Process / pipelineSequence homology search
HMMER 프로파일 검색
HMMER 프로파일 검색은 프로파일 은닉 마르코프 모델(HMM)로 알려진 단백질 계열의 확률적 모델을 사용하여 멀리 떨어진 단백질 서열 상동체를 식별합니다. Eddy와 동료들이 개발한 이 방법은 단백질 계열 내의 서열 변이 패턴을 포착하고 위치 가중치 행렬이나 쌍별 정렬보다 훨씬 높은 민감도로 상동체를 탐지합니다.
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출처
- Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1104 ↗
- Eddy, S. R. (1998). Profile hidden Markov models. Bioinformatics, 14(9), 755-763. DOI: 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ↗
- Finn, R. D., Clements, J., & Eddy, S. R. (2011). HMMER web server: interactive sequence similarity searching. Nucleic Acids Research, 39(Web Server issue), W29-W37. DOI: 10.1093/nar/gkr367 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Hidden Markov Model Profile Search for Sequence Homology. ScholarGate. https://scholargate.app/ko/bioinformatics/hmmer-profile-search
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