Diagnosis Molekuler Jamur dan Parasit

Diagnosis molekuler jamur dan parasit menerapkan metode berbasis asam nukleat untuk mendeteksi dan mengidentifikasi jamur dan parasit yang seringkali tumbuh lambat, sulit dibiakkan, atau sulit dikenali dengan mikroskop. Penanda sekuens dan uji amplifikasi memperluas jangkauan diagnostik di mana metode konvensional terbatas.

Definition

Diagnosis molekuler jamur dan parasit adalah penggunaan metode molekuler — amplifikasi, hibridisasi, dan pengurutan daerah penanda — untuk mendeteksi dan mengidentifikasi jamur dan parasit dalam sampel klinis atau isolat.

Scope

Topik ini mencakup pengodean batang DNA jamur (terutama daerah internal transcribed spacer), deteksi patogen jamur dan parasit berbasis PCR, serta kekuatan dan keterbatasan metode ini relatif terhadap kultur dan mikroskop. Ini dibingkai sebagai topik laboratorium dan referensi tanpa panduan pengobatan atau dosis.

Core questions

• Organisme jamur atau parasit apa yang ada, dan daerah penanda mana yang paling baik mengidentifikasinya?
• Bagaimana perbandingan metode molekuler dengan mikroskop dan kultur dalam sensitivitas dan spesifisitas?
• Kapan uji molekuler independen kultur menambah nilai diagnostik?

Key concepts

• Daerah ITS sebagai penanda kode batang jamur
• Deteksi patogen berbasis PCR
• Probe DNA
• Panel molekuler multipleks
• Diagnosis independen kultur
• Pemilihan penanda dan basis data referensi

Mechanisms

Untuk jamur, daerah internal transcribed spacer (ITS) ribosom nuklir berfungsi sebagai kode batang universal yang diadopsi secara luas yang, ketika diurutkan dan dicocokkan dengan basis data referensi, mengidentifikasi sebagian besar jamur hingga tingkat genus atau spesies (Schoch et al., 2012). Uji berbasis PCR mengamplifikasi target spesifik organisme untuk mendeteksi jamur secara langsung dalam materi klinis, yang dapat sangat berharga untuk penyakit invasif di mana kultur lambat atau tidak sensitif, meskipun kesiapan klinisnya bervariasi tergantung pada pengaturan (Nguyen & Clancy, 2018). Untuk parasit, probe DNA dan PCR ditetapkan sejak awal sebagai alternatif yang lebih sensitif daripada beberapa metode konvensional (Weiss, 1995), dan uji berbasis PCR serta multipleks kini diterapkan untuk mendeteksi dan membedakan parasit usus dan parasit lainnya di laboratorium klinis (Verweij & Stensvold, 2014).

Clinical relevance

Diagnostik molekuler jamur dan parasit menjelaskan bagaimana laboratorium mendeteksi dan mengidentifikasi organisme yang mungkin terlewatkan oleh kultur dan mikroskop, memberikan informasi untuk pelaporan diagnostik dan pengawasan. Topik ini menjelaskan bagaimana bukti ini dihasilkan dan bukan merupakan dasar untuk keputusan diagnostik atau pengobatan individu.

Epidemiology

Deteksi molekuler telah meningkatkan pengenalan dan diferensiasi infeksi jamur dan parasit, terutama untuk organisme yang sulit dibiakkan atau dibedakan secara morfologis, mendukung penilaian yang lebih akurat pada tingkat populasi mengenai kejadiannya (Verweij & Stensvold, 2014; Weiss, 1995).

Evidence & guidelines

Identifikasi jamur berbasis penanda didasarkan pada kerja konsorsium yang menetapkan daerah ITS sebagai kode batang universal (Schoch et al., 2012), sementara tinjauan merangkum kinerja klinis dan keterbatasan uji jamur dan parasit berbasis PCR (Nguyen & Clancy, 2018; Verweij & Stensvold, 2014). Standar spesifik uji ditetapkan oleh badan profesional dan produsen dan tidak direproduksi di sini.

History

Metode molekuler memasuki mikologi dan parasitologi karena PCR dan deteksi berbasis probe menunjukkan sensitivitas yang lebih besar daripada beberapa teknik tradisional (Weiss, 1995). Adopsi formal daerah ITS sebagai kode batang jamur universal menstandardisasi identifikasi jamur molekuler (Schoch et al., 2012), dan uji parasitologi berbasis PCR secara progresif masuk ke laboratorium klinis rutin (Verweij & Stensvold, 2014).

Debates

Apakah uji jamur molekuler siap menggantikan diagnosis konvensional?

Uji jamur berbasis PCR dapat menambah sensitivitas dan kecepatan untuk penyakit invasif, tetapi variabilitas dalam standardisasi dan validasi klinis berarti uji tersebut sering digunakan untuk melengkapi daripada menggantikan kultur dan pengujian antigen.

Seminal works

• schoch-2012
• weiss-1995
• verweij-2014

Frequently asked questions

Mengapa daerah ITS digunakan untuk mengidentifikasi jamur?

Daerah internal transcribed spacer menggabungkan konservasi yang cukup untuk diamplifikasi di seluruh jamur dengan variabilitas yang cukup untuk membedakan banyak spesies, yang menyebabkan adopsinya sebagai kode batang DNA jamur universal.

Apakah metode molekuler menggantikan mikroskop dan kultur untuk parasit?

Metode molekuler seringkali menambah sensitivitas dan kemampuan untuk membedakan spesies, tetapi umumnya digunakan bersama mikroskop dan metode lain daripada sebagai pengganti lengkap, tergantung pada organisme dan konteks klinis.