Process / pipelineBioinformatics / omics
קריאת שיאי ChIP-seq — קריאת שיאים בשיטת אימונופרסיפיטציה של כרומטין בצירוף ריצוף
קריאת שיאי ChIP-seq היא צינור חישובי המזהה אזורים גנומיים שבהם חלבון עניין — גורם שעתוק או שינוי היסטון — מועשר, בהתבסס על קריאות ריצוף מניסויי אימונופרסיפיטציה של כרומטין. היא ממירה נתוני ריצוף גולמיים לקבוצת אתרי קישור או שינוי בעלי רמת ביטחון גבוהה ברחבי הגנום, ומאפשרת ניתוח המשכי של ויסות גנים, מצב כרומטין ומנגנונים אפיגנטיים.
קראו את השיטה במלואה
לחברים בלבד
התחברותהתחברו עם חשבון חינמי כדי לקרוא חלק זה.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
+3 more
מקורות
- Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
- Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗
איך לצטט עמוד זה
ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/he/bioinformatics/chip-seq-peak-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- ניתוח ATAC-seqגנטיקה↔ compare
- מחקר אסוציאציות אפי-גנום-רחב (EWAS)ביואינפורמטיקה↔ compare
- ניתוח ביטוי דיפרנציאלי ב-RNA-seqביואינפורמטיקה↔ compare
- יישור רצפיםביואינפורמטיקה↔ compare
- ניתוח RNA-seq של תא בודדביואינפורמטיקה↔ compare
- קריאת וריאנטיםביואינפורמטיקה↔ compare
מאוזכר על ידי
קריאת פסגות ChIP-seq בייסיאניתקריאת פסגות (peak calling) דיפרנציאלית ב-ChIP-seqסקר אפיגנום-רחב דיפרנציאלימחקר אסוציאציות אפי-גנום-רחב (EWAS)קריאת שיאים (peak calling) בסיוע למידת מכונה לנתוני ChIP-seqMulti-omics single-cell RNA-seq analysisניתוח ביטוי דיפרנציאלי ב-RNA-seqיישור רצפיםקריאת שיאים ב-ChIP-seq של תא בודדקריאת שיאים בסדרת-זמן של ChIP-seq