패널
• 배양 비의존적 진단
• 표지자 선택 및 참조 데이터베이스

Mechanisms

진균의 경우, 핵 리보솜 내부 전사 간격(ITS) 영역은 널리 채택된 보편적인 바코드 역할을 하며, 염기서열 분석 후 참조 데이터베이스와 일치시키면 대부분의 진균을 속 또는 종 수준으로 식별합니다 (Schoch et al., 2012). PCR 기반 분석은 임상 재료에서 진균을 직접 검출하기 위해 유기체 특이적 표적을 증폭시킬 수 있으며, 이는 배양이 느리거나 민감하지 않은 침습성 질환에 유용할 수 있지만, 임상 준비 상태는 환경에 따라 다릅니다 (Nguyen & Clancy, 2018). 기생충의 경우, DNA 프로브와 PCR은 일부 기존 방법에 비해 더 민감한 대안으로 일찍이 확립되었으며 (Weiss, 1995), PCR 기반 및 다중 분석(multiplex assays)은 이제 임상 실험실에서 장내 및 기타 기생충을 검출하고 구별하는 데 적용됩니다 (Verweij & Stensvold, 2014).

Clinical relevance

분자 진균 및 기생충 진단은 배양 및 현미경 검사로 놓칠 수 있는 유기체를 실험실에서 어떻게 검출하고 식별하는지 설명하며, 진단 보고 및 감시에 정보를 제공합니다. 이 주제는 이러한 증거가 어떻게 생성되는지 설명하며, 개별적인 진단 또는 치료 결정의 근거가 아닙니다.

Epidemiology

분자 검출은 특히 배양하기 어렵거나 형태학적으로 구별하기 어려운 유기체에 대한 진균 및 기생충 감염의 인식 및 구별을 개선하여, 발생률에 대한 보다 정확한 인구 수준 평가를 지원했습니다 (Verweij & Stensvold, 2014; Weiss, 1995).

Evidence & guidelines

표지자 기반 진균 식별은 ITS 영역을 보편적인 바코드로 확립한 컨소시엄 작업에 기반하며 (Schoch et al., 2012), 검토 논문들은 PCR 기반 진균 및 기생충 분석의 임상 성능 및 한계를 요약합니다 (Nguyen & Clancy, 2018; Verweij & Stensvold, 2014). 분석별 표준은 전문 기관 및 제조업체에 의해 설정되며 여기서는 재현되지 않습니다.

History

분자 방법은 PCR 및 프로브 기반 검출이 일부 전통적인 기술보다 더 높은 민감도를 보임에 따라 균학 및 기생충학에 도입되었습니다 (Weiss, 1995). ITS 영역이 보편적인 진균 바코드로 공식적으로 채택되면서 분자 진균 식별이 표준화되었고 (Schoch et al., 2012), PCR 기반 기생충학 분석은 점차 일상적인 임상 실험실로 진입했습니다 (Verweij & Stensvold, 2014).

Debates

분자 진균 분석이 기존 진단을 대체할 준비가 되었습니까?

PCR 기반 진균 분석은 침습성 질환에 대한 민감도와 속도를 높일 수 있지만, 표준화 및 임상 검증의 가변성으로 인해 배양 및 항원 검사를 대체하기보다는 보완하는 데 자주 사용됩니다.

Seminal works

• schoch-2012
• weiss-1995
• verweij-2014

Frequently asked questions

ITS 영역이 진균 식별에 사용되는 이유는 무엇입니까?

내부 전사 간격 영역은 진균 전반에 걸쳐 증폭될 수 있을 만큼의 보존성과 많은 종을 구별할 수 있을 만큼의 가변성을 모두 가지고 있어, 보편적인 진균 DNA 바코드로 채택되었습니다.

분자 방법이 기생충에 대한 현미경 검사 및 배양을 대체합니까?

분자 방법은 종종 민감도와 종을 구별하는 능력을 더하지만, 유기체 및 임상 상황에 따라 완전한 대체보다는 현미경 검사 및 기타 방법과 함께 사용되는 경우가 많습니다.