Binning métagénomique
Le binning métagénomique partitionne les contigs assemblés issus de communautés microbiennes complexes en groupes distincts (bins), chacun représentant un organisme ou une souche individuelle. Pionnier par Banfield et ses collègues, ce pipeline isole des génomes d'organismes uniques (génomes assemblés à partir de métagénomique, ou MAGs) à partir d'échantillons environnementaux sans nécessiter d'isolats cultivés.
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Sources
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Comment citer cette page
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/metagenomic-binning
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