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시간 추계 유전자 집합 농축 분석 — 시간 지점별 동적 경로 농축
시간 추계 유전자 집합 농축 분석(Time-series gene set enrichment analysis, TS-GSEA)은 고전적인 GSEA 프레임워크를 확장하여, 생물학적으로 조율된 유전자 집합(경로, 유전자 온톨로지 용어 또는 큐레이션된 시그니처)이 시간 경과에 따라 의미 있게 변화하는지를 탐지합니다. 두 개의 스냅샷을 비교하는 대신, 유전자 발현의 전체 시간 궤적을 모델링하여 발달, 치료 반응 또는 질병 진행과 같은 생물학적 과정 동안 어떤 기능적 프로그램이 활성화, 억제 또는 동적으로 재구성되는지를 식별합니다.
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출처
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ko/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
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- 유전자 집합 농축 분석 (GSEA)생물정보학↔ 비교
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