Process / pipelineTranscriptomics
전사체 de novo 조립
de novo 전사체 조립은 참조 유전체가 필요 없이 시퀀싱 리드로부터 직접 완전한 길이의 메신저 RNA 서열을 재구성합니다. Regev, Haas 및 동료들이 개척한 이 파이프라인은 비모델 유기체의 전사체 발견과 유전자 발현 분석을 가능하게 합니다.
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출처
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
이 페이지 인용 방법
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/ko/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
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- CRISPR 스크린 분석생물정보학↔ 비교
- HMMER 프로파일 검색생물정보학↔ 비교
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