Identification et résistance des mycobactéries

L'identification et les tests de résistance des mycobactéries sont les méthodes de laboratoire utilisées pour détecter Mycobacterium tuberculosis et d'autres mycobactéries, les identifier au niveau de l'espèce et déterminer leur sensibilité aux médicaments antimycobactériens. Étant donné que les mycobactéries se développent lentement, ce domaine combine la microscopie et la culture avec des tests moléculaires rapides qui peuvent détecter à la fois l'organisme et les marqueurs de résistance clés.

Definition

L'identification des mycobactéries est la détection en laboratoire et l'identification au niveau de l'espèce des mycobactéries à partir d'un échantillon clinique ; les tests de résistance sont la détermination, par des méthodes phénotypiques ou moléculaires, de la sensibilité d'un isolat mycobactérien aux agents antimycobactériens.

Scope

Cette entrée couvre la microscopie acido-alcoolo-résistante, la culture des mycobactéries, l'identification des espèces, les tests de sensibilité aux médicaments phénotypiques et moléculaires, ainsi que la détection moléculaire rapide de la résistance, telle que la résistance à la rifampicine dans la tuberculose. Elle les traite comme des méthodes de laboratoire et ne fournit pas de schémas thérapeutiques ou de posologies.

Core questions

• Des mycobactéries sont-elles présentes dans cet échantillon, et l'organisme est-il Mycobacterium tuberculosis ou une espèce non tuberculeuse ?
• Quelles méthodes – microscopie acido-alcoolo-résistante, culture, tests moléculaires ou identification protéomique – détectent et identifient les mycobactéries ?
• L'isolat est-il résistant aux principaux médicaments antimycobactériens, et comment cela est-il déterminé phénotypiquement ou moléculairement ?
• Comment la croissance lente des mycobactéries et la rapidité des tests moléculaires influencent-elles le flux de travail en laboratoire ?

Key concepts

• Microscopie acido-alcoolo-résistante (Ziehl-Neelsen, auramine)
• Culture des mycobactéries (milieux solides et liquides)
• Complexe Mycobacterium tuberculosis versus mycobactéries non tuberculeuses
• Tests de sensibilité aux médicaments phénotypiques
• Détection moléculaire de la résistance (par exemple, résistance à la rifampicine)
• Amplification des acides nucléiques pour la détection directe
• Tests par hybridation sur bandelettes (Line probe assays) et tests basés sur des cartouches
• Croissance lente et délai d'exécution

Mechanisms

La détection des mycobactéries commence par la microscopie acido-alcoolo-résistante, qui colore la paroi cellulaire riche en lipides, et par la culture sur des milieux solides ou liquides qui, en raison de la croissance lente des mycobactéries, peut prendre des semaines. L'identification des espèces distingue le complexe Mycobacterium tuberculosis des mycobactéries non tuberculeuses à l'aide de sondes moléculaires, de séquençage ou de méthodes protéomiques telles que la spectrométrie de masse (Clark et al., 2013). Les tests de sensibilité aux médicaments sont effectués de manière phénotypique par la croissance en présence de médicaments ou, de plus en plus, par la détection moléculaire des mutations associées à la résistance. L'amplification des acides nucléiques automatisée basée sur des cartouches peut détecter M. tuberculosis et la résistance à la rifampicine directement à partir d'un échantillon en quelques heures plutôt que les semaines nécessaires pour les tests basés sur la culture (Boehme et al., 2010), et la PCR en temps réel soutient plus largement la détection moléculaire directe en laboratoire (Espy et al., 2006). Des revues complètes situent ces méthodes de laboratoire dans le paysage plus large du diagnostic et de la surveillance de la tuberculose (Pai et al., 2016).

Clinical relevance

L'identification des mycobactéries et la détection de la résistance aux médicaments produisent des informations centrales pour le raisonnement clinique concernant la tuberculose et les maladies mycobactériennes non tuberculeuses, ainsi que pour le contrôle de la santé publique. Cette entrée décrit comment ces résultats de laboratoire sont générés et ce qui les limite ; elle constitue un matériel de référence et ne prescrit pas de schémas ou de posologies antimycobactériens pour un individu.

Epidemiology

Les tests de laboratoire des mycobactéries sont essentiels au contrôle de la tuberculose : la détection moléculaire rapide de l'organisme et de la résistance raccourcit le délai de reconnaissance de la tuberculose résistante aux médicaments et éclaire la surveillance (Boehme et al., 2010). Les revues sur la tuberculose soulignent le rôle des diagnostics dans l'épidémiologie mondiale et la gestion de la maladie (Pai et al., 2016).

History

Le diagnostic des mycobactéries a reposé pendant plus d'un siècle sur la microscopie acido-alcoolo-résistante et la culture lente, avec l'ajout ultérieur des tests de sensibilité aux médicaments phénotypiques. L'introduction de l'amplification des acides nucléiques et, notamment, des tests automatisés basés sur des cartouches capables de signaler M. tuberculosis et la résistance à la rifampicine directement à partir d'expectorations en quelques heures a marqué un changement majeur dans la pratique de laboratoire (Boehme et al., 2010), s'inscrivant dans l'expansion plus large de la microbiologie moléculaire (Espy et al., 2006).

Seminal works

• boehme-2010
• pai-2016
• espy-2006

Frequently asked questions

Pourquoi les tests mycobactériens reposent-ils à la fois sur la culture et les méthodes moléculaires ?

Les mycobactéries se développent lentement, de sorte que l'identification et les tests de sensibilité basés sur la culture peuvent prendre des semaines. Les tests moléculaires détectent l'organisme et les marqueurs de résistance clés, tels que la résistance à la rifampicine, directement à partir d'un échantillon en quelques heures, complétant ainsi la culture (Boehme et al., 2010).

Qu'est-ce qui distingue Mycobacterium tuberculosis des mycobactéries non tuberculeuses en laboratoire ?

Les deux sont acido-alcoolo-résistantes, de sorte que la microscopie seule ne peut pas les séparer ; l'identification au niveau de l'espèce utilise des sondes moléculaires, le séquençage ou des méthodes protéomiques pour distinguer le complexe M. tuberculosis des mycobactéries non tuberculeuses (Clark et al., 2013).