Pengambilan Spesimen dan Konfirmasi Laboratorium

Konfirmasi laboratorium menjadi dasar investigasi wabah dengan menetapkan agen penyebab dan kasus mana yang benar-benar terinfeksi. Proses ini dimulai dengan mengumpulkan spesimen klinis atau lingkungan yang tepat, pada waktu yang tepat, dari orang yang tepat, dan berlanjut melalui transportasi, pengujian, dan penentuan jenis di laboratorium, yang pada akhirnya membedakan kasus terkonfirmasi dari mereka yang hanya sesuai dengan deskripsi klinis.

Definition

Pengambilan spesimen dan konfirmasi laboratorium adalah proses memperoleh, mengangkut, dan menguji sampel klinis atau lingkungan untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi agen penyebab wabah, memungkinkan konfirmasi diagnosis, klasifikasi kasus, dan keterkaitan laboratorium antar kasus.

Scope

Topik ini mencakup mengapa dan bagaimana spesimen diperoleh selama investigasi, peran laboratorium dalam memverifikasi diagnosis dan menyempurnakan definisi kasus menjadi tingkatan terkonfirmasi, kemungkinan, dan dugaan, serta penggunaan penentuan jenis laboratorium dan pengurutan genom untuk menghubungkan kasus. Ini bersifat konseptual dan metodologis. Ini tidak memberikan protokol penanganan spesimen, ambang batas pengujian, atau prosedur keamanan hayati untuk patogen tertentu, yang diatur oleh panduan laboratorium dan kesehatan masyarakat.

Core questions

• Spesimen mana, dari siapa, dan pada titik mana dalam penyakit yang paling baik mengidentifikasi agen?
• Bagaimana spesimen dikumpulkan, diangkut, dan diuji agar hasilnya valid?
• Bagaimana konfirmasi laboratorium mendefinisikan kategori kasus terkonfirmasi, kemungkinan, dan dugaan?
• Bagaimana penentuan jenis laboratorium atau pengurutan genom dapat menghubungkan kasus satu sama lain dan ke suatu sumber?

Key concepts

• Spesimen klinis dan lingkungan
• Waktu pengambilan relatif terhadap penyakit
• Transportasi spesimen dan rantai pengawasan
• Kategori kasus terkonfirmasi, kemungkinan, dan dugaan
• Sensitivitas dan spesifisitas tes diagnostik
• Penentuan jenis dan subtyping laboratorium
• Pengurutan seluruh genom untuk keterkaitan kasus

Mechanisms

Spesimen yang sesuai, seperti sampel pernapasan, tinja, darah, atau makanan dan air yang diduga terkontaminasi, dikumpulkan dari sejumlah kasus yang memadai, idealnya sebelum pengobatan mengubah hasilnya, dan diangkut dalam kondisi yang menjaga agen dengan penanganan yang terdokumentasi. Laboratorium kemudian mendeteksi dan mengidentifikasi agen, dan hasil ini mempertajam definisi kasus menjadi tingkatan: kasus terkonfirmasi memenuhi kriteria laboratorium, sementara kasus kemungkinan dan dugaan didasarkan pada fitur klinis atau epidemiologis. Subtyping dan pengurutan seluruh genom lebih lanjut menetapkan apakah kasus-kasus tersebut berbagi strain yang sama, yang mendukung atau menyanggah keterkaitan epidemiologis mereka dan membantu menghubungkan kasus-kasus ke sumber umum. Nilai interpretatif dari setiap hasil bergantung pada sensitivitas dan spesifisitas tes.

Clinical relevance

Dokter dan staf laboratorium mengumpulkan spesimen dan menghasilkan hasil yang mengkonfirmasi agen wabah dan mengklasifikasikan kasusnya, sehingga kualitas dan waktu pengambilan secara langsung memengaruhi investigasi. Memahami konfirmasi laboratorium membantu profesional kesehatan menafsirkan mengapa suatu kasus diklasifikasikan sebagai terkonfirmasi daripada dugaan. Entri ini menjelaskan peran konfirmasi laboratorium dalam investigasi dan bukan merupakan protokol penanganan spesimen, keamanan hayati, atau diagnostik untuk patogen spesifik apa pun.

Epidemiology

Konfirmasi laboratorium sangat penting untuk mengenali SARS sebagai penyakit baru yang berbeda pada tahun 2003, di mana karakterisasi klinis dan laboratorium mendefinisikan sindrom dan kasus-kasusnya. Secara lebih luas, integrasi pengurutan genom patogen dengan data epidemiologis telah menjadi cara standar untuk mengkonfirmasi agen dan menghubungkan kasus dalam investigasi wabah, memperkuat klasifikasi kasus dan atribusi sumber.

History

Bakteriologi pada akhir abad kesembilan belas pertama kali memungkinkan wabah dihubungkan dengan organisme teridentifikasi tertentu, dan epidemiologi lapangan abad kedua puluh menanamkan konfirmasi laboratorium ke dalam definisi kasus bertingkat dari kasus terkonfirmasi, kemungkinan, dan dugaan. Subtyping molekuler dan, yang lebih baru, pengurutan seluruh genom memperluas peran laboratorium dari penamaan agen hingga menentukan kasus mana yang terkait, mengintegrasikan bukti laboratorium dan epidemiologis.

Debates

Bagaimana definisi kasus harus menyeimbangkan konfirmasi laboratorium dengan sensitivitas?

Mensyaratkan konfirmasi laboratorium meningkatkan spesifisitas tetapi mungkin melewatkan kasus nyata yang tidak memiliki tes positif, sementara definisi klinis yang luas menangkap lebih banyak kasus dengan biaya memasukkan non-kasus; oleh karena itu, investigasi menggunakan definisi bertingkat dan menyesuaikannya seiring berkembangnya kapasitas pengujian dan kebutuhan investigasi.

Key figures

• Michael Gregg
• Yonatan Grad
• Marc Lipsitch

Seminal works

• lee-2003
• grad-lipsitch-2014

Frequently asked questions

Mengapa kasus diklasifikasikan sebagai terkonfirmasi, kemungkinan, atau dugaan?

Definisi kasus bertingkat memungkinkan investigasi menyeimbangkan akurasi dan kelengkapan: kasus terkonfirmasi memenuhi kriteria laboratorium dan paling spesifik, sementara kategori kemungkinan dan dugaan menangkap kasus yang secara klinis atau epidemiologis kompatibel yang tidak memiliki konfirmasi laboratorium, sehingga kasus nyata tidak terlewatkan sejak awal.

Bagaimana pengurutan genom membantu mengkonfirmasi wabah?

Selain menamai agen, pengurutan membandingkan genom isolat dari kasus yang berbeda; urutan yang sangat terkait mendukung kesimpulan bahwa kasus-kasus tersebut adalah bagian dari wabah yang sama dan mungkin berbagi sumber, melengkapi bukti epidemiologis.