Diagnostik Mikologi dan Metode Laboratorium
Diagnostik mikologi adalah disiplin ilmu laboratorium yang mendeteksi, mengidentifikasi, dan mengkarakterisasi jamur penyebab penyakit pada manusia. Ini mencakup metode klasik seperti kultur dan mikroskopi, uji antigen dan antibodi imunologis, serta teknik molekuler termasuk PCR dan sekuensing DNA, yang semuanya digabungkan untuk mengkonfirmasi atau menyingkirkan infeksi jamur dan menamai organisme penyebabnya.
Definition
Diagnostik mikologi dan metode laboratorium adalah teknik dan prosedur yang digunakan di laboratorium klinis untuk memulihkan, memvisualisasikan, mengidentifikasi, dan mengkarakterisasi jamur yang penting secara medis dari spesimen pasien, termasuk pendekatan fenotipik, imunologis, dan molekuler.
Scope
Area ini mengarahkan pembaca pada keluarga utama metode laboratorium yang digunakan dalam mikologi medis: menumbuhkan jamur dalam kultur dan mengisolasinya, memeriksa dan mewarnainya di bawah mikroskop, memperbanyak dan mengurutkan asam nukleatnya, mendeteksi antigen dan antibodi inangnya, serta mengukur biomarker dan fitur terkait biofilm. Ini membingkai metode-metode ini sebagai metodologi diagnostik daripada sebagai panduan pengobatan, dan menunjuk ke node topik khusus untuk detailnya.
Sub-topics
Core questions
- Apakah ada jamur dalam spesimen ini, dan apakah itu kontaminan atau patogen sejati?
- Genus atau spesies mana yang bertanggung jawab, dan seberapa yakin dapat dinamai?
- Kombinasi metode kultur, mikroskopi, antigen, dan molekuler mana yang paling sesuai dengan pertanyaan klinis dan jenis spesimen?
- Bagaimana temuan laboratorium positif dan negatif diinterpretasikan dalam definisi standar penyakit jamur invasif?
Key concepts
- Identifikasi fenotipik versus molekuler
- Deteksi langsung versus pemulihan berbasis kultur
- Sensitivitas dan spesifisitas uji jamur
- Penyakit jamur invasif yang terbukti, mungkin, dan memungkinkan
- Kualitas spesimen dan kontrol kontaminasi
- Identifikasi polifasik
Mechanisms
Mikologi laboratorium menggabungkan sinyal-sinyal yang saling melengkapi. Kultur memulihkan organisme yang layak dan memungkinkan identifikasi morfologi serta pengujian kerentanan, tetapi seringkali lambat dan tidak sensitif untuk penyakit invasif. Mikroskopi dan histopatologi memvisualisasikan elemen jamur secara langsung dalam spesimen, memberikan bukti cepat invasi jaringan. Uji antigen dan serologi mendeteksi komponen dinding sel jamur atau respons antibodi inang tanpa memerlukan pertumbuhan. Metode molekuler memperbanyak dan mengurutkan DNA yang lestari atau spesifik spesies, dan spektrometri massa memprofilkan protein, memungkinkan identifikasi yang cepat dan tepat. Diagnosis modern bersifat polifasik, mengintegrasikan beberapa metode ini, dan definisi konsensus standar menentukan bagaimana hasil-hasil tersebut digabungkan ke dalam kategori penyakit jamur invasif.
Clinical relevance
Metode-metode yang dikelompokkan di sini menghasilkan bukti yang menjadi dasar pengenalan dan penamaan infeksi jamur dalam praktik klinis dan penelitian. Memahami kekuatan dan keterbatasannya membantu dalam menilai laporan diagnostik dan bukti studi. Entri ini adalah materi referensi deskriptif tentang bagaimana diagnosis jamur ditetapkan dan bukan merupakan protokol untuk pengujian, peresepan, atau pengelolaan pasien individu.
Evidence & guidelines
Definisi konsensus dari EORTC dan Mycoses Study Group Education and Research Consortium menstandardisasi bagaimana temuan mikologi dan klinis digabungkan ke dalam kategori penyakit jamur invasif, menyediakan kerangka kerja bersama untuk diagnosis dan penelitian. Teks referensi seperti Atlas of Clinical Fungi mengkatalogkan fitur morfologi yang digunakan dalam identifikasi fenotipik, sementara tinjauan histopatologi dan spektrometri massa mendokumentasikan peran metode identifikasi yang lebih baru.
History
Mikologi diagnostik berkembang dari kultur dan mikroskopi abad kesembilan belas dan kedua puluh, di mana jamur dipulihkan pada media selektif dan diidentifikasi berdasarkan morfologi koloni dan mikroskopis. Akhir abad kedua puluh menambahkan imunoasai untuk antigen jamur dan antibodi inang, dan munculnya PCR, sekuensing DNA dari daerah ribosom, dan spektrometri massa MALDI-TOF mengubah identifikasi menuju presisi molekuler dan proteomik, sementara definisi konsensus menstandardisasi interpretasi.
Related topics
Seminal works
- donnelly-2020
- guarner-2011
- dehoog-2020
Frequently asked questions
- Mengapa beberapa metode berbeda digunakan untuk mendiagnosis infeksi jamur?
- Tidak ada satu metode pun yang cepat dan andal untuk setiap situasi. Kultur, mikroskopi, uji antigen, dan tes molekuler masing-masing mendeteksi aspek jamur yang berbeda, sehingga menggabungkannya meningkatkan peluang diagnosis yang benar dan tepat waktu.
- Apa perbedaan antara mendeteksi jamur dan mengidentifikasinya?
- Deteksi menetapkan bahwa jamur ada, misalnya dengan melihat elemen jamur atau mendeteksi antigen. Identifikasi menamai genus atau spesies, yang biasanya memerlukan morfologi kultur, sekuensing, atau spektrometri massa.