Identifikasi Sumber dan Rantai Penularan

Mengidentifikasi sumber wabah dan merekonstruksi bagaimana infeksi berpindah dari satu orang atau wahana ke orang atau wahana berikutnya merupakan inti analitis dari suatu investigasi. Identifikasi sumber menanyakan dari mana agen berasal, sementara analisis rantai penularan menanyakan bagaimana agen menyebar, menghubungkan kasus-kasus ke dalam urutan siapa menginfeksi siapa dan mengungkapkan rute, kasus indeks, serta setiap peristiwa amplifikasi.

Definition

Identifikasi sumber adalah penentuan asal, wahana, atau reservoir suatu wabah, dan rekonstruksi rantai penularan adalah penghubungan kasus-kasus ke dalam urutan penularan orang-ke-orang atau sumber-ke-orang yang disimpulkan, menggunakan bukti epidemiologis, temporal, dan semakin banyak bukti genomik.

Scope

Topik ini mencakup penalaran dan alat yang digunakan untuk mengaitkan wabah dengan suatu sumber dan untuk memetakan rantai penularannya: interpretasi kurva epidemi, perbedaan antara pola sumber-titik dan pola penularan, konsep kasus indeks dan primer, angka reproduksi, super-penyebaran, dan peningkatan penggunaan pengurutan genom patogen bersama dengan keterkaitan epidemiologis. Ini bersifat konseptual dan metodologis, bukan protokol untuk patogen atau respons spesifik apa pun.

Core questions

• Dari mana agen wabah berasal, dan melalui wahana atau reservoir apa paparan terjadi?
• Apakah kurva epidemi menunjukkan pola sumber-titik, berkelanjutan, atau penularan?
• Siapa kasus indeks atau primer, dan siapa menginfeksi siapa?
• Bagaimana urutan genom patogen dapat digabungkan dengan data epidemiologis untuk mengkonfirmasi keterkaitan?

Key concepts

• Wabah sumber-titik versus penularan
• Kasus indeks dan kasus primer
• Modus dan rute penularan
• Angka reproduksi dasar dan efektif
• Super-penyebaran dan variasi individu
• Interval serial dan waktu generasi
• Epidemiologi genomik dan inferensi penularan

Mechanisms

Bentuk kurva epidemi adalah petunjuk pertama untuk sumber: puncak tunggal yang tajam menunjukkan sumber-titik umum, dataran tinggi yang berkelanjutan menunjukkan sumber berkelanjutan, dan gelombang berturut-turut yang dipisahkan oleh interval serial menunjukkan penyebaran orang-ke-orang yang menyebar. Penyelidik melacak paparan ke belakang ke wahana atau reservoir umum dan mengidentifikasi kasus indeks dan primer. Rantai penularan kemudian direkonstruksi dengan menghubungkan kasus-kasar melalui waktu, tempat, dan kontak, dan semakin banyak dengan membandingkan urutan genom patogen, karena urutan yang sangat terkait mendukung keterkaitan epidemiologis langsung. Angka reproduksi merangkum berapa banyak kasus sekunder yang dihasilkan setiap kasus secara rata-rata, sementara super-penyebaran mencerminkan variasi individu yang besar yang dapat mendorong penularan eksplosif.

Clinical relevance

Menetapkan sumber memberi tahu responden apa yang harus dihilangkan, ditarik, atau ditutup, dan memetakan rantai penularan menunjukkan ke mana harus mengarahkan pelacakan kontak dan tindakan perlindungan. Bagi klinisi, mengenali bahwa suatu kasus mungkin merupakan salah satu mata rantai dalam suatu rantai menggarisbawahi nilai riwayat paparan yang terperinci dan pelaporan yang tepat waktu. Entri ini menjelaskan bagaimana sumber dan penyebaran disimpulkan dan bukan merupakan panduan untuk merawat pasien individu.

Epidemiology

Penularan orang-ke-orang ditunjukkan pada awal pandemi COVID-19 melalui klaster keluarga di mana infeksi berpindah antar anggota rumah tangga, menggambarkan rekonstruksi rantai pada skala terkecil. Pada skala populasi, analisis kurva epidemi SARS memperkirakan angka reproduksi dan efek tindakan pengendalian, dan studi super-penyebaran menunjukkan bahwa sebagian kecil kasus dapat menghasilkan sebagian besar infeksi sekunder; pengurutan genom patogen sekarang secara rutin melengkapi keterkaitan epidemiologis tersebut.

History

Atribusi John Snow pada abad kesembilan belas terhadap wabah kolera pada pompa Broad Street adalah identifikasi sumber arketipal dengan memetakan kasus-kasus ke paparan umum. Epidemiologi lapangan abad kedua puluh memformalkan interpretasi kurva epidemi dan perbedaan sumber-titik versus penularan, sementara abad kedua puluh satu menambahkan pemodelan penularan kuantitatif, pengenalan super-penyebaran dari SARS, dan pengurutan seluruh genom, yang bersama-sama mempertajam rekonstruksi rantai penularan.

Debates

Dapatkah urutan genom saja menetapkan siapa menginfeksi siapa?

Data genomik patogen sangat memperkuat inferensi penularan, tetapi keragaman dalam inang yang terbatas, sumber bersama, dan celah pengambilan sampel berarti bahwa urutan biasanya membatasi daripada secara definitif membuktikan keterkaitan langsung, sehingga bukti genomik dan epidemiologis sebaiknya digabungkan.

Key figures

• Jacco Wallinga
• James Lloyd-Smith
• Marc Lipsitch
• Yonatan Grad

Seminal works

• wallinga-teunis-2004
• lloyd-smith-2005
• grad-lipsitch-2014

Frequently asked questions

Apa yang ditunjukkan oleh bentuk kurva epidemi kepada penyelidik tentang sumbernya?

Puncak tunggal yang tajam menunjukkan sumber-titik umum, dataran tinggi yang berkepanjangan menunjukkan sumber berkelanjutan, dan serangkaian gelombang yang semakin besar yang dipisahkan oleh interval serial penyakit menunjukkan penularan orang-ke-orang yang menyebar.

Apa itu super-penyebaran?

Super-penyebaran menggambarkan variasi besar antar individu dalam berapa banyak infeksi sekunder yang mereka sebabkan; sejumlah kecil kasus atau peristiwa dapat menyumbang bagian penularan yang tidak proporsional, yang sangat membentuk bagaimana wabah tumbuh dan bagaimana wabah dapat dikendalikan.