Verkostopohjainen geenijoukon rikastusanalyysi
Verkostopohjainen geenijoukon rikastusanalyysi (network GSEA) laajentaa klassista GSEA:ta sisällyttämällä biologiset vuorovaikutusverkot – kuten proteiini-proteiini-vuorovaikutusverkot (PPI) tai yhteisekspressiokuvaajat – rikastustestiin. Sen sijaan, että jokaista geeniä käsiteltäisiin itsenäisesti, menetelmä levittää differentiaalisen ekspression signaaleja verkon reunojen yli, jolloin yhteissäädellyt tai toiminnallisesti yhteydessä olevat geenit voivat yhdessä tukea geenijoukon merkitystä. Tuloksena on biologisesti koherentti rikastuspistemäärä, joka ottaa huomioon reitin topologian ja geeni-geeni-riippuvuudet.
Lue koko menetelmä
Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.
Menetelmäkartta
Lähimenetelmien naapurusto — valitse solmu tutkiaksesi.
Lähteet
- Shojaie, A., & Michailidis, G. (2010). Network enrichment analysis in complex experiments. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 9(1), Article 22. link ↗
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545-15550. link ↗
Näin viittaat tähän sivuun
ScholarGate. (2026, June 3). Network-Based Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/bioinformatics/network-based-gene-set-enrichment-analysis
Mikä menetelmä?
Aseta tämä menetelmä lähimpien sukulaistensa rinnalle ja lue niitä yhdessä — kirjasto asettaa teokset pöydälle; valinta on sinun.
- Geenien joukon rikastumisanalyysi (GSEA)Bioinformatiikka↔ vertaa
- Verkostopohjainen GWASBioinformatiikka↔ vertaa
- PolkurikastusanalyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- RNA-seq-differentiaaliekspressioanalyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- Yhden solun geenijoukkojen rikastumisanalyysiBioinformatiikka↔ vertaa
Tähän viittaavat
Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →